1791年9月30日在维也纳郊外的狄亚·维登剧院（Theater auf der Wiede）首次公演，由莫扎特本人担任指挥。此剧首演时，并没有获得特别的热烈欢迎。可是每次再演，人望就增高，一星期后莫扎特在写给妻子康丝丹彩的信中曾表示：“我刚从歌剧院回来，今晚照样爆满。像咏叹调“知道爱情的男人”以及第一幕的银铃的场面，跟往日一样安可了……”
由此可见，当时听众的喜爱跟今天没有什么差别。随后此剧的上演次数是：1791年10月就有24次的记录，次年11月3日演出第 100场，1795年10月22日是第200场。这些记录是由席坎内德所发表的。
后来，此剧又开始了国际性的演出。在柏林的首演是在1794年；在巴黎初次演出是1801年8月20日；在英国首演是1811年；在美国公园剧院初次演出是1833年4月17日，在大都会剧院演出是1900年。
把音乐和对白串连成单纯的歌唱剧，本来是以德国北方为中心的，但不知不觉间也传到维也纳，而且逐渐发展成童话歌剧般的样式，成为多彩多姿的独特样式。而《魔笛》可以说是歌唱剧最后集大成之作。从音乐方面看，莫扎特在此剧中取用了歌剧的各种要素，而且做出统一的表现，创造出真正的综合性古典歌剧。
用德语演唱的《魔笛》是在莫扎特生命中的最后一年写作的，也是莫扎特最后一部歌剧。当时的莫扎特生活窘迫、疾病交加，抑郁不得志的作曲家当时的精神处于极度绝望的境况。虽然如此，但莫扎特的创作热情仍很高，所以当维多剧院(theater auf der wiede)的经理席卡内德提出请他为一部德语歌剧谱曲时，他很快同意了。为了方便莫扎特专心创作，席卡内德将作曲家任性的妻子送到外地疗养，并在剧院附近租了一个小房间（魔笛之家）给莫扎特住。1791年7月，莫扎特谱曲到一半的时候接到命令赴布拉格，在雷奥勃尔特二世加冕礼的庆典上指挥他的另一部歌剧铁托的仁慈，同时，他又接受了伯爵的委托，写一部悼念伯爵亡妻的《安魂曲》,莫扎特认为瓦尔塞根是上帝的使者，是来召他回去的，他用全部精力，通宵达旦地创作这首在他看来似乎是为自己而作的《安魂曲》，最后终因体力不支而倒了下来。回到维也纳后至9月，莫扎特终于完成了《魔笛》全剧的谱曲，在仅仅排练了两日后9月30日,于维也纳郊外的维多剧院首演,由莫扎特亲自指挥。
《魔笛》是一部多元化的歌剧，莫扎特在其中放入了许多歌剧元素，他融合了十八世纪以前德、奥、意、法、捷等国家所特有的各种音乐形式和戏剧表现手法，使其音乐语言更为丰富。可以说它是一部集大成的歌唱剧，在当时维也纳通俗戏剧的构架上很好的统一了意大利歌剧与德国民谣的风格，既带有正剧的严谨又包含着喜剧的灵活。 其音乐将神秘、圣洁的宗教色彩和明朗、欢快的世俗色彩巧妙地结合在一起，十分动听。而且莫扎特本人十分钟爱《魔笛》这部歌剧，他亲自指挥了第一场、第二场的演出，临死前几小时，他还渴望听到《魔笛》的音乐，他请人把钟放在床头，以便计算时间，在想象着正在进行的《魔笛》演出。
关于《魔笛》的音乐有多么迷人的事，我们只要想一想贝多芬是怎样欣赏这部童话歌剧，理当可以获得了解。乐圣贝多芬除了为大提琴写作5首奏鸣曲外，还写作3首变奏曲，其中2曲的主题都取自《魔笛》的曲调，第1曲是根据第二幕第20曲巴巴基诺所唱的：“如果有个爱人该多好”作成的12段变奏，第二曲是根据第一幕第7曲帕米娜和巴巴基诺的二重唱：“知道爱情的男人”写成的7段变奏曲。
在这部歌剧中，我们可以看出莫札特所呈现十八世纪巴洛克时期的均衡、对立理念，王子塔米诺代表善良、真理的一方，而捕鸟人帕帕基诺则是盲目追求物质享受的一方，祭司萨拉斯特罗也以其高贵的情操来感化夜后的报复，莫札特成功地将自己的意念寄于这个童话般的题材中，在这部歌剧里表露无遗，
歌剧的序曲以奏鸣曲的形式从统一全剧的降e开始，精美的弦乐声华丽而且流畅。如泉水源源涌出，象征着光明和美好的生活。塔米诺这一角色属抒情男高音，他在剧中的两首咏叹调"dies bildnis ist bezaubernd schon"及"wie stark ist nicht dein zauberton"旋律极其优美，很好的描画出这个抒情式的人物细致丰富的内心。帕米娜这个角色外柔内刚，莫扎特为她写的所有唱段都令人印象深刻。其中与帕帕基诺的两重唱《那些感受到爱情的男人》最为经典，柔美的旋律充分体现出莫扎特的天才之处。捕鸟人是剧中带有喜剧因素的一个亮点，在第一幕中的《我是一个快乐捕鸟人》以民谣为基调，生动灵活、轻松的刻画出其快乐的天性。