1856年（清咸丰六年）7月9日，黄飞鸿出生于广东省南海县，其父黄麒英乃晚清著名武师，“广东十虎”之一，武艺高强，长于治疗跌打损伤。但黄麒英家中贫穷破落，只能靠卖艺勉强度日。黄飞鸿三岁起随父亲学武，习得虎拳、鹤拳。但黄麒英并不希望儿子像自己一样，靠着武艺维持生计，过贫困潦倒的生活，而是指望他有朝一日能考取功名，于是将卖艺得来的积蓄供给黄飞鸿念书之用。但黄飞鸿对念书全无兴趣，反而对父亲传给他的武功格外上心，甚至不惜逃学，在路边偷偷观看父亲卖艺。黄麒英得知黄飞鸿逃学的事后十分生气，可是黄飞鸿执意不肯念书，要与父亲一起卖艺走江湖，黄麒英也只得同意了。黄飞鸿学武的天份很高，很多招式往往学一遍就会了。到了黄飞鸿七八岁的时候，他正式开始跟随父亲闯荡江湖，靠卖艺行医为生。
1868年（同治七年），随父在南海县佛山、南海县广州城（南海县和番禺县共治广州城）、顺德一带卖武，其间以四象标龙棍胜武师郑大雄左手钓鱼棍法，得“少年英雄”之名。
1869年（同治八年），正在南海县佛山豆豉巷（今升平路）卖武的黄飞鸿父子救助了铁桥三的高徒林福成。林福成为表谢意，在两年的时间里，向黄飞鸿传授了“铁线拳”及“飞铊”等绝技。
1872年（同治十一年），移居广州，铜、铁行工人集资为其设武馆于第七甫水脚，开始为铜、铁行工人授武，结束卖武生涯。
1874年（同治十三年），广州三栏行（果栏、菜栏、鱼栏）中人聘黄飞鸿为行中武术教练。1875年，黄飞鸿在西樵官山墟一当铺夜宿时遇贼人打劫，一人击退数十人，在当地一时传为佳话，随后应邀到在石龙乡授徒。
1876年（光绪二年），香港水坑口大笪地小贩彭玉摊挡被一恶棍强占，人被打伤，黄飞鸿路见不平相助，被对方同伙数十人持械围攻，黄飞鸿施展五郎八卦棍将对方击败。
约1877年（光绪三年），黄飞鸿另设馆于广州西关廻澜桥附近，教徒授艺兼医刀伤跌打，三栏教席由梁宽代替。1878年（光绪四年），黄飞鸿在南海县佛山平政桥斗蟀场为卢九叔任"护草"（现场保镖）时，严惩歹徒，因而名噪一时。
1882年（光绪八年），黄飞鸿受聘广州水师武术教练，并考取广州将军衙门“靖汛大旗手”一职。1885年，记名提督吴全美聘黄飞鸿为军中技击教练，停办廻澜桥所设武馆。
1886年（光绪十二年），黄飞鸿之父黄麒英染疾去世。月余后，吴全美去世，黄飞鸿心生退意，辞去了军中技击教练职务，在广州仁安街设跌打医馆“宝芝林”。
1911年（宣统三年）8月，应广东省民团总长刘永福邀聘，任广东民团总教练。1912年（民国元年），鱼栏伙记马如灿（卖鱼灿）遭歹徒勒索被殴，黄飞鸿见义勇为严惩歹徒，“义救卖鱼灿”一事在羊城广为传颂。
1918年（民国七年），黄飞鸿在广州十八甫福安街梁氏蟋猎场任职。1919年（民国八年）4月9日，黄飞鸿在广州海珠戏院广东省精武会成立大会上表演飞铊。
1924年（民国十三年）10月，广州国民政府镇压商团暴乱，西关一带房屋被毁，仁安街“宝芝林”也受累被焚，所有资财付于一炬，长子又告失业，黄飞鸿忧郁成疾。
1925年（民国十四年）4月17日，黄飞鸿病逝于广州城西方便医院，终年69岁。因家徒四壁无力殡葬，由女弟子邓秀琼出资相助，安葬在白云山麓。
