重庆站站房共两层，二层为1至3候车厅和进站层，一层为4候车厅、贵宾候车室和出站层，售票大厅设置24个售票窗口。
重庆站站址紧邻长江北岸，集城市轨道、公交、长途、出租和社会车辆等各种交通方式于一体，站前广场南侧（靠长江一侧）为长途汽车站及公交车、出租车停靠点，站前广场北侧的皇冠大扶梯与重庆轨道交通1号线和3号线的两路口站连接。
重庆站主要开行普通、快速、特快列车，发往北京、上海、广州、深圳、湛江、南宁、汉口、宁波、乌鲁木齐、成都、昆明、贵阳、遵义、平昌等地。
轨道交通
重庆主城九区3个主要铁路客运站之一（另两个为重庆西站、重庆北站），可与重庆轨道交通1号线、3号线在两路口站换乘，隶属于中国铁路成都局集团有限公司。
重庆站与沙坪坝站共同组成重庆铁路枢纽“三主两辅”客运系统中的两辅火车站。重庆站正在设计改造方案，完成改造后，重庆站将作为成渝高铁的始发站，承担始发终到功能。
前往重庆站的乘客可以乘坐重庆轨道交通1号线或3号线至两路口站，下车后需步行或乘坐皇冠大扶梯（2元/人）前往重庆站。步行约10分钟，乘坐皇冠大扶梯约5分钟。
公交线路
可乘坐207路、210路、347路、414路、439路、503路或618路在菜园坝火车站下车，车站就在站台旁。
1952年7月1日，新中国第一条铁路成渝铁路建成通车，重庆站随之建成投入使用。当天，重庆市各界3万多人在重庆站隆重举行庆祝成渝铁路全线通车大会，国家铁道部滕代远部长亲临剪彩，西南及重庆党政军领导临场祝贺。
1980年1月14日，位于沙坪坝区的沙坪坝火车站投入使用，与重庆站形成两个火车站分工的格局。1989年至1994年，重庆站进行扩建改造。到2005年，重庆站年运送旅客已经达近千万人次，累计运送2亿多旅客。
过去，重庆铁路枢纽的主要客运站为重庆站和沙坪坝站，重庆站为主客运站，沙坪坝站为辅助客运站。随着重庆市社会经济持续快速增长，城市对内对外交通需求逐步提高，位于菜园坝的重庆站由于其所处区位以及地形条件等原因所限，已不能满足需要。
2006年10月22日，位于渝北区龙头寺的重庆北站建成启用。2007年4月18日起，全国铁路实施第六次大提速，重庆北站纳入重庆枢纽实行客车分流，12对由重庆站始发或中转的列车变更为重庆北站始发或中转。 重庆北站启用后，重庆站的功能逐渐被取代，其繁忙程度已低于重庆北站。
2010年3月，国家发改委批准《新建成都至重庆铁路客运专线工程可行性研究报告》，确定成渝高铁线路自成都东站引出，经四川简阳、资阳、资中、内江，经重庆荣昌、大足、永川、璧山至重庆站。2010年3月22日，成渝高铁正式开工建设，全线共设12座车站，西端接轨成都枢纽的成都东站，东端至重庆枢纽的沙坪坝站引入重庆站。
2015年12月26日，成渝高铁正式开通运营。由于重庆站尚未启动改扩建，因此成渝高铁开通初期在重庆北站始发，列车从璧山进入重庆铁路枢纽后通过既有普速铁路线路进入重庆北站，全程运行时间约1.5小时。
2009年，重庆市政府获悉成渝高铁的始发站设在菜园坝后，决定以此为契机对菜园坝地区进行整体改造，并将其作为主城区功能性建筑群，交给市发改委牵头落实。2010年3月全国“两会”期间，重庆市政府与原铁道部签订部市合作协议，合作改造菜园坝地区。菜园坝扼渝中区的咽喉部位，火车站、长途汽车站让这里成为了客流、商贸集中地。上世纪90年代，重庆站周边逐渐形成了水果、摩配、木材、皮革、图书、塑料等七家大型专业市场。交通混乱、鱼龙混杂、环境较差等问题，也成为了硬伤，而其较为破旧的设施等，也与城市发展显得有些脱节。
2010年3月底，重庆市渝中区政府、重庆市规划局向全球征集重庆市高铁站场地区（菜园坝地区）概念性改造方案。此次方案征集菜园坝地区五方面的设计内容：城际高铁站场改造、站场上盖物业建设、地区交通更新、地区城市整体更新、周边环境整治协调及地下空间的利用与挖掘（包括滨水地区的利用和景观协调），以期改变菜园坝地区交通混乱状况，并整合土地资源。
2010年7月，由于亲水岸线的设计和站场综合利用较好，由德国HPP公司的概念性设计方案获得评审通过，并由该公司进一步落实具体方案。依据该方案，改造后的重庆站站场主体是一栋上部镂空、类似铜钱的圆形建筑。一条大型步行通道，将建筑从地面平层对穿。在圆形建筑内部中间区域，通过电梯，直通到地下的火车站台。改造后的菜园坝地区，产业档次同步升级，变身为重庆旅游集散中心和商务总部基地。
车站建成后，进入重庆站的列车在龙家湾隧道附近通过下穿隧道进入地下站台。同时，圆形主体建筑面向长江一侧出口将修建两座过街天桥，乘客出站后可直接步入大型亲水广场公园。站外将修建一条大道，通过电动扶梯和步道，旅客将很快进入两路口的轨道交通换乘中心。在火车站场区域内，还规划了大型的出租车站台和公交站台，与火车站形成无缝衔接。
2010年9月，成都铁路局重庆火车站负责人在重庆市市政委召开的窗口地区环境整治协调会上表示，重庆站将于2011年春运结束后开始实施封闭改造。但此后，重庆站改造工作几度推迟。2012年12月，重庆市发改委相关负责人透露，重庆站原来的“铜钱”状改造方案虽然通过了评审，但在实施过程中面临困难，因此将重新征集改造方案，重庆市发改委正在制定新的改造方案。
重庆站站场规模为4座站台7个站台面，主要途径线路有成渝铁路、襄渝铁路、渝黔铁路。此外，因重庆站改造，成渝高速铁路始发站由重庆站改至沙坪坝站。
