佛寺是728年由信奉佛教的圣武天皇建立的。东大寺是全国68所国分寺的总寺院。因为建在首都平城京以东，所以被称作东大寺。又称大华严寺，金色光明四大天王护国寺。另外有西大寺。
东大寺大佛殿，正面宽度57米，深50米，为世界较大的木造建筑。大佛殿内，放置着高15米以上的大佛像・卢舍那佛。东大寺院内还有南大门、二月堂、三月堂、正仓院等。南大门有很出名的双体金刚力士像。二月堂能够俯视大佛殿和眺望奈良市区。
中国唐代高僧鉴真和尚曾在这里设坛授戒。1997年秋，出席“中韩日三国佛教友好交流会议”的三国代表曾在这里共同举行了祈祷世界和平法会。
东大寺的伽蓝以大佛殿(金堂)为中心。在中门与南大门之间有东、西七重塔；北有讲堂、三面僧房、食堂，西有戒坛院，西北是正仓院、转害门；东侧有二月堂、羂索院(法华堂)、开山堂等。寺域广阔，规模宏大。
被称为世界遗产的东大寺正门——南大门，宽约50米、高约25米。于760年建成但因为火灾烧毁了，于镰仓时期被修复重建。南大门设有高大威猛的金刚力士像（哞形像）。
在奈良时代的日本，《华严经》广受尊崇。除知识寺内有卢舍那大佛外，大安寺内也有依据《华严经》而作的数幅画像。天平十二年(740)，大安寺新罗僧审祥受邀到金钟寺宣讲六十卷本《华严经》达三年之久。金钟寺是华严寺的前身，是日本最早宣讲《华严经》的寺院。审祥(?—742，日本华严宗初祖)去世后，东大寺开山良辨(689—773，日本华严宗二祖)继续传法，奈良时代东大寺成为日本弘布华严宗的中心。
金钟寺是神龟五年(728)为纪念未满周岁即夭折的皇太子基亲王而建。当时这座寺里常住僧仅9人，进行《华严经》讲座等教理研究，还举行十一面观音、千手观音等古密教信仰活动。天平十七年(745)始建大佛，金钟寺被纳入东大寺大伽蓝。
东大寺东侧的法华堂(三月堂)，因本尊是“不空羂索观音”而又称羂索堂。据正仓院所藏的史籍记载：羂索堂在建造大佛的准备阶段，先于中心伽蓝的主要建筑(如大佛殿、讲堂等)建成，并在始造大佛的那一年，在羂索堂僧坊开始了教学活动。
羂索堂的本尊与十一面观音、千手观音一样，同属于密教的变化观音，从这一点上，可以看出继承了金钟寺时代以来的传统。羂索堂及羂索院之名，均缘于本尊。所以在这里进行宗教活动的人被称为“羂索堂众”，这种独特的称呼保持了相当长的时期。每年在位于法华堂北侧举行的修二会(取水节)，是以十一面观音为本尊，忏悔罪障，祈求天下太平、五谷丰登的法会。据新的研究结果表明，它并不是国家明令进行的法会，而是以实忠和尚为首的羂索堂众表达信仰的一种方式。由于每年旧历三月在羂索堂举行“法华会”，所以法华堂又称三月堂。
二月堂之名缘于旧历二月举行的修二会。二月堂东北相传有由行基菩萨(668—749，奈良时代高僧，致力于民间弘教及社会福利事业)创建的天地院，吉祥堂、如法院、千手堂点缀左右。
法华堂作为华严宗的根本道场，是东大寺诸堂中非常重要的殿宇。时至今日，东大寺在选拔学僧时，仍在这里进行“竖义研学”(口试)仪式。二月堂是有名的观音道场，不仅修二会期间，而且一年四季香客不断。这些传统都始于金钟寺时代。
在日本各地建立国分寺和国分尼寺的做法，实际上是效仿中国隋唐时代在各地兴建国立寺院的作法，如兴建大云寺、龙兴寺、开元寺等，以为国祈福。光明皇后非常敬仰武则天，武则天创建的大云寺被认为是仿效的对象。武则天在洛阳紫微城造大佛铜像通天浮屠、在龙门奉先寺雕刻大佛石像卢舍那大佛的消息，由入唐求法僧传至日本。天平十二年(740)，在参拜完河内国大县郡(今大阪府柏原市)知识寺大佛后，圣武天皇发愿“朕亦奉造”。
