吉林省中医药科学院创建于1958年，原名吉林省中医中药研究所，2007年更名为吉林省中医药科学院。医院历经60余年的发展与积淀，目前已形成一所集中医药科研、临床、教学和社会服务于一体的专门机构。医院是国家中医药管理局全国七所重点中医药研究基地之一、卫生部中药临床药理基地、国家中医药管理局重点研究室建设单位，同时也是我省博士后创业基地、省院共建的吉林省创新医药公共服务平台的依托单位、吉林省现代中药产业创新战略联盟理事长单位。医院2013年吉林省中医药科学院第一临床医院被评为国家三级甲等中医院，2014年被国家食品药品监督管理总局批准为国家保健食品注册检验机构，2017年被评为国家中医药传承创新工程省级中医药科研机构项目建设单位，2018年被评为第二批国家中医临床研究基地项目建设单位和国家区域中医（老年病科）诊疗中心建设单位。
2018年，医院成功购置了新院区，计划2020年前底完成新院区和高新院区改扩建。届时，医院将形成红旗院区、自由院区、高新院区及长新院区四位一体的建设格局，总占地面积46276平方米，总建筑面积86176平方米。
医院现有国家发改委“中医药健康产品研发与检测国家地方联合工程研究中心”等21个国家级科研平台，省政府“吉林省创新医药公共服务平台”等64个省级科研平台。
医院多年来承担国家级项目115项，省部级项目342项。医院获科技奖励212项，其中国家科技进步二等奖2项、三等奖1项，吉林省科技进步一等奖3项，中华中医药学会一等奖1项，吉林省科技进步二等奖及中华中医药学会奖二等奖70项。医院获得发明专利60项、临床批件42项、国家新药证书38项。医院实现成果转化176项，2015年，被国家科技部评为“国家技术转移示范机构”。
医院现有国家卫健委重点专科1个（老年病科），国家中医药管理局重点学科4个（中药化学、中药药理学、中医老年病学、中医痹病学），重点专科6个（肺病科、老年病科、儿科、风湿病科、康复科、肾病科），吉林省中医药管理局重点学科11个、重点专科20个。
医院现有在岗专业技术人员621人，高级专业技术人员304人。，医院专业技术二级岗位12人、三级岗位13人，中央直管专家1人，首届全国名中医1人，享受国务院政府特殊津贴21人，卫生部突出贡献中青年专家1人，新世纪百千万人才工程国家级人选2人，吉林省政府终身教授1人，吉林省高级专家5人，吉林省突出贡献中青年专家24人，吉林省拔尖创新人才19人，省、市名中医15人，研究生导师76人。
1958年，在长春中医进修学校、吉林省卫生干部学校、长春卫生学校联合开办的中西医勤工俭学门诊部基础上，调整部分人员正式建立吉林省中医研究所。
1962年初，根据上级指示，结合吉林省中药资源丰富的特点，开始筹建中药研究室，并陆续调入药学研究人员。增加了中药研究力量和业务，“吉林省中医研究所”也改称为“吉林省中医中药研究所”。
1984年11月6日，由国家科委正式批准（国科发管字〔84〕1088号），吉林省中医中药研究所升格为吉林省中医中药研究院，为吉林省直属事业单位。
1998年，为进一步振兴我省中医事业，经省编委吉编办（1998）75号文件批准，吉林省中医中药研究院加挂吉林省第二中医院牌子，直接开展中医医疗服务。
2003年，根据工作需要，经研究，吉林省中医中药研究院加挂吉林省中西医结合医院牌子，原加挂的吉林省第二中医院牌子予以撤销。
2007年，经研究并报省机构编制委员会办公室批准，原吉林省中医中药研究院更名为吉林省中医药科学院，继续加挂吉林省中西医结合医院牌子。
2012年，根据《吉林省中西医结合医院更名为吉林省中研医院的批复》（吉编事字〔2011〕403）文件精神，经研究，吉林省中医药科学院加挂的吉林省中西医结合医院牌子更名为吉林省中研医院。
2014年，根据《关于省中医药科学院（省中研医院）更名的批复》（吉编事字〔2014〕1号），经研究，吉林省中医药科学院加挂的吉林省中研医院牌子更名为吉林省中医药科学院第一临床医院。
（以上数据来源官网，数据截止至2020年12月）
