祁连山国家公园地处青藏、蒙新、黄土三大高原交汇地带的祁连山北麓，是中国重要的生态功能区、西北地区重要生态安全屏障和水源涵养地。祁连山国家公园是中国首批设立的10个国家公园体制试点之一，总面积5.02万平方公里中，甘肃片区3.44万平方公里，青海片区1.58万平方公里，森林、草原、荒漠、湿地均有分布。
祁连山国家公园地处甘肃和青海两省交界，面积达到5.02万平方公里。其中，甘肃片区总面积3.44万平方公里，占国家公园总面积的68.5%。青海片区总面积1.58万平方公里，占国家公园总面积的31.5%。
按行政区划划分，甘肃省涉及肃北蒙古族自治县、阿克塞哈萨克族自治县、肃南裕固族自治县、民乐县、永昌县、天祝藏族自治县、凉州区和7县(区)，（另有资料载：涉及酒泉、张掖、武威、金昌、兰州5市的阿克塞、肃北、肃南、民乐、甘州、山丹、永昌、凉州、古浪、天祝、永登11个县（区）及山丹马场。 ）包括祁连山国家级自然保护区和盐池湾国家级自然保护区、天祝三峡国家森林公园、马蹄寺省级森林公园、冰沟河省级森林公园等保护地和中农发山丹马场、甘肃农垦集团。
范围包括海北藏族自治州门源县、祁连县，海西州天峻县、德令哈市，共有17个乡镇60个村4.1万人。（另有资料载：青海省涉及海北、海西、海东、西宁（州、地、市）的大通、民和、乐都、互助、门源、祁连、刚察、德令哈、大柴旦、天骏10个县，面积约16.4万平方公里。 ）祁连山国家公园青海省境内包括1个省级自然保护区、1个国家级森林公园、1个国家级湿地公园，其中祁连山省级自然保护区核心区面积36.55万公顷，缓冲区面积17.51 万公顷，实验区面积 26.17 万公顷。仙米国家森林公园面积19.98万公顷，黑河源国家湿地公园面积 6.43万公顷。
祁连山地跨甘肃、青海两省，是我国西部重要的生态安全屏障、黄河流域重要水源产流地和我国生物多样性保护优先区域。祁连山区过去分布着多个不同层级的保护区，同一生态系统长期执行不同的保护标准。
2017年01月08日，甘肃“两会”期间，甘肃政协委员、中国经济地理专业委员会副主任石培基建议，将祁连山国家级自然保护区及周边的自然保护区进行资源整合，申报成为国家公园。
2017年9月，中共中央办公厅国务院办公厅印发了《祁连山国家公园体制试点方案》，确定祁连山国家公园总面积5.02万平方公里。
2018年10月29日，祁连山国家公园管理局在甘肃省兰州市揭牌，西部生态安全的重要屏障祁连山至此实现生态跨区域统一保护管理。作为我国设立的10个国家公园体制试点之一。
祁连山国家公园保护对象涵盖森林、草原、冰川、荒漠等生态系统。
公园内生态系统独特，自然景观多样，平均海拔4000-5000米。
祁连山是中国32个生物多样性保护优先区之一、世界高寒种质资源库和野生动物迁徙的重要廊道，是野牦牛、藏野驴、白唇鹿、岩羊、冬虫夏草、雪莲等珍稀濒危野生动植物物种栖息地及分布区，特别是中亚山地生物多样性旗舰物种——雪豹的良好栖息地，有野生脊椎动物28目63科294种，其中兽类69种、鸟类206种、两栖爬行类13种、鱼类6种，国家Ⅰ类保护野生动物雪豹、白唇鹿、马麝、黑颈鹤、金雕、白肩雕、玉带海雕等15种，国家Ⅱ级保护野生动物棕熊、猞猁、马鹿、岩羊、盘羊、猎隼、淡腹雪鸡、蓝马鸡等39种；高等植物95科451属1311种；属于国家Ⅱ级保护野生植物有星叶草、野大豆、山莨菪等32种。列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》的兰科植物16种。
根据第二次冰川编目，祁连山共有冰川2683条，面积1597.81平方公里（7.17万公顷），冰储量844.8±31.3亿立方米（875亿立方米 ）。多年平均冰川融水量为9.9亿立方米，是青藏高原北部的“固体水库”，年出山径流量约为72.64亿立方米，灌溉了河西走廊和内蒙古额济纳旗7万多公顷农田，滋润了120万公顷林地和620万公顷草地，提供了700多万头牲畜和600多万人民的生产生活用水，是河西走廊乃至西部地区生存与发展的命脉，也是“一带一路”重要的经济通道和战略走廊，承载着联通东西、维护民族团结的重大战略任务。
公园范围内，河流密布，主要有黑河、八宝河、托勒河、疏勒河、党河、石羊河、大通河7条河流，流域地表水资源总量为60.2亿立方米。
公园内湿地总面积39.98万公顷。草地和森林广袤，草原面积达100.72万公顷，林地15.24万公顷。野生高等植物68科257属617种。
