一只渔船在海上打捞上一个奄奄一息的男子，在救治过程中，发现男子身中数枪，并有刀痕。奇怪的是从臀部取出一个芯片，上面有瑞士苏黎士银行的一个帐号。在船员们精心的照料下，男子虽然身体康复，但是他已经失去了往日的记忆，不知自己是谁，叫什么名字！船在西班牙停泊后他前往瑞士苏黎士。由于没有证件只好睡在公园的长椅上，被执勤的警察叫醒，只想睡觉的他对警察的纠缠忍无可忍，动手打倒了警察。这时他发现自己不但武功高强，而且还会说多国语言。这令他莫名其妙……
与此同时，CIA（中央情报局）部署的一个被称为“绊脚石”的计划正在执行中，但是派出去的干员与CIA失去了联络，CIA十分焦急。
男子来到苏黎士银行写下了那个神秘的账号，按一切程序检测完毕以后，银行把保险箱拿给了他。打开保险箱后，他惊呆了，一把手枪、多国钞票、六国护照和一个巴黎的住址，而且六本护照上写的都是同一个名字——杰森·伯恩，这一切使他陷入了冒险的旅途。
在美国使馆内，伯恩认识了一个女孩叫玛莉。她正与工作人员争吵。伯恩的举动被安检人员发现，警察上前抓住伯恩，但都被他三拳两脚打翻在地，他逃出了使馆。
正当伯恩无处可逃之时，遇到在使馆见到的女孩玛莉，他请玛莉开车把自己送到巴黎，付一万美元，到巴黎之后再付一万美元，玛莉惊喜，同意将伯恩送到巴黎。
CIA的人也在寻找失踪的“伯恩”，因为伯恩是中情局的干员，被派出去执行被称为“绊脚石”的暗杀行动，但事情现己败露，CIA决定除掉伯恩，因此派人到处寻找伯恩。
玛莉开车送伯恩前往巴黎途中对他产生好感， 决定帮助他。伯恩始终没有搞清那个帐号、护照等等是怎么回事。他拿着巴黎的地址穿过数条街道寻找门牌号。找到之后他稍做安顿，突然一个杀手闯了进来，经过一番激烈的撕打，杀手跳窗而逃。伯恩感到自己己被跟踪，带着玛莉马上离开了。伯恩劝告玛莉不要跟着他，否则很危险，自己则要留下来把事情搞清楚。但玛莉并没有离开伯恩，为了安全，伯恩给玛莉改变了发型。CIA在调查案子的同时，伯恩也在加速搞清事情真相。
沃姆伯西在家中被杀，CIA认为是伯恩干的，因此他一直都在被追杀。自己到底是谁？是在顶替谁？这一切令伯恩百思不得其解，他到过停尸间，走访过渔具商店经理和航海保全部，结果都令他很失望。伯恩被八方追击，玛莉决定带伯恩到朋友伊蒙家中暂避，但是在这里也同样被盯上了。伯恩拿出一笔钱让玛莉赶快逃离这里。伯恩告诉玛莉离开后千万不要同任何人联系。
伯恩电话中约CIA的头目在巴黎新桥见面。CIA趁此机会加大警力，一定要除掉伯恩，伯恩在与康（CIA的头目）对话中揭露了他的阴谋。
经历第一集中的腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙饰）和自己的女友化名隐身在一个偏僻遥远的海滨小镇。虽然伯恩不愿意回视过去，但“过去”却一直都在追随着他，伯恩发现秘密组织的杀手已经潜入小镇 ，为了保护女友玛丽·克鲁兹，他必须战斗。是一起国际政治刺杀事件让CIA重新审视已经失踪的伯恩的档案，一名某大国政要被职业杀手刺杀，刺杀者留下的证据显示他的名字叫“杰森·伯恩”，这是大卫·韦伯从前在中央情报局的化名。于是大卫·韦伯不仅仅要防备秘密组织暗地里的追杀，还要避开时刻寻找他的CIA特工。在上一集中和伯恩并肩作战的尼科莱特信任伯恩，但她发现自己也身陷困境。事态似乎变得越发失去控制，四面楚歌的“伯恩”现在只有单枪匹马地去找出那个冒充自己的人，洗刷自己和尼科莱特的清白。