夜后的咏叹调是按标准的意大利正歌剧风格写的，其在第一幕中的"o zittre nicht, Mein lieber Sohn!"这首咏叹调分为三个部分，由抒情到花腔唱段，旋律有节制的变化；而第二幕中的《仇恨的火焰》是一首极为华丽的花腔咏叹调，可以说是花腔女高音咏叹调史上数一数二的名曲。作为这部歌剧中的灵魂人物，夜后这个角色的好坏直接影响到作品的整体艺术水准，其由善到恶，转变的背后要求极微妙的分辨，莫扎特以最难的华彩乐段来刻划她的本质，超越人声的华彩本身也赋予了她狂暴的心情以讽刺的色彩，在非常高的音域（高音f），以快速的唱法，混合了乐声的重复音、断音和长笛的相竞赛。在这部歌剧中令人印象深刻的歌曲相当的多，如夜后的咏叹调、帕帕基诺演唱犹如童话般的歌曲、祭司的合唱、萨拉斯妥的咏叹调，以及巴巴吉诺与帕帕吉娜的二重唱，莫札特为《魔笛》赋予了生命，他的音乐清晰明朗，使得整部歌剧充满了丰富的活力及生命力。
整部歌剧透着庄严、肃穆的气氛，据说本剧的创作动机与共济会有关，莫扎特本人及大部分剧院成员都是这个组织的成员。1790年，莫扎特的保护人奥地利皇帝约瑟夫二世逝世后，玛利亚女王的政府禁止并且镇压共济会的活动，固这部歌剧以童话的形式加以掩盖，象征性的揭露了当时的社会形态。莫扎特的歌剧《魔笛》带有明显的政治色彩，他借用该歌剧影射当时奥地利封建政权愚弄人民并镇压“共济会”的行径。反映了以黑暗(夜女王)为象征的封建势力最终必定要灭亡，而以光明为象征的启蒙思想最终必定会胜利。莫扎特塑造了“黑暗王国”的领袖夜女王(影射当时的奥地利皇后)和“光明之国”的领袖萨拉斯特罗这两个对立面，通过他们之间的矛盾冲突来揭示本剧的主题思想。他指出，真理是不可战胜的，胜利终将属于最勇敢的人，美德和智慧将永放光芒！他把这些写进了最后一段的合唱中。
埃及王子塔米诺被巨蛇追赶而为夜女王的宫女所救，夜女王拿出女儿帕米娜的肖像给王子看，王子一见倾心，心中燃起了爱情的火焰，夜女王告诉王子，她女儿被坏人萨拉斯特罗抢走了，希望王子去救她，并允诺只要王子救回帕米娜，就将女儿嫁给他。王子同意了，夜女王赠给王子一支能解脱困境的魔笛，随后王子就起程了。事实上，萨拉斯特罗是智慧的主宰，“光明之国”的领袖，夜女王的丈夫日帝死前把法力无边的太阳宝镜交给了他，又把女儿帕米娜交给他来教导，因此夜女王十分不满，企图摧毁光明神殿，夺回女儿。王子塔米诺经受了种种考验，识破了夜女王的阴谋，终于和帕米娜结为夫妻。
降e大调的序曲由强有力的庄重和弦开始，暗示“夜女王”的威严。在小提琴优雅的序奏后，进入莫扎特最拿手的、精巧的赋格曲段落，由各种乐器反覆展开后，呈现出一幅绮丽的音画，那清澄晶亮的色彩，如同由阳光与花香、幸福与欢笑所交织而成的。序曲的尾声充满了柔美、宁静的气氛。
第一幕：埃及古时的爱昔司庙
布景为：夜女王庙前。群山怪石的上面筑有夜女王的庙宇，这一天，埃及国的皇太子塔米诺被一条大毒蛇追赶到了这个庙前。他的朋友们都走散了，只剩下他一人被毒蛇追到这个地方，跑得精疲力竭，不觉晕倒在地。这时候，庙中忽然出来了三位女子，都用布蒙着面，将毒蛇杀死。这三位女子就是夜女王的侍女，她们杀了毒蛇便回庙中。埃及太子塔米诺苏醒后，看见毒蛇已被杀死，心里异常奇怪。一回身看见山石上有一个小洞可以藏身，便躲到里面去，藏在那里，窥视着外面的动静。果然有一个人走来，身上披着鸟毛做的衣服，形容奇怪，这个人名帕帕盖诺，是一个捕捉雀鸟的人。他走到这里，便自己唱着怪腔怪调的歌，说明他的职业。塔米诺起先有些害怕，后来便大着胆子走出来，同他谈话，帕帕盖诺见有人来搭讪，便指着死蛇，说是他亲手杀死的。当他正在炫耀自己本领的时候，不防那三位蒙面女子又走出来，见他如此胡说乱夸，便取出一把挂锁，将他的嘴锁住。三位蒙面女子对塔米诺却和颜悦色十分客气，而且还取出一张美女的小照给他瞧，并告诉他说，这是夜女王唯一的女儿帕米娜，这时候正被爱昔司庙中的祭司长用魔术囚禁了。这个祭司长是一个恶毒的魔鬼。塔米诺见了这小照，便产生爱慕之情，答应冒险去将她救出。这时忽然一声雷响，几乎将帕帕盖诺震死，原来这是夜女王在颁布谕旨，她说倘若塔米诺能将帕米娜救出，便赏给他做妻子。帕帕盖诺一听这话，便兴起了求偶之念，要求与塔米诺一齐去营救帕米娜。神女便将他的挂锁拿去了，又赐给他一串神铃，以作防身之宝。给塔米诺一支魔笛(神笛)，正如阿尔福司(神名)的神笛一样，法力极大。夜女王还派了三位年轻美丽圣洁聪慧的神侍卫。他们隐身在暗中护卫，塔米诺与帕帕盖诺二人预备整齐，便起程去救帕米娜。
