万山朝王国家石漠化公园地处南岭山脉南麓,属南岭山地水源涵养与生物多样性保护重点生态功能区,是广东省北部环形生态屏障和北江上游重要水源涵养地。万山朝王国家石漠化公园生物多样性丰富,有维管束植物141科375属586种,另外有枫香、钩锥等古树名木10余株。有脊椎动物5纲27目70科181种,其中有黑鸢、凤头鹰、松雀鹰、普通鵟、黄喉貂和大壁虎等重点保护动物。
万山朝王国家石漠化公园划分为生态保育区、宣教展示区、体验区和管理服务区4个功能区。其中,生态保育区面积1108.8公顷,占公园的76.1%。