海口东站鸟瞰图呈船型，站房设计考虑了其作为城际铁路的属性和地形特征，结合当地气候，加强对通过式候车方式的考虑。
截至2010年12月，海口东站站房建筑总面积为9889平方米，高度为31.78米。
截至2010年11月，海口东站站台长度为500米，宽度为12米，无站台柱雨棚39250平方米。
截至2010年12月，海口东站站房采用“下进下出”的进出站方式，共三层，一楼中间为进站集散厅、左侧为售票厅、右侧为综合服务区，后侧主要是设备房和贵宾厅；二楼为普通候车厅和贵宾候车室；三楼为进出动车组列车的4个站台。
在海口市的规划中，以海口和海口东站为中心的周边30平方公里区域，被定位为“全岛铁路客运中心和具有商务功能的交通枢纽型城市副中心”。（海口网 评）
海口东站将成为地域景观与都市风貌交相辉映的城市交通枢纽。（《海口晚报》 评）
2009年7月30日，海口东站动工建设。
2010年4月，海口东站站前广场项目正式动工。
2010年11月17日，海口东站站前广场建成。
2010年12月30日，海口东站正式投入运营。
自助售票
截至2018年2月，海口东站售票厅设有自动售票机14台，自助取票机6台。
便民设施
2018年2月起，海口东站针对春运期间客流量特点，对老、幼、病、残、孕等重点旅客的安排绿色通道进站上车。
2018年11月起，海口东站实行电子客票服务试点，旅客可凭身份证等有效证件购票、检票、乘车。
2019年1月起，海口东站开辟军人专用售票窗口、安检通道、候车区域。
客运流量
2014年1月16日，海口东站发送旅客量为1.42万人次。
2015年10月1日，海口东站发送旅客量为2.05万人次，到达旅客量为1.43万人次。
2015年6月19日，海口东站发送旅客量为1.58万人次。
2015年12月31日，海口东站发送旅客量为1.7万人次。
2016年1月24日，海口东站发送旅客量为1.58万人次。
2016年2月7日至2月13日，海口东站发送旅客量为11.19万人次。
2017年1月21日，海口东站发送旅客量为1.9634万人次。
2018年2月1日，海口东站发送旅客量为1.86万人次。
2018年4月5日，海口东站发送旅客量为3.463万人次。
2018年4月28日至5月1日，海口东站发送旅客量为10.13万人次。
2018年6月15日至6月18日，海口东站发送旅客量为10.44万人次。
2018年8月22日至8月24日，海口东站发送旅客量为9.75万人次。
2019年1月21日，海口东站发送旅客量2.46万人次。
