原杭州南站站房建筑面积为3642平方米，站前广场27972平方米。原杭州南站在作为杭州东站的分流车站之一时，在原有站房的基础上增加南候车厅，检票口直连天桥通道；原北候车室扩容350平方米，增加了动车组候车区；原行李房改建为售票厅，售票窗口增加一倍；新建了4号、5号站台，1号站台做整体抬升；空调由立柜式改成了中央空调。
截至2016年1月，新杭州南站由德国GMP建筑事务所和铁道第三勘察设计院共同设计。从高处俯瞰如一枚白色芯片镶嵌在萧山区金城路与萧绍路之间的地面上，总用地面积204亩，总建筑面积约22.2万平方米，总投资约258629.47万元。车站站房的设计采用杭州传统建筑的建造形式，站房基座采用灰色花岗岩，车站主楼用白色墙壁将候车大厅的层面围合在内，立式镂空百叶环绕其间，刻画出中国古典窗棂的情趣意象。
截至2016年1月，新杭州南站站房为五层结构，分为地下二层（地铁站厅层）、地下一层（出站换乘层）、广场层、候车层和商业候车室夹层。杭州南站综合交通枢纽以铁路杭州南站为中心，由东、西广场组成。
截至2017年2月，新杭州南站东西广场之间有地下通廊相连，旅客可以步行来往东西广场。其中，东广场面积是西广场的近3倍，是杭州南站的主广场，设商贸中心、地铁换乘、公交枢纽站、长途车服务站、旅游大巴车场、出租车停车场（100个）、社会车辆停车场（1060个）等综合服务。西广场设置了公交枢纽站，有出租车位48个、停车位438个和其他服务设施，西广场地上二层有休闲广场，商业街以及健身设施。
新杭州南站建成后将成为杭州城市南部现代化综合交通枢纽中心，江南城东部地区发展的都市引擎，集现代服务、旅游集散和居住职能为一体的新兴城市区域。新南站将会形成人流、物流集散地，带动商业、服务业的兴盛，形成大的商圈，同时带动周边地区的发展，成为杭州南大门标志性门户空间。（杭州市萧山区住房和城乡建设局 评 ）
轨道交通
杭州地铁火车南站站位于杭州南站东广场地下，途经线路有杭州地铁5号线和杭州地铁11号线。其中杭州地铁5号线处于建设中，预计2019年底通车，杭州地铁11号线处于规划中。
公交线路
截至2018年1月，途经杭州南站的公交线路有3条，分别是杭州公交300路、杭州公交123路和杭州公交328路。
1931年6月，随着萧山境内铁路的建设，杭州南站的前身萧山火车站正式启用。
1949年，车站已有6条股道。
1992年6月，在现址新建了萧山站的新站房，原萧山火车站停办客运业务，成为二等货运站，改名叫萧山西站。
2010年1月1日，萧山站更名为杭州南站；同年1月20日，因杭州东站改造并取消办理客运业务，原在杭州东站停靠的旅客列车部分移至杭州南站办理客运业务，作为分流车站之一的杭州南站进行了改造并投入使用。
2013年7月1日，随着杭州东站启用，杭州南站进入改建阶段，暂不办理旅客运输业务。
2018年6月21日，杭州南站主体建设已完毕，车站西广场已具有开通运营条件。
预计2019年底前，杭州南站将正式投入使用。
截至2013年7月，杭州南站站场为3台7。改造后杭州南站预计于2018年底前启用，新杭州南站将变为7台21线。杭州南站的途经线路有沪昆铁路、萧甬铁路、杭甬高速铁路、沪昆高速铁路和杭黄高速铁路。
便民设施
杭州南站的商业配套主要位于西广场，提供包括餐饮在内的多项服务，预计2019年末正式投入使用。
客运流量
2009年，萧山站（现杭州南站）发送旅客108.4万人次，到达旅客100.0万人次。
2011年10月6日，杭州东站发送旅客2.6万人次左右。
