玉佛寺是一座仿宋殿宇建筑，布局严谨，占地面积约11.6亩，建筑面积8856平方米。玉佛寺建筑师承宋代寺院风格，中轴线上排列着天王殿、大雄宝殿、玉佛楼三重殿堂，东西两侧配建有观音堂、铜佛殿、卧佛堂、怀恩堂、禅堂、斋堂等，并开设了文物室、法物流参通处和素斋餐厅，共有堂舍200多间。
第一进殿是天王殿。二进主殿为大雄宝殿，东侧是东方琉璃世界的药师佛；西侧是西方极乐世界的阿弥陀佛。宝殿后方设“海岛观音”壁塑，中间手持净水法瓶、脚履鳌鱼、慧眼注视人间的是“大慈大悲、救苦救难观世音菩萨”。第三进殿为方丈室。正面墙上挂着禅宗始祖达摩画像，方丈室楼上即是玉佛楼。大殿正中供奉的即是慧根法师请回的玉佛坐像。寺庙西侧卧佛堂内，供白玉卧佛一尊。
玉佛寺1983年被国务院列为汉族地区佛教全国重点寺院、1994年由上海市人民政府公布为市级建筑保护单位。
大雄宝殿是寺内的主体建筑，长约30米，宽约25米（宽7间，进深5间），外观为宋式两层宫殿式建筑，古朴庄严。殿正中是释迦牟尼佛，两侧分别是阿弥陀佛和药师佛，三尊大佛趺坐在莲花座上，神态安详。佛像通高4米，全身披金，使整个殿堂都显得金光灿烂肃穆庄严。释迥牟尼佛头顶上方的藻井上，绘述着释迦牟降生时的裸体法相和九龙吐水为他沐浴的漩涡形条纹图，生动有趣。
大殿两侧不是十八罗汉像，而是塑着护持佛法的天神——二十诸天像。三尊大佛的背后是一幅海岛观音的巨型彩塑。画面上观音站立在鳌头上，四周许多善财童子正在进行“五十三参”（向53位有佛法、善知识者参学佛法），并得到观音菩萨的教化。壁塑下部是造型各异的十八罗汉像，有的平和慈祥，有的刚劲勇猛。一般寺院都把十八罗汉排在大雄宝殿的左右两侧，而玉佛寺把他们安排在海岛观音塑像的下边，独具特色。
玉佛楼因供奉玉佛而得名。此尊玉佛坐像，高1.95米，由整块玉石雕琢而成。佛像结跏趺坐，左手掌心向上放在左腿上，作禅定印，表示释迦牟尼在菩提树下静虑入定，觉悟成佛右手自然下垂，手指触地，称“触地印”。佛像脸部丰满，眉如新月，双眼半开，双唇紧闭、安详。这座佛像雕琢精细，佛像的袈裟边缘以及右臂的臂钏上，饰有一百多颗翡翠、玛瑙等宝石。整个佛像发出晶莹剔透的光泽，使佛像呈现出安详宁静、仁厚慈爱的神态。
地铁
地铁13号线“江宁路”站下，步行约5分钟左右到达。
公交
19路、206路、316路、738路“江宁路安远路”站下。
清光绪八年（1882年），普陀山慧根法师朝五台，历峨眉，入西藏，到印度，礼佛后过缅甸，在当地华侨的赞助下，开山取玉，雕成五尊玉佛，并请回普陀山。路经上海时，留下坐佛、卧佛各一尊，即在江湾镇造庙供奉，称玉佛寺。
较早的玉佛寺是清光绪二十六年（1900年）建立在吴淞江湾车站之侧，由慧根法师的弟子本照法师任持。辛亥革命后，寺毁于兵火，仅玉佛幸存。一度以盛宣怀舍殚根路（今维安路）别墅为寺，供奉玉佛。
民国七年（1918年），佛寺毁于兵火，故择现址重建，新寺易名为“玉佛禅寺”。民国七年（1918年）起，佛教禅宗支派临济宗僧人可成法师在今址建新寺。经过十年的“躬营奋筑”，相继落成了佛殿、楼阁、斋厨等仿宋寺庙建筑群，使玉佛寺“丹艧觚绫，崇闳壮丽，蔚为巨刹，甲于海上。”
民国三十一年（1942年），玉佛寺住持远尘法师曾在寺内创办了上海佛学院。邀请镇江竹林寺震华法师任院长兼教务长，招收学僧30人。后因种种原因办。
新中国建立后，玉佛寺被列为全国重点文物保护单位，国家多次进行拔款进行维修。
1963年1月8日，周恩来总理亲自陪同斯里兰卡总理班达拉奈克夫人来到玉佛寺，参加为纪念斯里兰卡前总理班达拉奈克诞辰64周年举行的纪念法会。
“文化大革命”中，在市委的保护下，各级政府、有关单位和广大干部群众及寺内僧人相互配合，使整个寺院建筑完好地保存下来，经卷佛像、法器法物也安然无恙，两座玉佛完好无损，一切佛教活动都停止。