黄飞鸿是清末民初有代表性的洪拳大师。黄飞鸿的洪拳，一方面由陆阿采、黄泰、黄麒英所传，一方面由铁桥三、林福成所传。黄飞鸿对洪拳进行了较为全面的整理，革除了以往南派拳法沉滞狭隘、动作重复之弊病，集各家之精华融会贯通而创立了虎鹤双形拳。套路中既取虎的“劲”（如虎之猛）和“形”（如虎爪），又取鹤的“象”（如鹤嘴啄食）和“意”（如鹤的灵秀飘逸）。虎形练气与力，动作沉雄，声威叱咤，有龙腾虎跃之势；鹤形练精与神，身手灵捷、动作迅速、有气静神闲之妙，故称虎鹤双形拳。整套动作既吸取佛家拳的凌厉攻势，又吸取洪家拳的严密守势，拳势威武，刚柔并用，长短兼施，为黄飞鸿一门之代表拳法。此外，黄飞鸿还以飞铊入埕、采高青、五郎八卦棍、无影脚等绝技闻名，对洪拳的普及和振兴起到了重要的作用。现传下的重要拳术套路有工字伏虎拳、虎鹤双形拳、铁线拳、五形拳；主要器械套路有五郎八卦棍、子母刀、单刀、飞铊、行者棒、瑶家大耙、形意箫、挑、十字梅花剑等。
黄飞鸿门下弟子中不乏出类拔萃的武术家。现今流传世界各地的洪拳，也多为黄飞鸿及其弟子林世荣一脉。黄飞鸿的拳术，特别是虎鹤双形拳、铁线拳、工字伏虎拳等，通过其传人的大力推广，成为世界著名的功夫流派。而今，广东、香港、台湾以至新加坡、马来西亚、欧洲、美洲等地，都有黄飞鸿的拳术流传，影响日益扩大。
黄飞鸿的医术，主要是随其父亲学习，黄麒英的医术主要是跌打损伤之术，黄飞鸿在父亲医术的基础上，完善了跌打之术，形成了自身的一套防治跌打的医术体系。当今流传的宝芝林伤科跌打酒（牛大力1两，千斤拔1两，半风荷1两，宽根藤1两，田七5钱，金耳环5钱，以上诸药浸酒1斤5两，15天后可用），相传是由陆阿采所传。而黄飞鸿本人也先后研制出大力丸、通脉丹等跌打药，1888年，黑旗军统领刘永福受伤后多方医治不愈，黄飞鸿治愈了他的伤病，黄飞鸿不但因此得到了两广总督张之洞书写的医艺精通的牌匾，而且被刘永福聘请为军医官和技击总教练。
宝芝林和黄飞鸿的医术声名在外和黄飞鸿本人的医德也有很大关系，他不但不藏私，还向社会公开跌打酒浸泡方法和防暑凉茶验方，希望有助于劳苦大众。
黄飞鸿对民间传统艺术醒狮进行挖掘、整理、刻苦训练，在原有的南派醒狮技艺的基础上，吸收融入武术舞狮的技艺，由高桩醒狮、民间武术梅花桩与南派民间醒狮套路相融合，并汇入当地民间风格特色，技艺高难，编排巧妙，融舞蹈、武术、杂技、力度、美学于一体，形成新一派醒狮。
黄飞鸿以表演狮子出洞、狮子滚球、狮子采灵芝、狮子上楼台、狮子吐球等狮艺著称，其中飞佗采青更称一绝，他将飞佗绝技与狮艺套路巧妙结合，以飞佗采青百发百中，黄飞鸿还首创女子舞狮之先河，其妻莫桂兰及女弟子邓秀琼的柳艺表演出神入化，享誉广州、香港．黄飞鸿的醒狮为佛山黑狮，具有青鼻铁角，长颈的特征，狮被黑白相间，使用七星鼓法表演的套路至今仍盛行，基本动作“工字点、铰刀点、骑龙步”。
广东民间顺口溜：
（一）虎痴平生多轶事，虽无正史稀人知；唯是民间广有说，粤者口碑多振词。
（二）金钱镖出镇四众，饶人不痴是英雄；黄门一家有三杰，西樵山下出虎龙。
（三）前清十虎说太公，麒英衣钵传飞鸿；西樵山下显三杰，禄舟一村现虎龙。
黄飞鸿研究专家、广州艺博院副院长肖海明：黄飞鸿的功夫套路中既汲取佛家拳的凌厉攻势，又有洪家拳的严密守势，革除了以往南派拳法沉滞狭隘、动作重复的弊病，有独特之处。
佛山醒狮会秘书长张杰奎：黄飞鸿喜欢舞狮，他是一个舞狮的高手。
黄飞鸿第三代传人余志伟：黄飞鸿在美国很厉害的，在李小龙之后，他是其中一个外国人都知道的功夫高手。
大连新闻网：黄飞鸿的功夫刚柔并用，长短兼施，为武术界独树一帜。
