福州南站采用中轴对称、地域风格浓郁的建筑造型。站房入口位于东西向的“向海”轴上，设计手法开放而大气，借以表达福州“海纳百川、有容乃大”的城市精神；立面构图撷取传统建筑飞檐的流线型元素，与福州当地的“鞍形墙”形象暗合，显示出建筑的福州本土特征。截至2010年4月，福州南站总建筑面积19.7万平方米，旅客候车面积21744平方米。
截至2016年10月，福州南站有停车楼和地下停车场，可容纳800辆社会车辆。其中，地下停车场分为A、B两区，设500个停车位；停车楼设300个停车位，停车楼三楼建有走廊，市民通过通道可步行前往进站口。 截至2013年3月，福州南站西站房一层的换乘大厅内设有售票大厅。
截至2010年4月，福州南站总体布局为“两轴”、“四区”。两轴：规划以福州南站交通枢纽为中心，通过两条轴线来控制周边规划和城市空间。四区：分别为站房、广场区、市政配套区、商业开发区。截至2010年3月，福州南站西站房外的站前广场，设置了公交车、长途客车、的士和私家车等停车场。福州南站的主入口，设置在地上二层，设有连接高架平台和小汽车道，站区出入车辆均可以通过站前路与城市主干道（环岛路、螺城路）相连。
福州南站是自2004年12月温福铁路开工建设四年以来福州市铁路建设快速发展的延续。福州南站作为中国十大区域性铁路客运交通枢纽之一，是汇集铁路、地铁、常规公交、汽车客运、出租车、社会车辆等各种交通方式于一体的现代化大型铁路旅客站房，也是中国东南沿海快速铁路通道上已开工建设的大旅客站房，已成为连接长江三角洲、珠江三角洲的重要节点。（中央政府门户网站 评）
公交线路
截至2018年12月，途经福州南站的公交线路共有6条。
1福州公交K2路
火车站北广场
火车南站
05:30-23:35
1元
2福州公交83路
公交仁德站
火车南站
06:00-21:00
1元
3福州公交140路
马尾青洲公交总站
火车南站
07:00-19:00
1元
4福州公交155路
海峡汽车文化广场
火车南站
07:40-19:10
1元
5福州公交161路
福新公交枢纽站
火车南站
06:30-19:00
1元
6福州公交176路
公交大学城总站
火车南站
07:00-19:00
2元
出租汽车
2015年10月12日，福州南站负一层设有的士泊客区，可同时停150辆的士。乘客出站乘扶梯可以直达。
轨道交通
福州南站设有轨道交通站福州火车南站站，途经线路有福州地铁1号线，首班时间06:30，末班时间22:30。
2008年9月2日，福州南站开始动工。
2010年4月26日，福州南站投入使用。
2010年12月底，福州南站东站房竣工，但并未投入使用。
2016年5月18日，地铁福州火车南站投入使用。
自助购票
截至2013年3月，福州南站西站房二层候车大厅南北两边，设有两个进站通廊，通廊门口的检票处各设有5个自动检票机。
便民设施
2014年10月，福州南站开通了中转换乘便民通道，旅客抵达福州南站后，可以根据引导标识牌直接进入南站候车大厅，中转换乘便民通道开通试运营后，方便了旅客出行，也缓解了出站和再次验票进站的压力。
截至2010年3月，福州南站站内换乘全部都有自动扶梯。从西站房一层换乘大厅到二层候车大厅、三层候车区，从进站通廊通往每个站台，以及下动车后从站台到达一层换乘大厅都设有自动扶梯，方便旅客通行。
2014年五一节假期前福州南站无障碍电梯的投入使用，为旅客提供更加快捷、便利的服务，高铁站的服务链得到进一步完善。
截至2010年3月份，福州南站设有残疾人售票窗口。
客运流量
截至2013年12月26日，福州南站的客流量日均1万人左右。