第二幕 第一景：萨拉斯特罗祭司长宅第内
大祭司堡中有一个奴仆长莫诺斯·塔托斯，是摩尔人。祭司长自将帕米娜捉来之后，便将她幽禁起来，命莫诺斯塔托斯监管。这时，帕米娜被锁在一间屋子中，手脚都被铁链捆住，躺在那儿哭泣。祭司长命莫诺斯塔托斯监管时，就已嘱附过他，不许他动一丝爱慕的念头。但莫诺斯塔托斯见了帕米娜之后，便情不自禁地竟生出爱慕之心。他正要向帕米娜求婚的时候，帕帕盖诺忽地闯了进来。莫诺斯塔托斯便吓得跑躲在一边，帕帕盖诺便走上前去，安慰帕米娜，并将塔米诺冒险来救她和专情倾爱她的话，都说给她听。这一段二重唱《笑与啼》，十分悠扬悦耳。
第二景：寺庙的入口
王子塔米诺由3位神侍卫引导，将他领到一个美丽的洞府中，这个洞府中有三座小庙，即智慧、自然与正义。他们规劝他要坚守三个条件，即坚定、忍耐、沉静，随后便走开了，剩下塔米诺一人在洞府中。塔米诺觉得寂寞，便试着想去敲开庙门。头两间庙门没有被敲开，到了智慧庙门前，正想伸手去敲，忽然出现一位老者。塔米诺向老者询问起来，老者这才告诉他说：这是祭司长萨拉斯特罗所住的地方。这个地方拒绝一切心怀妒恨的人，尤其是禁止存心想报仇的人出入。塔米诺很诚挚很认真地说：他来这里是要救一位姑娘，因为自己爱上了她。老者又告诉他，说那个叫他来冒险的夜女王，是一个恶魔，至于帕米娜之所以被捉到此地也是要劝她为善，使她自己得到好处。只是塔米诺有些放心不下，因为他不知道帕米娜此刻究竟有无危险。老者说不能说，因有符咒所禁。正当此时，忽有声音从各座庙中传出来，对于将帕米娜的现况说给他听，不过他须行教礼。塔米诺听了这番话，心中高兴，便将魔笛吹奏起来，一会儿林中的奇兽怪物一齐都跑了来。帕帕盖诺同莫诺斯塔托斯也来了，只是被帕米娜和女奴等所包围。帕帕盖诺无法，于是振动了神铃，诸舞女闻声便都起舞来，并逼着他们跳出去。自此塔米诺与帕米娜才初次晤面。一会儿，洞中奏起圣乐，祭司长萨拉斯托出来，应允俩人结为夫妇，只要先证明俩人是否有结合的价值。于是俩人跪在祭司长面前，祭司长取出一块黑布罩在俩人头上，并带领他们到试验的庙中去。
第三幕 第一景：一座棕榈树林的庭院里
智慧庙前有一片树林，就在这树林前行入教礼。祭司长偕同祭司从智慧庙中出来，唱着圣歌，求诸神赐能力给塔米诺和帕米娜，使他们能经受各种考验。这一段音乐极其沉静，歌调十分庄严，祭司们的合唱与管弦乐的配合非常和谐，的确是难能可贵的音乐。典礼举行完毕，众祭司都答应他们俩人入教。承认的仪式是鸣号三声，同时帕帕盖诺也行了入教仪式，也为众祭司承认。这时有声音警告塔米诺和帕帕盖诺，叫他们谨防妇人的欺骗，于是试验便开始了。众祭司随同祭司长离去之后，只剩帕帕盖诺等三人站庙中。顷刻之间，夜女王带着三个蒙面女侍现身出来。夜女王向他们讲述祭司长凶残行为，并恫吓他们。帕帕盖诺有些动摇，帕米娜同时也受试验，夜女王给她一把利刃，告诉她，若是她想与塔米诺成婚，便要用利刃去刺杀祭司长。帕米娜正在犹豫时候，祭司长忽然来到，严厉责骂夜女王，并宣布夜女王必受处罚。同时要她女儿与塔米诺王子成婚。祭司长这一段所唱的咏叹调《圣地之内》是一首男低音最佳的乐曲。
第二景：庭院里
塔米诺与帕帕盖诺所接受的第一个考验，便是要沉默，不许说一句话。夜女王的三位随从出场来引诱他们，但是他们都能坚守诺言。
第三景：花园里
当帕米娜睡觉时，忽然有人将她带进大厅，从塔米诺面前经过。塔米诺因守着命令，只能缄口不言，但心中甚为不安，因为他恐怕帕米娜怪他，怪他不同她说话，果然帕米娜见塔米诺不理她，便以为他是变了心不爱她了，于是她悲伤地唱着女高音的咏叹调《我的幸福完了》，表现出帕米娜心中悲伤已至绝望，于是想用她母亲给的利刃自杀，但被祭司长的神侍拦阻住，并安慰她说：“你将来的结果一定很美满，不用忧心焦急。”
第四幕 第一景：在金字塔
王子被命令到荒原去游荡，塔米诺因跟帕米娜分别，心里十分难过，而帕帕盖诺自己也渴望有一位妻子。忽然一位老母夜叉出现在他面前，目击老妇，他正要跑开时，她却摇身一变，变成年轻貌美的帕帕盖娜，但是他竟不为所动。
第二景：荒野
帕米娜以为王子不会守信，心灰意冷；帕帕盖诺此时也因失掉了帕帕盖娜，陷入失望的深渊。但当他发现，他一摇铃便能唤之即来时，他与帕米娜的忧愁又转为快乐。
第三景：火洞