1976年10月以后，为落实宗教信仰自由政策，玉佛寺又重新作为佛教活动场所恢复开放，成立了“玉佛寺管理委员会”，流落僧人纷纷回寺。还拔出资金，对年久失修的寺庙进行了维修。十一届三中全会以来，玉佛寺交从自己管理，由上海市佛教界人士按寺庙体制推了方丈、监院等僧职。
1979年，由真禅法师担任玉佛寺的住持，恢复了佛教十方丛林制度。
1981年起，恢复举办各类佛事法会。
1983年，上海市佛教协会在玉佛寺恢复了上海佛学院。
2006年7月，玉佛禅寺与华东师范大学联合，发起成立“华东师大觉群佛教文化研究所”，并出版《人间佛教的都市发展模式》、《西藏佛教与和谐社会》两部研究专著。
玉佛寺自恢复开放以来，在对外接待方面也做了大量工作，成为上海市对外友好交往的一个重要窗口。据统计，从1981年至1989年，上海市的玉佛寺、龙华寺、静安寺三大寺共接待了2000多万人次，其中外宾250多万人次。凡是到上海参观访问的外宾几乎都前往寺庙参观，包括一些政府要人和各界人士，如美国前总统里根的夫人、巴西总统夫人、英国玛格丽特公主、泰国王储玛哈拉集拉萨先生、法国前总理皮埃尔、印度总理夫人、西哈努克亲王夫妇、澳大利亚总督、加拿大总督、港澳总督，以及港澳台和世界各国佛教界的高僧。
1983年，上海玉佛寺被国务院确定为汉族地区佛教全国重点寺院。
1994年3月18日，玉佛寺由上海市人民政府公布为市级建筑保护单位。
2014年，玉佛禅寺启动史上较大规模的修缮。砖木结构的寺庙已远超安全使用年限，寺院东西部区域将全部拆除，借着此次保护性修缮的契机，玉佛寺将由原先的“家宅式”寺庙升级为“传统江南寺院”格局。
2016年1月，寺内东侧殿堂全部完工；7月，玉佛寺普贤殿举行上梁典礼。2017年9月2日，玉佛禅寺大雄宝殿启动平移工程，按照工程方案，大殿将先向北水平移动30.66米，平移到位后，在原地向上顶升1.05米。
2017年9月2日，玉佛寺启动大雄宝殿的平移工程。同时，内部佛像及文物也将同步完成平移。
2017年9月17日，举行“上海玉佛禅寺消除公共安全隐患保护性修缮工程大雄宝殿平移顶升圆满即位仪式”上，中国佛教协会副会长、玉佛禅寺方丈觉醒法师启动“如意圆满球”，大雄宝殿缓缓完成后10毫米的顶升，圆满即位。
2018年2月3日，玉佛禅寺举行“大雄宝殿平移顶升圆满落成启用庆典暨圣像装金启动、乐震文先生捐画和大雄宝殿落成纪念券发行仪式”。当天也同时启动了大雄宝殿圣像装金，自2018年2月3日起，玉佛禅寺将对大殿里面的所有佛像进行保护性修缮、装金。这标志着玉佛禅寺大雄宝殿完成了百年来重要的一次修缮。平移修缮后，大雄宝殿的安全和防震性能有大幅提升，大雄宝殿前加盖的观音殿和钟鼓楼也已全部完工，并投入使用，这让玉佛禅寺的建筑布局更加完整。而且大殿前的广场面积，也扩大至原先的2倍，即使在人流量较大的节日，也能保障广大信众来寺祈福时的安全。
1984年以来，玉佛寺每年春天都举行华严佛七法会。
1982年起，玉佛寺开始青年教徒剃度出家，并举行了学戒堂，向青年僧侣佛学知识和佛门礼仪。
1985年，方丈真禅法师主持，玉佛寺举行隆重的传戒法会。
每逢初一、十五或佛教传统节日，善男信女，三皈居士，接踵而至。院内香烟缭绕，福烛高照，都市风光中的丛林名刹，超凡脱俗、别具韵味。2014年，玉佛寺因使用年限展开了为期3年的大修，大修后的玉佛寺将以崭新的姿态面向大众。
2016年6月9日正值端午佳节，中国佛教协会副会长、上海玉佛禅寺方丈觉醒大和尚带领众僧及义工，在寺院山门前发放“福粽”，吸引众多市民、游客排队。
2017年12月31日晚，上海玉佛禅寺举行“祝福上海——2018上海社会各界迎新年慈善晚会”。
