传统的清真寺为圆顶，费萨尔清真则呈八角形，活像一座巨大的沙漠帐篷。它的外体用的是白色大理石，里面用马赛克装饰。祈祷厅内没有一根柱子，所有重量都由那4座宣礼塔拉起和承受。此建筑的设计者是土耳其出名的设计师维达特·达罗凯。当年他以综合了现代、古代伊斯兰和土耳其建筑风格的设计理念，在专门为建造大清真寺而举办的国际设计大赛中一举夺魁，因而得以把他的独运的匠心变成一件挺拔的杰作。
费萨尔大清真寺的大祈祷厅可以同时容纳近万前来祈祷的人，而清真寺正面和左右两翼的回廊、庭院又可以容纳数万人做礼拜。人最多时，大清真寺四周的广场上也成为穆斯林做礼拜的地方。
整个建筑群由礼拜殿、宣礼尖塔、院内广场、回廊、办公楼、宿舍和沐浴室等组成。主体建筑礼拜大殿，是一座大跨度无柱帐篷式结构，用钢筋水泥铸成。
顶部和四壁修有通气孔道，状似蜂房。拱形圆顶高达40米，中央悬挂一盏3吨重的大系列吊灯，由近百根镀金管组装而成，装有几百只灯泡，辉煌耀目。
大殿的两根下弓形十字交叉混凝土大梁，四端抵着4座灯塔的基根，4片菱形殿脊呈对角分担在下弓形梁上。大殿的四面各呈立三角形，有很清晰的立体几何感。大殿南、北、东3面开门，地面用花岗石铺砌。殿内除可容纳1.3万人做礼拜外，还设有可容纳1000多人的妇女专用礼拜厅。殿外四角各建有l座90米高的宣礼尖塔，塔尖顶端轻托着一勾银亮的新月。
整个寺院呈长方形，中间设一方形喷水池，地坪铺以白色大理石，南、北、东3面为宽阔的回廊及办公用房。礼拜殿连同广场和回廊，可容纳20余万人同时做礼拜。该寺系由巴基斯坦工程技术人员设计，并使用本国材料建成。白色的宏伟建筑，成为“清真之国”首都的主要象征。
说它是大师的杰作，突出表现于它的选址和设计上。从伊斯兰堡市中心出发，一直向西北直奔马尔格拉山的南麓，远远的就可以看见4座高耸入云的锥状尖塔，顶部金色的新月饰物在太阳的照耀下熠熠生辉。原来，当年人们选择在马尔格拉山山脚大兴土木，除了要用这座山作为背景和屏障，更倚重它天然“崇高”的地理位置。那4座尖塔，名字就叫宣礼塔，又叫拱卫塔，高度近90米。但只要稍微走近一些，如不抬头，就难以看到它们高高的身影，而那座穹顶不及它们一半高的主体建筑大祈祷厅就是眼前所有的风景。