王子塔米诺现在正经历最后的折磨，他在洞里遭受到大瀑布的威吓，又看到熊熊的火舌，度过这两种危险，他便能看见帕米娜了。这时王子已不必再沉默不言，相反的可以谈情说爱了。这一对情侣经过了太多磨难，终告结合。神秘的笛声吹出几次奇妙的音乐，将最后的一些危险也给吹散了。颇多艰辛的音乐乐节，最吃力的莫过于帕米娜唱着：《一切困难都已克服》。
第四景：爱昔司庙
尽管夜女王横加干涉阻挡，一对情侣终于克服了一切的试探而缔结良缘。大祭司神在圣地给他们祝福，同时乡巴佬帕帕盖诺，也得了一种美满的奖赏。原来在大厅中同他谈话的老妇人，也是因为被恶魔禁固，而成了年长老妇。这时帕帕盖诺的试验也完毕，将恶魔打退后，那老妇人便立刻变还本来面目，不但年轻，并且貌美。更奇怪的是，她的服装与帕帕盖诺相似，也是用鸟的羽毛织成的。于是帕帕盖诺与帕帕盖娜俩人也成了婚，衷心感激而愉快，歌剧在一阵轻快的音乐中结束。
剧中人物：
萨拉斯特罗 大祭司 男低音
夜女王 女高音
帕米娜 公主，夜女王之女儿 女高音
塔米诺 王子 男高音
帕帕盖诺 王子的随从捕鸟人 男中音
帕帕盖娜 捕鸟人之妻女捕鸟人 女高音
莫诺斯·塔托斯 摩尔黑人 男高音
侍女甲、乙、丙三人 女高音、女中音、女低音
少年甲、乙、丙三人 女高音、女中音、女低音
武装男士甲乙 男高音、男低音
祭司、妇女、小厮、仙女、野兽等。
演奏时间：
序曲：7分 第一幕：60分 第二幕：80分
剧情介绍：
第一幕 第一场 场景为埃及山岩间的开阔地带，到处是茂盛的林木，两侧均有道路通向山岗，附近有一神殿。
这时身穿华丽的古希腊猎装的年青王子塔米诺被大蛇追赶着逃到这里，他手拿着弓，但箭已射完，被蟒蛇追逐着登场，大叫着：“救命啊，救命啊！”后昏倒。
这时宫殿的门开了，出现三位戴着面纱、手执银色标枪的侍女。她们把蟒蛇刺死后，就蹲下来注视塔米诺，惊叹道：“这是多么英俊的青年！”然后争着要在他身边守候。她们谁都不肯单独去报告女王：“为什么要我去?”各自情不自禁地唱出：“只要能和他一起生活，我愿意献出一切”，最后实在没办法了，只好依依不舍地向他告别，一块儿去报告女王。这是一首优美的三重唱。随着心理的进展，伴奏的节奏也跟着改变。
塔米诺清醒后，发现大蟒蛇已死。这时远处传来排笛的声音，不一会儿有个男人走来了。王子赶忙躲到树后。
这时帕帕盖诺背着大鸟笼，身着羽毛制成的衣服，一边吹着排笛(牧神笛)，一边唱着这首天真的民谣风曲调。他唱着：《我是一个捕鸟人》，他唱道：“任何时刻我都愉快地吹着排笛，在这里没有一个人不认识我。只要吹响这排笛，小鸟就会飞来，因此所有的鸟，都属于我。我希望有一张捕捉少女的网，这样，她们也会成为我的。若是我得到心爱的姑娘，我要拿糖给她吃，如果她肯嫁给我，我要让她安睡在我身旁。”
当帕帕盖诺唱完后，塔米诺不禁向他问道：“你是谁？”捕鸟人答说：“问我是谁？真莫名其妙，我和你同样是人啊！”塔米诺以为这位奇装异服的男人杀死大蛇，救他一命，就告诉帕帕盖诺说：“我是一位王子，我的父亲在遥远的地方治着许多臣民和一大片领土。”
可是帕帕盖诺听不懂什么是“王子”、“领土”与“臣民”，他是个“人人平等”的大自然之子。于是塔米诺就问他：“你是怎么生活的？”“我为夜女王和她的侍女们捕鸟，而她们给我吃与喝的。”最后他得意忘形吹牛说：“这条大蟒蛇是我杀的！”
突然城门开了，带著面纱的三位侍女出现，大声叫道：“帕帕盖诺！”捕鸟人吓了一跳，因为她们不曾这么凶。接着三位侍女相继表示：“夜女王要给你捕鸟的代价，但以水替代酒，以石头替代面包，用一把锁锁住你的嘴巴，代替水果。这是对你说谎话的处罚。”
然后她们对塔米诺说：“年轻人，救你的是我们，不是那个捕鸟人。”并且拿出一幅画像给塔米诺看：“这是夜女王的女儿帕米娜的肖像，如果您看了画像而动心，您将获得幸福、荣誉和名声。”说罢，就带着帕帕盖诺退去。
塔米诺看了画像，惊叹着公主的美貌，唱出这首著名的“画像咏叹调”：《这是多么美丽的画像》，他说：“好像没有人看过。这么美丽的姑娘，她燃起了我心中的火焰，难道这就是爱？如果我能找到她，一定要紧紧抱在怀里，永远拥有她。”这虽然是单纯的情歌，却能激发澎湃的感情，扣人心弦。
当王子唱完，想要离去时，三位侍女又出现，并叫住他。她们交替地告诉塔米诺，夜女王已听到他的话，并且指点说：“这张肖像画中的帕米娜，在五月的一天被可恶的魔鬼拐走。”塔米诺听了就说：“哦？被坏人拐走了？这是多么可怜啊！”他心里想着，她可能不再是一位处女。三位侍女听了大怒：“她即使是身处险境，依然坚守贞操。”塔米诺马上表示：“若是这样，我一定要把她救出。”
