陕西中医药大学第二附属医院是国家中医药管理局三级甲等中西医结合医院、第三批全国重点中西医结合医院、国家推拿专业区域诊疗中心（培育）、住院医师规范化培训基地协同单位、陕西省博士后创新基地、陕西省中医药文化建设示范单位、陕西中医药大学第二临床医学院、临床医学一级学科建设单位。医院始建于1973年1月，前身为“陕西省第二纺织医院”，2008年8月16日整建制划转陕西中医学院管理并按中西医结合医院建设，更名为“陕西中医学院第二附属医院”，2015年更名为“陕西中医药大学第二附属医院”。
医院先后获得“国家卫生部爱婴医院”、“陕西省卫生行业文明示范单位”、“陕西省首批百姓放心医院”、“陕西省卫生系统先进集体”、“陕西省诚信医院”、“咸阳市文明单位标兵”等荣誉称号。
医院始终以提高医疗质量和服务水平为目标，充分发挥中西医结合特色优势。现有国家区域诊疗中心培育项目1个，省级中医诊疗中心1个，陕西省教育厅“一流专业”建设项目1个；重点学科和专科建设项目23个，其中国家临床重点专科（中医类别）1个，国家中医药管理局“十二五”重点学科2个、重点专科1个，重点专科培育项目2个，陕西省中医药重点学科2个、专科9个，咸阳市重点专科6个。重点专科和学科分布在心血管病、脑病、糖尿病、血液病、肿瘤、脾胃病、肺病、妇产科、重症医学、针灸康复、治未病和中医康复学等重大疑难疾病和社会急需的专业。开设国医堂和名老中医工作室5个，包括国医大师张学文教授等一批全国著名中医药专家长期座诊、查房和带教。妇产学科技术领先，年出生新生儿近万名，1988年获批“咸阳市妇产医院”，2017年获批咸阳市和西咸新区危重孕妇救治与转诊中心，被誉为本地区的“母婴健康保护神”。
医院与50多家基层医疗机构建立了多形式、多层次的“陕西中医药大学第二附属医院医疗集团”，与30多家建立了“咸阳市妇产科医联体”，与7家建立了“咸阳市中医医院医疗联合体”，与沣西新城4家基层医疗机构建立了紧密型医联体，下派副院长4名，成功实现了与基层医院的紧密合作，大力提升了基层医务人员医疗水平，使基层群众在家门口就可享受到更加优质的医疗服务。
医院现有陕西中医药大学心脑血管病研究所等8个研究室；2014年获批咸阳市4个科研创新团队。近年来，医院共承担各级各类科研项目共221项，其中国家自然科学基金项目2项，省部级项目15项，厅局级项目106项；共获各级各类科学技术奖50项，其中省部级4项、厅局级46项；发表学术论文442篇，其中SCI14篇；参编和主编著作33部，其中参编教材4部；共获专利14项，其中发明专利2项，实用新型专利12项。医院利用中美妇科、中美脑中风协作组、西班牙中医培训班、中日友好医院等平台，先后举办国际性学术交流20余次，已经连续9年举办了中美妇科及病理进展学术会，实现了医院部分学科及专业与国际的接轨。
截止至2019年，位于咸阳市渭阳西路5号的秦都院区，占地面积44.07亩，编制床位656张，开放床位696张，设临床和医技科室45个，职工1211人，其中，高级职称174人、硕博士203人，年门诊量46万余人次，住院患者3.4万余人次。
陕西中医药大学第二临床医学院成立于2013年，截止至2019年，现有教研室8个，临床教师265人，在校学生2000余名，其中研究生200余名。2014年～2016年连续三年在全国高等医学院校临床技能竞赛中荣获西北西南分区赛二等奖、特等奖，全国总决赛二等奖、一等奖。
截止至2019年，秦都院区现有1.5T核磁共振仪、64排螺旋CT、1500MAX光机大型C型臂及数字减影系统、直线加速器、海扶刀、四维超声、心脏超声、腹腔镜、宫腔镜、数字胃肠DR等各类大型医疗设备近300台/件。