杰森·伯恩，这个对自己的过去一无所知的男人原本已经放弃了再追寻丢失的记忆的念头。因为他虽然没有国籍、虽然没有身份，但却找到了自己的挚爱玛丽。他原本打算与玛丽甜蜜的过完下半生，生儿育女，不再理往事。然而，伯恩虽有淡出之心，但拥有一身本领的他却相当惹眼，那些将他抛到地中海的黑暗组织早派人来追杀这个失忆的成员，而与伯恩一起逃亡的玛丽死在枪下。
失去惟一依靠的伯恩发誓要找回自己的记忆，了解自己的身份，进而为玛丽报仇。失去妻子的伯恩游荡在欧洲各地寻找线索，已经成为暗杀目标的伯恩靠着自己一身本领制服了前来暗杀他的几个人之后，从他们身上找到了一丝线索，他渐渐知道自己所遭遇的一切与一个叫“踏石”的秘密特工养成计划有关，而他也是这个组织培养出来的特工。目前，“踏石”组织已经被美国国防部的一个新计划“黑烟斗”所取代，而“黑烟斗”的其中一个任务就是铲除已经不受控制的伯恩，“黑烟斗”潜伏在世界各地的杀手们都成了伯恩的敌人。
然而，已经失去妻子的伯恩再无牵挂，他选择主动出击，要将有份参与养成黑特工杰森·伯恩计划的一干人等统统灭掉，为自己报仇同样也为妻子报仇。伯恩四处奔走追击，先后到莫斯科、马德里、巴黎、摩洛哥的首都丹吉尔还有伦敦等地调查，期间与“黑烟斗”特工展开连串厮杀，同时又要对付国际警察和当地执法者。敌人越来越多，而伯恩的调查也越来越深入，疑问也逐渐得到解答，而最后，他到了纽约，在这里，他将能找到一切的答案，同时也能了解一切的事端。
继杰森·伯恩后，另一美国中情局特工艾伦·克劳斯（杰瑞米·雷纳饰）亦将身陷险境。因为“杰森·伯恩事件”，令中情局的特工行动“绊脚石Treadstone”被公开，为了隐瞒其它特工行动，以拜亚（爱德华·诺顿饰）为首的美国中情局，正计划铲除过去数十年来发展的特工行动，包括“结果”（Outcome）行动当中，体能和智能更“先进”的“5号”特工艾伦·克劳斯，展开横跨全球的逃杀。而艾伦·克劳斯剩下的唯一希望，竟然就是过去四年来，不断在背后监控和研究其活动的科学研究员玛泰博士（蕾切尔·薇姿饰）。
在后斯诺登时代，中情局系统被黑客入侵，多项特工计划可能泄露。与此同时，中情局还发现了杰森·伯恩（马特·达蒙饰）和好搭档尼基·帕森斯（朱丽娅·斯蒂尔斯饰）的踪迹。年轻的网络专家海瑟·李（艾丽西亚·维坎德饰）自告奋勇追踪杰森·伯恩，而杰森·伯恩也在寻找着关于自己身世的惊天黑幕。中情局高官罗伯特·杜威（汤米·李·琼斯饰）是知晓一切幕后秘密的人。罗伯特·杜威、海瑟·李和杰森·伯恩之间的角力悬念，不到最后一刻，就无法了解真正的结局。
演员 马特·达蒙
原名大卫·韦伯，是一名曾参加过海湾战争的美国陆军，后加入特种部队并晋升上尉。1999年，韦伯自愿加入中情局主导的“绊脚石”计划，经过严酷的训练，变成心思缜密、拥有高超杀人技巧的杰森·伯恩，因一次任务失败掉落海中，被救后已丧失所有记忆。精通多国外语，在枪械、爆破、格斗、跟踪、驾驶各种交通工具等领域都是顶尖高手，有着超快的应变能力，极强的逻辑思维和条件反射般的危机察觉能力，擅长将日常生活随处可见的用品化作杀人利器，无愧于“世界上最难追踪的人”，“行走在地球上最酷的特工”等称号。伯恩在失忆后价值观大有改变，不再沉迷于暴力和杀戮，一心只想找回身份后做一个普通人，其身不由己的遭遇和平民英雄的气质，令人充满同情和赞叹。