这时雷声隆隆作响，侍女们告诉塔米诺说：“女王驾到。”山崖突然向左右分开，舞台变成庄严的大厅，夜女王坐在布满星辰的王座上对塔米诺唱着宣叙调：“年轻人别害怕，纯洁聪慧的人呵，只有你才能安慰一个母亲心中的烦恼。”接着在缓板中悲戚地唱出咏叹调：《我的命运充满痛苦》，她说：“可爱的女儿被夺的母亲，是世上最不幸的。只要爱女不归，快乐也不回，这就是魔鬼的卑鄙行为。我一直忘不了女儿战栗的呼救声。她悲切地哭喊着：救我呀！救我呀！但我无能为力，眼巴巴地看她被掳去，自己只能掩面哭泣。”她鼓励塔米诺说：“你才是我的救星，你是顶天立地的男人。当你完成任务胜利归来时，我的女儿就永远属于你。” 这是一首极富戏剧性魄力的歌曲，是最光辉灿烂的莫扎特咏叹调。表现出母爱和悲戚的情绪，所以除了宣叙调中要表现得庄严外，还要具有抒情性。这是著名花腔女高音歌曲。
夜女王唱完后，率领着侍女消失在黑夜里，只留下发呆的塔米诺。这时大厅也消失了，舞台返回原先荒山的景色。塔米诺弄不清此事是真是假，于是向神明祷告。
这时帕帕盖诺登场。他指着被封的嘴，表示着：“请打开嘴上的锁”的动作，他的样子非常可怜，再也不像往常那样快活了。塔米诺虽然很同情他，可是只能说：“我想救你也没有办法。”
突然，三位侍女又出现了，她们取下帕帕盖诺嘴上的锁，但要他发誓今后不再说谎。
这时第一个侍女交给塔米诺一支夜女王送他的金笛说：“这支魔笛可以使人得到爱，使不幸者获得欢乐，使单身汉得到伴侣。遇到危急时，又能使人脱离险境。这是比金银财宝、王冠更可贵的。”接着五人就一起赞颂这支笛子。唱着美妙的五重唱。
帕帕盖诺准备离去时，三位侍女对他说：“你要随塔米诺到萨拉斯特罗的城堡去，去把帕米娜救出来。”可是下帕帕盖诺却反抗说：“我不敢去，这个魔鬼会拔掉我身上的羽毛，红烧后把我吃掉。”第一个侍女只好交给他一只银铃，告诉他只要摇响它，就能化险为夷，这样他才答应同往。
当他们准备启程时，才发觉不知怎样走法，于是向侍女问路。侍女们说：“前面有三位勇敢又聪明的童子，会引导你们向前走。”他们一边说着再见，一边和侍女们分手。
第二场 萨拉斯特罗的城堡内
有两名奴隶在整理房间，另一名奴隶进来说，萨拉斯特罗的黑人男仆莫诺斯·塔托斯想强暴帕米娜，却被她跑掉了。 突然传来莫诺斯·塔托斯的叫喊要奴隶快拿来锁链的声音。有一个奴隶走到窗口探头一望，看到帕米娜已经被莫诺斯·塔托斯抓住了。
莫诺斯·塔托斯唱着：“美丽的小女子呵，过来吧！”“我的命好苦。”“你的生命在我的掌握中。”“我不怕死，只是我的母亲太可怜。”这是一首二重唱，当她被绑后就昏过去了。
就在这千钧一发的时刻，帕帕盖诺心惊胆战地从窗外往里望，他走入大厅自言自语说：“这是什么地方？让我进去瞧瞧。”当他进屋后，先赞叹了帕米娜的美姿。然后看到黑炭般的莫诺斯·塔托斯，而黑人看到进来的是小鸟一样的怪物时，两人都以为自己看到了鬼怪，“呼呼”叫着从左右两边分别逃走。
这时帕米娜醒来了，依然唤着母亲的名字，悲叹自己的命运。帕帕盖诺又走回来，嘴里说着：“世上既然有黑鸟，当然也会有黑人，这是不足为怪的。”当他仔细端详帕米娜后，认出她就是夜女王的女儿，于是告诉她，有一位看到她画像的王子，因为爱恋她已前来营救她。
帕米娜认为这王子一定是自己的情人。帕帕盖诺听了，不禁感慨道：“我帕帕盖诺连一个情人都没有。”帕米娜就安慰说：“忍耐吧，上天绝不负苦心人。”
接着帕帕盖诺和憧憬爱情的帕米娜，一起唱出这首歌颂爱情的二重唱。非常喜爱《魔笛》的贝多芬，曾根据这首二重唱的主题写了一首大提琴与钢琴的《魔笛主题变奏曲》(共七段)。这是一首很优美的曲子，时常在音乐会上单独演奏。
先由帕米娜唱：“知道爱情的男人，一定有一颗温柔体贴的心。” 帕帕盖诺唱：“同享甜蜜的爱，就是女人的义务。”最后同唱：“爱情是崇高的，唯有男女两人才能进入神界。”
第三场 神圣森林。有智慧、理性和自然的三个神殿。
这时舞台一变而成萨拉斯特罗城堡所在的神圣森林中。有三个门可以进入神殿。自右是“智慧殿”、“理性殿”和“自然殿”。而智慧、理性和自然，就是启蒙哲学的中心思想。
正如神殿上所标示的，到这里萨拉斯特罗不是恶魔，而是德高望重的祭司，夜女王却是一个坏女人。三位手拿着银椰树叶的童子，带领着塔米诺上场。童子们告诉塔米诺说：“此路将引导你到达目的地。可是你必须勇敢才能得胜。”接着又警告他：“要定心，要忍耐，要沉默。”塔米诺虽然请教他们如何才能营救帕米娜，可是童子们并未回答这问题就退去。