圣武天皇颁布大佛造立之诏是在天平15年（743年）。当时，都城为恭仁京（今京都），天皇行宫是位于恭仁京东北的紫香乐宫（今滋贺县甲贺市），大佛铸造也在当地开始。此后圣武天皇短期间内屡次迁都，2年后的天平17年（745年），定都平城京的同时在现在的东大寺所在地开始了大佛的铸造。这是一项艰难浩大的工程，大佛铸成以后，天平胜宝4年（752年）天竺（印度）出身的僧人菩提仙那主持了大佛开眼会。大佛铸造完成后大佛殿的建设工事又接着开始、天平宝字2年（758年）竣工。
天平胜宝四年(752)四月九日，举行了盛大的大佛开眼供养法会，圣武太上皇、光明皇太后、孝谦天皇与文武百官参列，万余名僧侣参加，表演并演奏了久米舞、唐古乐、高丽乐、林邑乐，“自佛法东渡以来，斋会仪未尝如此盛大过。”因圣武太上皇正在病中，故由天竺菩提僧正(菩提仟那，又名婆罗门僧正)代执开眼笔，此笔现藏于正仓院，所系“五色缕”，长及大佛殿外，无数莅临者扶之以结法缘。
公元753年，唐鉴真和尚历尽艰辛东渡日本，在大佛殿前临时建造的戒坛向圣武太上皇等僧俗授戒。大佛殿西侧的戒坛院即是鉴真和尚平时传授戒律的场所，内设授戒室(金堂)、讲堂、僧房，规模较小。不久唐招提寺建成后，鉴真和尚移至唐招提寺，而有关人员仍在这里传授戒律。
东大寺不仅是祈祷天下太平、万民安康的道场，同时还是积极推进教理研究、负有培养学僧重任的寺院。奈良时代，法相、三论、俱舍、成实、华严、律等六宗已传到日本，东大寺六宗兼学，尤重华严。南大门上高悬“恒说华严院”匾额，卢舍那佛前有灯置于一对镜子中间，灯光层层映于两侧的镜内，表示法界缘起重重无尽。大佛殿内置有六座佛龛，名曰“六宗橱子”，里面安放有各宗根本经典，门上绘有各自的祖师及守护神像。
平安时代，除六宗外，天台、真言两宗的教学研究也颇为盛行，东大寺标榜“八宗兼学”。由于鉴真和尚带来的经典被广为传诵，华严教学与天台教学关系密切起来。真言密教方面，自金钟寺时代起古密教就很盛行，更有弘法大师空海及其门下在南都奈良弘传密教的基础，因此专研密教的学僧聚居于此，建立了十余所子院(院家)，如弘法大师创建的真言院(821)、圣宝僧正(理源大师，醍醐寺开山)创建的三论真言兼学的东南院(875)等。
东大寺的经济收入主要来源于天皇施封的五千户及数国的租税。随着收入的大幅度减少，为了补充财源，开始在大和(奈良)、伊贺(三重)、摄津(兵库、大阪交界处)、山城(京都)、北陆道等地经营庄园。管理、经营大伽蓝、庄园及物资运输都缺帮手，故而新增了许多僧人，被称为众徒、大众(后称僧兵)，并形成集团，在社会上势力很大。平安末期，东大寺与权力巨大的平家一门在经营庄园方面不断产生摩擦。治承四年(1180)，源赖政奉命举兵，兴福寺、东大寺众徒与三井寺的众徒联手抗击，终被击败，东大寺大半毁于兵火，卢舍那大佛因大佛殿烧毁而大损。
俊乘房重源上人自61岁就任大劝进一职，至建永元年(1206)86岁去世的25年间，复兴了大伽蓝的大半。他在民间广行念佛行，长于治水架桥，曾三次入宋，因而异国寺院建筑知识丰富。他广结良友，作风果断，被誉为“廻国游行之圣”。其未竟的复兴大业由荣西(建仁寺开山)、行勇两上人继承。随着伽蓝的逐步复兴，沉闷的教学活动变得日趋活泼。镰仓时代，华严教学活动振兴，名僧辈出，其中宗性、凝然等高僧有两千余册著作流传至今。
战国时代的永禄十年(1567)，发生三好、松永之乱，大佛殿再次被烧毁，卢舍那佛的头部、左手被烧落，上半身及莲华宝座受损严重。由于东大寺各地庄园已归武士所有，堺(在大坂附近)和兵库港的关税也不能征收，经济陷入危机。直至江户时代中期，卢舍那佛百余年间仍裸露在外，遭受风雨的侵蚀。在公庆上人奔走之下，元禄五年(1692)大佛修复完工，举行了开眼供养大法会。法会规模宏大，并与万僧供养法会同时进行，持续达一月之久。当时参加的僧众二十余万人，结缘之人更是不计其数。宝永六年(1709)举行大佛殿落成法会。其后大佛殿虽经过明治、昭和时代的大修，规模趋小，但它仍是世界上较大的木结构建筑。
