2004年，中国足球协会在总结中国十年职业足球的基础上，为进一步提升中国职业足球竞赛水平和品牌，正式推出“中国足球协会超级联赛”（简称“中超联赛”）。中超联赛第一届有12支球队参加，前两届暂停升降级制度，于2006赛季恢复“升二降二”的升降级制度（但由于2006赛季四川冠城解散、2007赛季上海申花与上海联城合并、2008赛季武汉光谷中途退出及2013赛季初大连实德退出，故这四年都只实行“升二降一”，即从中甲联赛中升两队，降一队到中甲）。
2006年4月，为进一步完善中国足球产业的市场化进程，中国足球协会与所有中超联赛参赛俱乐部共同出资成立了中超联赛有限责任公司。
2007赛季，由于上海联城和上海申花的合并，有15支俱乐部队参加第四届中超联赛。
2008赛季，第一次有16支队伍参加中超联赛，但是于10月初，武汉光谷因称中国足协违反程序对其进行不公处罚而退出中超联赛。
2009年，因为中国国家男子足球队长期成绩不佳，加上中超联赛存在管理腐败，赌球成风问题，引起了中央领导的关注，包括刘延东分别在不同的场合提到中国足球问题以及亲身参与中国足球的会议。2009年11月中华人民共和国公安部展开足坛打黑风暴行动，大范围打击抑制足球发展的赌球行为。
2010年，联赛有包括卫冕冠军北京国安在内的16支球队参加，于2010年3月27日开幕，并于2010年11月6日闭幕；开幕式在北京工人体育场举办。
在2011赛季前（包括甲A和甲B联赛），中国球队挖来如托马西，冈波斯、金斯、汉斯、扬戈维奇、内梅切克、西历亚克、尼古拉斯·韦德克、巴班吉达、托夫丁，扬克尔、加斯科因、巴亚诺、巴尔克斯、阿尔贝茨、鲁本·索萨、萨沙·皮特洛维奇、孔卡、安迪尔森、安贞焕、卡通戈等著名球员。
2012赛季，中超联赛16支球队单赛季投入超过30亿人民币，一些财力雄厚的球队亦网罗了如德罗巴、阿内尔卡、凯塔、罗申巴克、卡努特、雅库布、巴里奥斯等球星，中超自赌球风波后再次开始被中国国内社会甚至世界球坛所关注；而2012年全年的票房亦为2004年中超成立以来最高。
2013赛季，于2013年3月8日至2013年10月27日举行。虽然阿内尔卡、德罗巴离开分别加盟尤文图斯和加拉塔萨雷，但中超联赛依旧吸引了米西莫维奇、瓦罗、斯基亚维、托兰佐、洛维等球星的加盟。
2014年2月21日，中超联赛冠名签约仪式在北京举行，中国平安保险（集团）股份有限公司获得了2014年至2017年中超联赛四年独家冠名权。2014赛季，中超联赛亦吸引了蒙蒂略、迪亚曼蒂、吉拉迪诺、比亚特里、胡斯蒂、汉克、德扬等球星加盟。
2015赛季中超联赛又有卡希尔、塔尔德利、阿兰、高拉特、帕帕多普洛斯、罗比尼奥、保利尼奥、吉安、登巴·巴、萨利霍维奇、古德约翰森、穆罕默德·西索科等大牌球员加盟。据权威机构统计，2015年中国足球超级联赛在冬季和夏季的引援投入均历史性的排行世界第二，仅次于英格兰足球超级联赛。
2016赛季中超联赛的未来5年全媒体版权被体奥动力以80亿元人民币的价格购买，拉米雷斯、杰克逊·马丁内斯、伊尔马兹、奥古斯托、瓜林、马丁斯、特谢拉、若、拉维奇、卡库塔、姆比亚、热尔维尼奥等大牌球员在赛季初加盟，夏季转会更是引进了胡尔克、佩莱、帕皮斯·西塞、扎哈维等大牌球员，中超联赛在巴西、英国、法国、比利时等国实现转播。
2017赛季，虽然受到U23及外援新政的影响，但并不妨碍各家俱乐部继续引进大牌球员，奥斯卡、特维斯、帕托、米克尔、维特赛尔、埃尔纳内斯、伊哈洛、罗比·克鲁泽等陆续加盟中超联赛，其中奥斯卡的转会费高达6000万欧元，成为中超联赛历史标王。
此外中超联赛在海外转播平台已增加至20多个，覆盖范围达到96个国家和地区，其中包含ESPN、DAZN、覆盖欧洲及拉丁美洲的福克斯体育台（FOX Sports）以及巴西的Band Sports。2017年5月，中国平安保险（集团）股份有限公司宣布，将以五年十亿元继续冠名中超联赛，这样中国平安将冠名中超联赛到2022年。2017年8月21日，北京疯狂体育产业管理有限公司成为2017-2022年中超联赛官方游戏高级合作伙伴。
2002下半年开始至年底中国足球协会向全国征集中超标志、吉祥物等相关VI设计，并邀请权威人士组成评委会，对标志和吉祥物进行评选，最后“火球”独占鳌头。中超标识的原创作者是当时广州美术学院设计分院1999装潢（1）班学生梁长伟。火球标志是以中国戏剧脸谱的描绘手法，把中超联赛的英文缩写CSL融入一个燃烧的火球，左边球形以Chinese Football Association Super League英文的首字母C、S、L的变形组合出足球团，右边是四道燃烧的火焰和代表中国足球协会超级联赛简称的CSL字母。整个标识象征着中超联赛充满火热的激情和生命的活力。