这时塔米诺看到恶魔的住处居然这样神圣，吓了一跳。他鼓起勇气，准备从右边的门进去，可是里边有声音传来：“退去！”走到左边的门，他最后就试试中间的门，结果出现一位老人家。接着是一大段宣叙调的问答：“萨拉斯特罗拐走帕米娜是真的吗？”“你不知真相。不要听信夜女王的话，萨拉斯特罗，他实在是一位德高望重的人。”“那么我何时才能知道事情的真相？”“当友谊之手引导你到圣堂，与永远的羁绊结合时。”
老人留下这谜就走进门里。塔米诺感叹道：“哦！永远的黑暗，你何时消失？”这时他变成等待启蒙的愚者了。这时从门后传来声音说：“若不这样，就永远得不到智慧的光明。”塔米诺问：“帕米娜是否还活著?”“帕米娜安然无恙。”
听到这消息，他立刻吹响了魔笛，并唱出著名的《长笛咏叹调》。曲中插入了几段长笛独奏，当笛声响起时，森林中的小鸟就跟着啼转，动物们也出来聆听。笛声一停，它们又跑开。塔米诺唱道：“多么奇妙的笛声呵！连野兽都出来听。可是帕米娜啊，你在哪里？笛声呵，请传到帕米娜那里。”说也奇怪，他立即听到帕帕盖诺的排笛声。塔米诺很高兴地照着笛声的方向搜索而去。
这时，帕米娜被帕帕盖诺拉着上场，他唱道：“快走吧，请拿出勇气，为了逃离恶棍和愤怒。”他们也朝着塔米诺笛声的方向赶路。
莫诺斯·塔托斯带了一群奴隶追过来了，他说：“我要好好修理他们。居然有人敢欺骗我。”当奴隶们把两人团团围住，黑人伸手要捕捉时，帕帕盖诺突然想到夜女王送他的银铃，于是拿起来猛摇，说也奇怪，莫诺斯·塔托斯和奴隶们居然边唱边舞起来，不久就失去踪影。
看了这情景，帕帕盖诺和帕米娜就一起赞美着银铃。帕帕盖诺说：“如果男人都有一支这样的银铃，心情必定平静，争端也会消失。”这段二重唱，有不少的人拿来和舒伯特的《野玫瑰》比较，因为两曲的前两个小节结构完全一样。
这时萨拉斯特罗打完猎，正要返回神殿。合唱高喊着：“萨拉斯特罗万岁！”帕帕盖诺听了直打颤儿，想逃走，可是帕米娜却留住他：“我们把事情原原本本告诉他。”
接着，萨拉斯特罗就乘在六只雄狮拉动的凯旋车登场。合唱停止，萨拉斯特罗下车，帕米娜谦卑地跪下说：“因为那个黑人想强暴我。所以我企图逃走。”萨拉斯特罗听了，宽大地原谅她，可是仍禁止她和母亲见面。这时莫诺斯·塔托斯拉着塔米诺上场。这对不曾见面的情人认出对方后，马上紧拥在一起。黑人看了勃然大怒，上前把这对情侣拉开，而且请求萨拉斯特罗处罚他们。
不料，萨拉斯特罗却命令奴隶鞭打黑人并把他拖了下去。人们称赞这公平的裁决。接着又命令把塔米诺和帕帕盖诺带往考验的圣殿，这时两人的眼睛被蒙起来。
第二幕 第一场 长满椰子树的森林。后方可以看到金字塔。
当萨拉斯特罗和众祭出现后，就开始了萨拉斯特罗的演说与祭司们的质询。萨拉斯特罗：“塔米诺王子走进神殿的北门，请求在那里修行，各位有何高见?”众祭司：“他的德性如何?”“有没有正义感?”“为善否?”萨拉斯特罗都逐一回答。
萨拉斯特罗还说：”我早就预知此事。因此我把可爱的帕米娜和她那傲慢的母亲拆开，我准备让这两人结成夫妻，但塔米诺必须先接受考验。”
老人站起来问：“他是否是王子?” 萨拉斯特罗：“这并不重要。要紧的是他是一个人。”“这年轻人贪生怕死吗?”“我想，当他知道要为伊西斯与奥西利斯神效劳时，一定会勇往直前。”
随后萨拉斯特罗命令把塔米诺和他的跟随者带上来，并委托老人教导他们。这是一段相当著名的男低音独唱曲：《伊西斯与奥西利斯神呵请赐给他们智慧》，萨拉斯特罗向神祈祷，希望这对情侣能顺利通过严厉的考验。唱毕，萨拉斯特罗带众人退下。
第二场 神殿中的小庭院
这时场景变成神殿中的小庭院。夜。远处有雷声。帕米娜和帕帕盖诺在这里修行。老人与另一位祭司上场，接着就是和塔米诺间的问答：“你到此追求何物?”“友情与爱。”“你敢睹下生命吗?”“愿意。”“只要往前走一步，就驷马难追。”“我明白。”
老人把两人头上的布解开后退去。当他一走，帕帕盖诺就满腹牢骚，表示无法忍受这些考验。塔米诺责备说：“怕什么，你也是堂堂男子汉。” 帕帕盖诺却回答：“若是女人就好了。”接着雷声大作，帕帕盖诺吓得直叫：“完了！完了！”
拿着火炬的老人又上场。他问塔米诺要不要继续接受更严厉的考验，塔米诺回答说愿意，因为他不会改变初衷。当问到帕帕盖诺时，他却答说：“我只要能睡觉、讲话和喝酒。”这时祭司们告诉他：“到了成功的清晨，萨拉斯特罗将赐给你一位美丽的少女帕帕盖娜。” 帕帕盖诺听了才答应接受考验。老人宣布现在起要考验“沉默”。
