工笔长卷以神话传说枣神娘娘的由来为开篇，讲述了女英（枣神娘娘）和许由的浪漫爱情故事以及乐陵金丝小枣的来历。画卷中枣神娘娘的形象：头顶红绸，一手挎竹篮，一手持枣树幼苗，在百枣纲目的百枣园上空轻轻飘过，展现了“六月鲜荷连水碧，千家小枣射云红”的如诗画境和乐陵欣欣向荣的新面貌。
历史厅（一）以“中华枣史、浩瀚巨卷”为主题，以工笔长卷的形式，通过枣的自然与社会环境、科学技术、人文风情三部分来体现中华枣文化发展历程，包括：枣的起源历史、考古资料、文化传播、产区自然历史条件、大农业进化过程及枣树培育、实物工具、枣的功能及医药等。
历史厅（二）以“创新发展、迎接挑战”为主题，讲述了解放以后枣产业面临的机遇和挑战，包括：枣的传说典故、“枣之血脉，英雄厚土”、“名士故土、抗日烽烟”、枣的传说故事、枣之民俗、乐陵风土人情、枣与古代名人、“千年枣树、打枣互动”、与枣有关的书法绘画作品（展示墙长度35米）。
近代厅，以剖析解读红枣产业背景、现状以及未来发展方向为主线，地球展示模型，更是倡导出爱护环境，尊重自然，与文明同步，与健康同行的深刻主题。
现代厅则是在现代科技进步及农业发展的背景下，枣产业的蓬勃发展以及枣文化带动下的旅游业的发展，其中包括：枣品展示、枣与饮食、枣品药膳保健、枣与养生、枣木艺术、小枣节文化、领导支持与关怀、民间书画（展示墙长度12米）、枣产业的发展趋势等。
企业厅（百枣纲目）以“肩负使命 开辟新篇”为主题，展示山东百枣纲目生物科技有限公司在乐陵市委市政的领导下，肩负起振兴和发展中国枣产业的神圣使命。
未来厅以“立足枣乡、共赢未来”为主题，采用声光技术来展示未来枣产业的宏伟蓝图。
文化长廊以民间艺术文化为主题，其中包括书法、绘画、摄影等作品。
整个博物馆收藏以书画、枣化石、农具文物、器皿工具、枣木根雕、养生食谱为主，其中书画作品展示厅面积约110余平方米，展示书画墙面长度约47米，计划横三尺国画10幅、竖三尺国画8幅、斗方国画10幅、书法20幅；文化长廊内书法绘画不定形式40幅。
百枣纲目的夹心枣、枣脯凰、原生枣、枣茶、枣片，及双陵春枣香型系列酒、和烈鹰牌中华蜜酒、金丝枣酒，使人沉醉其中。
另外，现代厅的枣木根雕和企业厅（百枣纲目）的养生食谱在整个博物馆中具特色，其中枣木根雕大约有10000余件，涵盖了生活器皿、生产工具、植物形象、动物形象、人物形象等五大系列，造型各异，千姿百态，栩栩如生。在企业厅您还可以亲身体验百种枣、百样吃、百式养的互动活动，让您在参观过的过程中体现枣的养生之道以及枣文化的博大精深。
2015年5月，中国金丝小枣文化博物馆被省科协、省财政厅命名为三星级科普教育基地。
