截至2010年10月，余杭站站房面积13000平方米，采用“下进下出”的流线模式组织客流。余杭站总长度约174米，外立面主打横线条，车站主体为地上二层岛式车站，是原沪杭高速铁路上一座建在高架上的车站。车站设计结合良渚文化元素，打造一座“玉琮城”，形成“高铁 地铁 物业”综合体，集商业、办公、居住、旅游等多种功能于一体。
余杭站南广场包括地下汽车库、地上广场以及高铁站南北两侧地下通道，广场面积约4.81万平方米，地下室面积约4.84万平方米。
余杭站的每个入口都设置了自动检票机，候车大厅与站台由两部电梯连接。一层为进站口与候车室，站台则位于二层的南北两侧。 旅客在一楼进车站，过安检，到候车室，乘车时需坐电梯到二楼。
余杭站使得余杭区的人民权重生活更加便捷，推动了余杭与长三角之间的融合。（新浪新闻中心评）
轨道交通
截至2018年8月，杭州地铁1号线途径余杭站，并在此设有余杭高铁站地铁站。车站现设有A口和C口共两个出入口，从C口出站即可直接到达余杭站。
公交线路
截至2018年7月，途经余杭站的公交线路共有6条。
1杭州公交273路
天都城
高铁余杭站
06:30-07:10
2杭州公交472路
高铁余杭站
新纺路公交站
06:30-22:45
3杭州公交763路
高铁余杭站
余杭高级中学
06:00-22:30
4杭州公交765路
高铁余杭站
塘湾村
06:00-19:00
5杭州公交775路
高铁余杭站
新纺路公交站
06:45-18:45
6杭州公交786路
高铁余杭站
塘栖站
06:00-22:30
2009年2月26日，原沪杭高速铁路正式开工建设，全线共设车站9座，包括原余杭南站（现余杭站）。
2010年10月17日，余杭站正式进入试运行阶段。
2010年10月26日，随着原沪杭高速铁路正式通车运营，余杭站正式开通运营。
自助购票
截至2018年8月，余杭站设置有2台自助售取票机，位于车站的北售票处内。
便民设施
余杭站提供办理临时身份证明的服务，旅客可以到车站警务室或公安派出所开具相关临时身份证明。
余杭站的商铺位于候车大厅左右两边的8个拱形大后面，为候车旅客提供服务。
客运流量
截至2010年12月18日，余杭站日均客流量已经超过2000人次。
