宋绍熙年间(1191-1194),州衙毁于大火。洪武三年(1370年)复为府治。之后,正统、崇祯曾两次大修。清乾隆二年(1737年)重修。最近的一次大修约在道光末年,至今仍保存着二堂。
2009年,按照明弘治年的建筑规制,采用“原工艺、原材料、原规制”的模式在原地址对徽州府衙进行了修复。徽州府衙总占地面积2.4公顷,建筑面积9800平方米。主要包括南谯楼、仪门、公堂、二堂、知府廨组群,整体建筑气势雄伟,规模庞大,体现了徽派建筑的精髓。
徽州府衙位于徽州古城景区内,可乘1或2路车至徽州府衙站或古城旅游游客中心站。