该寺现仅存释迦殿、毗卢殿。释迦殿内壁画内容为佛传故事，然已漫漶不清。毗卢殿俗称后殿，建在高1米的月台上，面阔三间，进深二间，平面呈十字形，建筑古朴别致。毗卢寺因其正殿 毗卢殿内绘有精美的儒释道三教合流内容的壁画而闻名。
精美绝伦的毗卢寺壁画吸引了海内外壁画爱好者、专家学者的慕名观摩，他们对鬼斧神工的壁画瑰宝给予极高的评价。1996年11月毗卢寺被国务院评为“全国一级保护文物”，党和国家领导人周恩来、李瑞环、方毅，中国佛教协会会长赵朴初、文化部原部长黄震、著名画家华君武等人都亲临毗卢寺。
毗卢寺在世界壁画艺术上同样享有极高的盛誉，西方壁画专家将其美誉为“东方维纳斯”。美国斯坦顿大学校长参观后说，此行“大饱眼福，受益匪浅”，称毗卢寺壁画的艺术价值已超出国门影响世界。2004年春，日本东京国立历史文化研究所一行专程来毗卢寺研究壁画保护。
细观毗卢寺壁画，每一幅都有一个故事，每一个人物都有一个传说，故事连连传说串串。释迦殿中生老病死的故事讲述了释迦牟尼出家的原因：释迦牟尼太子从东门出宫游玩见到一位70多岁的老人面带苦色，于是他得到了“人活着苦”的结论；不出东门出南门见到病人生不如死，体会到了“世人皆冷漠”；改走西门见死尸觉察出“世人的无奈”；在北门见到自己后来的老师毗卢佛，脱离世俗出家成佛以普度众生，尽劝俗人积善行德。
而流传久远的“女娲造人”也在壁画上面得以体现。自古开天辟地整个世界充满生机，这时神通广大的女神———女娲降临了，一日黄昏，她在清澈的河水中欣赏自己的倩影，怦然心动突发奇想，用河床上的黄土捏出了一个个身体强壮、英俊漂亮、聪明可爱的“小家伙”，起名为“人”，吹了一口气所有的小人都活了，又蹦又跳，手舞足蹈，但是这种方法太慢了，于是女娲用一根木条蘸上泥水后在岸上甩出了一个个的人，但是这种方法造出的人没有捏出的人健壮聪明。她还是觉得这种方法慢，就造出了有阳刚之气的男人和有阴柔之美的女人，这些男人和女人结合后，人类便世代繁衍，生生不息。