这时两位祭司说：“小心女人的诱惑，守住自己是男人的第一义务。”当祭司们走后，四周又变成一片漆黑。帕帕盖诺忍受不住就说：“带来亮光。”说也奇怪，三位侍女随即出现。
侍女们诱惑说：“这是怎么回事，怎么在这样可怕的地方?这么一来全都完了。”帕帕盖诺想开口，但被塔米诺制止。这时塔米诺好像变成傀儡，居然骂他的救命恩人是：“贫乏的俗人”，这简直是忘恩负义。接着就进入非常紧迫的五重唱，侍女们的指责颇具说服力。
当侍女失望地想离开时，传来祭司们的合唱，叫喊着：“快掉落地狱中！”时雷电交加、震耳欲聋，侍女们立刻掉入深渊中。帕帕盖诺也昏倒在地。
侍女们走后，老人与祭司又出现，并赞美塔米诺，弄醒昏过去的帕帕盖诺。然后，又蒙住这两人的眼睛，带到另一个考验的场所。
第三场 美丽的花园。中央有一座亭阁。
舞台变成晚间的花园。帕米娜在那里睡着。莫诺斯·塔托斯蹑手蹑脚地走出来。虽然受过萨拉斯特罗的惩罚，但看到帕米娜的睡姿，他又兴起邪念。他小声唱着：《音乐好像从远方传来》，表达出黑人那被抑制的情欲：“在恋爱时，任何人都喜不自禁。”他说： “一会儿拥抱，一会儿亲吻，但他们说，我没有权利谈情说爱，因为我又黑又丑。”接着他自言自语道：“月亮呵，若是看不顺眼，那么请你躲起来。”然后走近帕米娜想吻她，可是突然一声雷鸣，夜女王出现，把黑人驱走。
这时，夜女王先用宣叙调向帕米娜说明，当她的父亲去世时，把太阳的七重盾交给萨拉斯特罗，由于失去这把盾，她就不再有力量能保护自己的女儿。接着她就交给帕米娜一把短剑，要她把萨拉斯特罗杀死，并夺回那奇异的七重盾。不料，女儿却惊恐地抗拒这命令，夜女王就狂怒地唱出这段这首非常著名的咏叹调：《我心中燃炽着怒火》，她说：“死与绝望在眼前闪动，若不杀萨拉斯特罗，你就不再是我的女儿。永远消失吧，沉沦吧，毁灭吧，此世的羁绊都粉碎吧。啊，一切都毁灭，否则就要把萨拉斯特罗打倒。啊，复仇的神，请听我的誓言。”说罢，夜女王就不见踪影。
在阴暗处看到这情景的莫诺斯·塔托斯，再次出现。这次他不再是想偷偷摸摸吻她，而是要正面袭击她了。帕米娜举起手上的短剑，准备和他拼个你死我活。这时萨拉斯特罗出现，黑人乘机溜掉。
这时帕米娜反而向萨拉斯特罗为母亲求情，他则安慰说：“你母亲要向我报仇是错误的。”然后唱出这首著名的男低音独唱曲：《在这神圣的殿堂》情调极为庄严，他说“在这神圣的殿堂，没有人想到要报仇的事。在这里，每人都要爱人如已。”他又说：“若是有人不喜欢这信条，而不能原谅敌人，那么就没有资格成为人类了。”唱完他就带著帕米娜离去。
第四场 舞台又变成大厅。
塔米纳和帕帕盖诺被老人与祭司带进来。祭司们吩咐要继续保持沉默后，就先离去。可是帕帕盖诺仍旧忍不住要说话：“连水都没有，实在不像话！”后来他居然想要喝葡萄酒。
这时，有一个老太婆拿了一大杯水出现。帕帕盖诺诺接过来喝了以后，就好奇地问她的年龄，她立刻回答说：“我18岁又过两分钟。我有个情人叫帕帕盖诺。” 帕帕盖诺听到吓了一跳，刚开口问她芳名时，一声响雷把老太婆赶走了。
这时三个童子坐在船上出现。他们原是夜女王的人，现在却成为萨拉斯特罗的使者。 童子们唱道：“欢迎你们来这里，这是第二次欢迎你们。萨拉斯特罗要把金笛与银铃还给你们。”这是一首清纯而优雅的三重唱：《两位是第二次来到》。他们鼓励塔米诺拿出勇气，也劝告帕帕盖诺保持安静，然后一起退去。
帕帕盖诺马上狼吞虎咽起来，可是塔米诺却吹起魔笛。由于这是呼唤帕米娜的魔音，果然她就出现了。但因塔米纳因为正接受沉默的考验，非但不能跟她说话，还挥手要她离去。
帕米娜看了既困惑又伤心，唱出这首哀怨的咏叹调：《爱的欢乐像朝露般消失》她说：“啊，我知道了，我的幸福永远不再回来，不再回到我身边。看哪，塔米诺，看我为你流下的眼泪，看这爱的凄怆。可怜我吧，唯有死亡才能得平安。”曲中巧妙地描写出她绝望之情。唱完她就哭着退场。
这时帕帕盖诺说在紧要关头也能不说话。事实上，他是因嘴里塞满食物而说不出话的。三声和弦又响起，塔米诺要帕帕盖诺一起去接受另一次考验，可是他却留恋着可口的酒肴不肯离开。接着号角高鸣，塔米诺只好硬着把他拉走。
第五场 金字塔地下室。此后舞台一变而成金字塔内部的地下室。
这时男声合唱：《感谢伊西斯和奥西利斯神》在歌颂着伊西斯和奥西利斯神：“哦，伊西斯呵，奥西利斯呵，这是多么大的快乐！”并祈求允许塔米诺等人加入为信徒。然后萨拉斯特罗称赞塔米诺此前的努力，宣布即将进入最后的考验。而且把帕米娜带出来，要塔米诺向她告别。
