门源站设2个站台,4条到发线(含2条正线),最高集散人数300人,地下通道一座,宽10米。设有2台自动售票机,4个人工售票窗口。
在兰新高铁开通一年的时间里,该站发送旅客超过一百万人次。由于客流持续火爆,特别是门源油菜花旅游季期间,出现单日旅客发送量超过8000人次、接受量超过7000人次的情况,车站规模已不能满足实际需要,门源县人民政府和青藏铁路公司正在协调改建门源站。
办理旅客乘降;行李、包裹托运。不办理货运业务。上行铁路火车站为大通西站,下行铁路车站为军马场站。
门源站位于青海省海北藏族自治州东北部,作为青海省的北大门,门源美不胜收,旖旎风光孕育了特有的多民族文化。门源站设计以当地民族风情为灵感,纳入雅致的雕花、柔和的线条、纯美的颜色,旨在展示多姿多彩的伊斯兰风情与人们对美好生活的执着追求 。
截至2015年3月,门源站布设有至门源县浩门镇城区的公交专线。公交专线由门源县鑫通运输有限责任公司经营,开通了两条公交线路,先期投放了5辆加装投币箱的中型客车,首班车营运时间为08:00,末班时间为22:00,票价为3元,日开行约25个班次。
2009年11月,兰新高速铁路开建,线路经青海省海北藏族自治州门源回族自治县境内设门源站。
2014年11月,门源站完成主体建设工程;12月24日,门源站随兰新高速铁路的建成通车而投入运营。
2019年,青海省发改委下达项目可研批复,投资对门源高铁站进行改扩建,在既有门源站房南侧广场新建站房,青藏集团公司为建设单位,中国中铁六局集团有限公司为中标施工单位。
2020年5月,开始联手启动对原有门源高铁站进行的改扩建工程。
2021年7月1日,门源高铁站改扩建工程正式启用。