湖南南山国家公园动植物资源丰富，且具有十分珍稀性，保护价值非常高。
一 、植物区系起源古老，是生物物种遗传基因资源的天然博物馆，生物多样性非常丰富。
公园位于中国南北东西植被带的交汇地区、华中华东华南植物区系的过渡地带。具有典型的南岭山地区域特征,同时又具有极丰富的热带区系成分和黔滇植物区系成分，保存有大片常绿阔叶林或常绿落叶阔叶混交林。区内保存有湖南面积大的原生亮叶水青冈群落，是国家一级保护植物——资源冷杉的模式产地。公园内属国家一类保护植物的有资源冷杉、南方红豆杉、银杏、伯乐树、银杉、水杉6种;二类保护植物有半枫荷、杜仲、闽楠、樟树、野大豆、花榈木、翅荚木、红椿、喜树、金荞麦等22种。
二、罕见的山顶湿地——十万古田湿地，是我国南方重要的“生物种质资源库”。
公园拥有一处天然湿地——十万古田湿地，具有低等苔藓，草本、木本植物沼泽的完整演替系列的湿地，是我国南方重要的“生物种质资源库”。
三 、重要的候鸟迁徙通道。城步是东亚——澳大利亚鸟类迁徙通道，每年有大量迁徙的候鸟在此停留歇息和觅食。城步县也是湖南省“省鸟”——红嘴相思鸟集中分布地试点区内野生植物资源丰富，有265科943属2435种(含变种及变型)，公园内野生动物有199科790属1158种，属国家一类保护珍贵动物的有白颈长尾雉、云豹、林麝、穿山甲等5种;属于国家二类保护动物的有大鲵、虎纹蛙、凤头鹃隼、黑耳鸢、赤腹鹰、雀鹰、松雀鹰、日本松雀鹰、普通鵟等34种。公园是东亚——澳大利亚的候鸟迁徙通道，每年有大量迁徙的候鸟在试点区内停歇和觅食，包括中日保护候鸟39种、中澳保护候鸟8种等。
四、公园内西部拥有80平方公里以上的高海拔牧场，野生牧草种类达63科262种，以绒毛草、剑茅草、丝茅草、狼尾草等为主，山顶坦如平地，其高山台地地貌国内罕见，是非常独特的中国南方山地草甸生态系统。
湖南南山国家公园的范围，整合了南山国家风景名胜区、金童山国家级自然保护区、两江峡谷国家森林公园、白云湖国家湿地公园，白毛坪乡、汀坪乡部分具有保护价值的区域，总面积619.14平方公里，约占整个县域面积的四分之一，集中分布在该县南部山区。
2015年，国家全面开展国家公园体制试点工作，公益性决定了国家公园不以营利为目的，这让依靠门票收入维持运营的景区观望徘徊。而城步觉得城步的机会来了，城步坐拥四个国家级保护地，生物多样性丰富，罕见的山顶湿地和水域生态系，是重要的珍稀动植物保护地和种群繁殖地。但是囿于偏僻的地理位置和不便的交通条件，旅游发展一直受到诸多掣肘。“国家公园”的金字招牌无疑将是城步在众多旅游景区中突围的契机。
2015年5月，城步苗族自治县正式向省发改委提出申报国家公园体制试点区，同时，邀请来自全国的林业专家对城步生态资源进行考察，对城步资源进行整合，由国家林业局森林旅游工程技术研究中心编制《湖南南山国家公园体制试点区试点实施方案》；2015年8月，省发改委确立推荐城步申报湖南省国家公园体制试点区。2015年9月底，实施方案完成并由省发改委上报部门参与评审。2016年8月2日，实施方案获部门审批通过，城步成为第一批国家公园体制试点区。
相比于自然保护区，国家公园更强调保护和利用兼顾，大面积保护，小面积利用。自然保护区是生态系统发挥功能和保护生物多样性的平台，其景观价值不一定高，而国家公园必须具有国家级的景观价值。在管理体制上，禁止狩猎、农耕、放牧、采矿和伐木，保护为主，公益性优先。
《湖南南山国家公园体制试点区试点实施方案》借鉴了国外国家公园功能区划分。湖南南山国家公园分为严格保护区、生态保育区、公园游憩区、传统利用区。
严格保护区总面积213.64平方公里，包括金童山国家级自然保护区的核心区、缓冲区和部分实验区；原南山国家级风景名胜区南山片区的一级保护区、二级保护区；原两江峡谷国家森林公园部分重点保护区；原白云湖国家湿地公园十万古田片区、新增区域的山顶一线区域。这些地方原则上禁止人类活动及机动车进入，因科研或资源保护需要的须先得到试点区管理局的同意；禁止建设任何建筑物、构筑物、生产经营设施等，原有旅游开发项目逐步外迁。
生态保育区总面积344.09平方公里，只允许建设资源保护、科研监测类建筑物、构筑物、设施，现有与保护无关设施应有计划迁出。
公园游憩区总面积18.32平方公里，其作为大众游憩的主要展示区域，在满足环境承载力、不破坏自然资源等条件下，允许机动车进入，适度开展观光娱乐、游憩休闲、餐饮住宿等旅游服务。
传统利用区总面积59.89平方公里，其结合国家公园资源保护与游憩发展的目标，引导试点区内居民可持续利用自然资源来生产生活，控制区内的民居建设及风貌。
此外，对于资源保护无关的大型设施将进一步限制，在试点期间拟关停朝阳坪电站，同时停止规划建设冷水溪电站；为降低南山风电场对候鸟迁徙的影响，在候鸟迁徙期暂停试点区内的风电设施的运行，严格控制新建风电设施；南山牧场与南山牧业公司现有人工草山10万亩，现有奶牛约4000头。为保持草原生态环境的延续性和南方草原景观的特殊性，在试点期内需将控制奶牛数量在4000头以下，同时对放牧区域进一步限定。
213.64平方公里人类禁入
留给子孙后代最好的财富
湖南南山国家公园体制试点区整合了南山国家级风景名胜区、金童山国家级自然保护区、两江峡谷国家森林公园、白云湖国家湿地公园共四个国家级保护地，新增非保护地，形成了一个区域及一小块飞地，总面积344.09平方公里，只允许建设资源保护、科研监测类建筑物、构筑物、设施，现有与保护无关设施应有计划迁出。
公园游憩区总面积18.32平方公里，其作为大众游憩的主要展示区域，在满足环境承载力、不破坏自然资源等条件下，允许机动车进入，适度开展观光娱乐、游憩休闲、餐饮住宿等旅游服务。
传统利用区总面积59.89平方公里，其结合国家公园资源保护与游憩发展的目标，引导试点区内居民可持续利用自然资源来生产生活，控制区内的民居建设及风貌。
此外，对于资源保护无关的大型设施将进一步限制，在试点期间拟关停朝阳坪电站，同时停止规划建设冷水溪电站；为降低南山风电场对候鸟迁徙的影响，在候鸟迁徙期暂停试点区内的风电设施的运行，严格控制新建风电设施；南山牧场与南山牧业公司现有人工草山10万亩，现有奶牛约4000头。为保持草原生态环境的延续性和南方草原景观的特殊性，在试点期内需将控制奶牛数量在4000头以下，同时对放牧区域进一步限定。