演员 弗兰卡·波坦特
德裔女孩，与伯恩在美国领事馆外相遇，驾车载伯恩去巴黎，并在与他一同出生入死中萌生了感情。与伯恩一同在印度生活两年后，被俄罗斯杀手狙击身亡。
演员 杰瑞米·雷纳
艾伦·克劳斯是一位出自“绊脚石”计划升级版“结果”行动的超级特工，在科技的帮助下体能和智能都超越伯恩。艾伦因伯恩事件受到牵连被迫逃亡，引出了所有中情局特工计划的幕后黑手。“结果”行动，结合了现实中美国特工的秘密研究，包括如何打造超级士兵的组织DARPA（Defense Advanced Research Projects Agency）。DARPA与药物公司、医学研发人员、硅谷等，一同把士兵打造成超级战士，另其在体格、忍毒和睡眠恢复能力上有所提升，艾伦·克劳斯就是这种能更快痊愈和学习的特工，是新一代升级版的伯恩，伯恩开始的事情，将有艾伦来完结。艾伦在逃亡的路上结识了负责特工实验的医学研发人员蕾切尔·薇姿，二人将一起躲避中情局的恐怖追杀。
2003年美国本土出租DVD和家庭录像带最多的一部电影就是《谍影重重》。
在二区发行的特别版本DVD上，无论是院线版或者替换版的碟片上，都没有出现《谍影重重》的英文片名“The Bourne Identity”，唯一的例外就是有环球公司的标志，全体演职员表都出现在片尾，但依然没有片名卡片。
布赖恩·考克斯在另一部电影《特工狂花》中，也扮演了一位暗杀者，在一次意外受伤之后也是得了失忆症。
可以十分清楚地看到克里夫·欧文所扮演的角色开的是一辆宝马车，正如他正在做着宝马车的生意。
在电影开始的时候，杰森·伯恩正看着镜子然后说"Weet je wie ik ben? Hou dan godverdomme op met dat gezeik en zeg het me"，这是荷兰语，意思是"你知道我是谁吗？那么就不要说那么多废话，快点告诉我吧。"
影片原定在2001年6月上映发行，但由于导演道格·里曼要求补拍镜头而推迟，其中有在电影中段出现的汽车追逐场景。
在道格·里曼的要求下，编剧托尼·吉洛伊并没有阅读原著小说《伯恩的身份》，而是根据里曼专门为他准备的故事大纲进行工作的。
剧本最初设定玛丽是一位美国人，她的姓氏是Purcell，有着绿色的头发。最终确定她的姓氏改为Kreutz，国籍则是德国人，而头发则是多种颜色的。
2001年3月12日，也就是正当电影进入后期制作中，原著小说的作者罗伯特·鲁德鲁姆便离开了人世。
布拉德·皮特曾邀请出演杰森·伯恩这个角色，但被他拒绝了转而拍摄了电影《间谍游戏》。
导演道格·里曼开始着手这部电影，其创作灵感竟然是受到德国影片《疾走罗拉》的启发，在这部电影中满头红发的女主角弗兰卡·波坦特于是在他的这部《谍影重重》中挑起了大梁，出演了玛丽。
布赖恩·考克斯和克里斯·库伯两个人拍摄他们的戏都只用了五天的时间。由于电影结尾的调整，两位演员后来都重拍了一些镜头。考克斯没有用上的重拍场景可以在DVD版本的花絮中看到。