联赛吉祥物征集要求吉祥物最好是动物形象，或者是中华民族图腾龙的形象等，除了要求形象活泼可爱外，没有更多的限制和要求。吉祥物最终选择了小龙娃这一形象，并得到了中国足协领导和各俱乐部的认可。龙娃娃是一只颜色醒目，形态可爱的卡通龙，设计成活泼踢球的形象，身穿一件有中超英文缩写“CSL”的球衣。吉祥物在设计中被赋予了多种寓意：中华民族的龙图腾代表中国和中国足球；龙腾九霄，意寓中国足球和中超联赛的腾飞；龙娃娃活泼可爱、朝气蓬勃、人小志大，象征足球的活力、喜庆及中国足球和中超联赛的远大志向。
中超联赛以主客场双循环的方式进行，全赛季共30轮，240场比赛，并实施“升二降二”的升降级制度，即当赛季排名末两名球队降至下赛季中甲联赛，当赛季中甲联赛前两名球队升至下赛季中超联赛。
（一）每队胜一场得3分，平一场得1分，负一场得0分。
（二）中超联赛当年度比赛全部完成后，积分多者名次列前。如果两队或两队以上积分相等，依下列顺序排列名次：
1．积分相等队之间相互比赛积分多者，名次列前；
2．积分相等队之间相互比赛净胜球多者，名次列前；
3．积分相等队之间相互比赛进球数多者，名次列前；
4．所属俱乐部的预备队在本赛季预备队联赛中的名次列前者，名次列前；
5．积分相等队在当年中超联赛全部比赛中净胜球多者，名次列前；
6．积分相等队在当年中超联赛全部比赛中进球数多者，名次列前；
7．公平竞赛积分高者列前（红黄牌减分，每张黄牌减1分、每张红牌减3分）；
8．以抽签办法决定名次。
（三）中超联赛赛季进行中，积分高者名次列前，积分相等队排名相同。
2004-2006赛季，每个俱乐部只能引进3名外援，比赛中可以同时上场2人。
2007-2008赛季，每个俱乐部可以同时注册4名外援，比赛中可以同时上场3人。
2009赛季，中超在引援上制定了4 1政策，即每支中超俱乐部最多可以同时注册5名外援，其中至少1名为亚足联会员国的球员。比赛中可同时上场4名外援，其中至少1名为亚足联会员的球员。最初中国香港球员被中国足协定性为亚洲外援，但在2009年5月底的中国足球会议讨论后修改了这一规定，港、澳、台球员在中超、中甲联赛中被视为国内球员，不占用亚洲外援名额。
2010赛季，中国足协制定了允许参加亚冠联赛的球队注册7名外援的政策，政策出台后，国内部分俱乐部以影响公平为由强力反对，导致该政策于不久后被废止，而河南建业成为2010赛季首个享受该政策的球队。
2012赛季，因多线作战导致伤病严重，广州恒大在赛季中提出恢复7外援的“扩充外援政策”提议被通过；提案受到国内多数俱乐部反对，但为了鼓励广州恒大在亚冠争取好成绩，中国足协职业联赛理事会仍旧通过该提案，导致“7外援政策”存在较大的争议。
2013赛季，由于中超联赛其他俱乐部的反对，中国足协取消了7个外援的名额，所有俱乐部都是4 1名额。
2015年12月，中国足协发布《关于调整港澳台球员转会政策的通知》，自2016年1月1日起，取消有关“港、澳、台”球员的特别规定，港澳台球员将从内援变为亚洲外援。2016年1月1日前已与俱乐部签约的“港、澳、台”球员，仍可按照原内援身份执行到合同期满。合同到期后，按新规定执行。
2017赛季，中国足协调整外籍球员上场规则。中超联赛上场的外籍运动员（含亚足联会员协会所属运动员）调整为累计3人次。外籍运动员（含亚足联会员协会所属运动员）注册、报名的规则、数量不变。此外，各球队的守门员不能使用外籍球员，包括港澳台籍的球员。
2018年2月8日，为了促进与港澳台地区的足球交流，中国足协还下发了《关于港澳特区和台湾地区球员参加2018年职业联赛有关规定的通知》，通知中规定：中超中甲球队可以注册一名来自港澳台的球员（门将除外），占用内援转会名额。其中“港澳特区和台湾地区球员”特指：首次注册足协为香港或澳门足球总会的球员，且该球员系港澳特区永久性居民中的中国公民；首次注册足协为中国台北足协的球员，且该球员户籍为台湾地区。因此，当一名首次注册在中国内地的球员移居港澳台并在当地注册后，想要回到内地联赛踢球，将被算作外援。
2019年6月，中国足协发布关于调整《2019中超联赛规程》相关条款的通知，2019赛季中超联赛从第16轮起至赛季结束，外籍球员出场条款由“一场比赛中外籍球员可累计上场3人次”调整为：“一场比赛中同时上场的外籍球员不得超过3人”。