伯恩Bourne这个名字来源于美国罗得岛州的一位名叫安塞尔·伯恩的牧师，这是第一位有档案记录的分离性漫游病例，1887年有一天他忘记自己是谁，在宾夕法尼亚州开始一种新的生活，并且取名为布朗，在那里开了一家便利商店，大约在三个月之后，他清醒过来不但记得自己作为伯恩的生活，而且还把自己作为布朗的生活全都忘记了…这当然就很麻烦了，他非常困惑为什么自己会出现在宾夕法尼亚州。
伯恩护照上的出生日期上面包含了各种不同身份的详细信息（例如伯恩的身份证），影片中从来不会显示出他的真实出生日期。在《谍影重重3》中，才在电脑屏幕上显示杰森·伯恩的真正出生日期是1970年9月13日。
影片绝大部分在柏林拍摄完成，因为柏林曾是冷战时期的热点地区。此外，剧组还曾在印度和莫斯科取景。
针对主要演员的动作和驾驶训练在柏林郊区进行。
在进行追车场景的拍摄时，剧组组动用了“GO-Mobile”特技驾驶摄影机，它可以高速移动，重心超低，并且随心所欲的根据移动工具而改变底盘大小，从几十个摄像角度来拍摄车体和移动中的剧烈变化。
在俄罗斯追车的场景中，伯恩驾驶的是伏尔加3110。
为营造出粗糙、纪录片式的影像风格，导演在大多情况下都用手持摄影机拍摄，并将色彩柔化，不惜任何代价拒绝电脑的介入，其中所有特技镜头均为真实拍摄。
与007不同，伯恩使用的所有装置都真实存在，而且普通人都能买到。
在正式上映的几周前，影片结局还在进行修改。
影片采用倒序拍摄，即片头最后拍摄，而结尾则最先拍摄。
片中伯恩曾将报纸卷当作武器，这正来源于一种古老的菲律宾武术，伸手可及的日常用品都可以被变成武器。
伯恩在房顶掩护帕梅拉所用的狙击步枪为Walther WA2000。
影片的导演托尼·吉尔罗伊是前三部《谍影重重》的编剧。而这也是他第一次执导续集电影。
影片改编自埃里克·范·拉斯贝德撰写的同名小说。这是他所撰写的7本“伯恩系列小说”中的第一本。而前面三部《谍影重重》则改编自罗伯特·卢德伦撰写的“伯恩三部曲”。到目前为止，“伯恩系列小说”一共出品了十本。最后一本《伯恩的命令》（The Bourne Imperative）于2012年的6月5日出版。
虽然影片标题叫做《伯恩的遗产》（The Bourne Legacy）。但是伯恩这个人物不会出现在这部电影里。
影片的立项过程充满了艰辛，很多人认为没有必要拍摄《谍影重重4》，拍摄《谍影重重2》和《谍影重重3》的导演保罗·格林格拉斯就在影片尚未立项的时候半开玩笑地说，这个第四集《谍影重重》最好叫做《多余的伯恩》（The Bourne Redundancy）。
在杰瑞米·雷纳之前，包括杰克·杰伦哈尔和迈克尔·法斯宾德在内的数十位好莱坞当红明星都是扮演特工艾伦·克洛世的候选人。
影片的导演、编剧托尼·吉尔罗伊和另一位编剧丹·吉尔罗伊是亲兄弟。
影片在加拿大、美国、菲律宾等地取景拍摄。
该片在特纳利夫岛拍摄时用了500个说西班牙语的当地人作为群演。为了拍这场戏，他们都学会希腊的歌曲。
《谍影重重》前四部电影，托尼·吉尔罗伊均为编剧之一，但他唯一没有参与《谍影重重5》的剧本创作。
马特·达蒙为了角色每天加强锻炼运动，保持身材，还有非常详细的节食计划。
马特·达蒙在拍摄《谍影重重5》中的危险动作戏份时，他一个人替身多达15个。