迟到的帕帕盖诺这时才赶来，到处寻找塔米诺。当他看不到人而想走出门时，却被雷鸣轰回来，他吓得魂不附体。这时老人出现了，他告诉帕帕盖诺说，他所受考验已完全失败，将被永远关在这个地下室中。帕帕盖诺失望之余，只要求给他一杯酒解解渴。老人给他一杯葡萄酒并离去后，他就开心地跳舞又摇铃。接着又唱起了咏叹调：《如果有爱人该多好》他快乐地唱道：“如果有个爱人或妻子该多好，吃的喝的都很丰富，排场豪华得像君王，那该有多妙。世上漂亮的女人有的是，就是没有一个肯爱我。”接着却悲伤地表示：“如果不能这样，宁死也不要活着。”随着铃声，刚才那老太婆拄着拐杖，跳着舞上场。帕帕盖诺不想理睬她，可是老太婆却认真地说：“如果你不举起我的手发誓爱我，你就永远走不出这房间。只能靠着面包和水，在这里过一辈子。”
帕帕盖诺听了，认为和一位老太婆一起生活，总比寂寞无聊地困在这里好。于是发誓永远爱她不渝。不料，奇迹出现了。随着一股清烟，老太婆立刻变成一位年轻可爱的少女，她也穿着同样的羽毛衣。帕帕盖诺看了惊喜万分，高喊着：“啊，帕帕盖娜！”上前要抱她，可是老者出现，将帕帕盖娜带走。
第六场 小花园。这时舞台又回到地上的花园。
三个童子自天而降，照六重奏的旋律宣告考验即将结束：“黎明的太阳将要照耀在黄金的道路上，这里将变得像天堂。”他们看到帕米娜伤心地走来，就躲到树后。由于塔米诺的离去，她变得神志不清，于是举起身上的短剑，准备自杀，童子们赶忙阻止。这时她才清醒过来。
深表同情的童子们，答应把她带到正受考验的塔米诺身边。接着四人就同唱爱的颂歌：“热恋的两颗心，是不能用人类的力量把他们拆散的。”
第七场 深山，一边是瀑布，一边是火山。
穿着钢盔与铁甲的两名武士，把塔米诺带到这里。他把竖于山口铁门旁石碑上的字句念出来：“要走入这条充满苦难的道路的人，可被火、水、大气与大地所洁净，当他克服了死亡的恐怖时，就能从地面往上天飞奔而去。这时会因伊西斯的奇迹，使你的身体变洁净。”当塔米诺准备接受这考验时，不料帕米娜热切地呼唤着他的名字赶来了。两个武士不仅不加阻扰，反而祝福他们。一对情人高兴地拥抱在一起。他们彼此说：“我的塔米诺，哦，多么幸福！”“我的帕米娜，哦，多么幸福！”这时音乐变成f大调的行板。
接着帕米娜就说出塔米诺手上《魔笛》的由来：“这是我父亲在一个狂风暴雨的日子，取用千年樫树最深处的物质，驱使魔法制成的，只要吹响这金笛，任何危险都不必害怕。”于是两人就决心凭着爱与魔笛的力量，克服可怕的考验：赴汤蹈火。两个武士也从旁边鼓励着。 塔米诺和帕米娜携手走进铁门。音乐先描写出炽烈的火焰，同时传来塔米诺吹奏的笛声与鼓声。这对情侣克服烈火的考验后，又一起面对水的考验，音乐以湍急的水声作为背景，但他们勇敢地唱着歌。当两人从瀑布下出来时，立即出现一条通往神殿的明亮大道。沉默片刻后，后台传来雄壮有力的合唱，祝福两人的胜利。他们在合唱的欢迎下，走进神殿。
第八场 舞台又变成先前的庭园。
帕帕盖诺在到处寻找被带走的帕帕盖娜。他着急地唱着：“帕帕盖娜，帕帕盖娜，可爱的女人，小鸽子，我的爱人，你在那里？啊，帕帕盖娜不见了，只怪我爱讲话。恋爱过一次的人，是永远忘不了那滋味的。“
由于始终找不到爱人，他就拿起一条绳子准备上吊。可是由于四周围看不到能救他的人，就打消了自杀的念头。他又数一次一、二、三，依然没有人出现，他无可奈何，终于把活结套在脖子上。这时三个童子出现了，提醒他使用银铃。帕帕盖诺立刻边摇边唱：“大声响吧银铃，响彻每个角落。”果然帕帕盖娜随即出现。两人深情地拥抱在一起，唱出一段轻快的二重唱。帕帕盖诺：“帕、帕、帕、帕、帕帕盖娜！” 帕帕盖娜：“帕、帕，帕、帕、帕帕盖诺！”他们边跳边说：“如果生下一大群儿女，该多么有趣。先是小帕帕盖诺，接着是小帕帕盖娜，小帕帕盖诺，小帕帕盖娜……”唱后两人手拉手退下。这是一段无比优美的音乐，所有欢笑与眼泪都升华成“人类爱”，是《魔笛》中很动人的场面。
这时夜女王、三个侍女和莫诺斯·塔托斯等五人，拿着火炬鬼鬼祟祟地登场。他们知道人们集合在神殿中，企图趁黑夜攻击他们。夜女王答应把女儿许配给黑人。可是突然传来雷声，不一会儿雷电交加，大雨倾盆而下，把这五人赶走，永远打入黑夜中。
接着，舞台逐渐明亮，象征着启蒙的灿烂阳光照耀着大神殿，上面站立着萨拉斯特罗、塔米诺、帕米娜、三位童子，以及众多的祭司。萨拉斯特罗庄重地宣布：“黑夜已去，阳光普照。”最后大伙儿一起唱出：《美与智慧，将戴上永远的王冠》。全剧在这热闹的合唱中结束。
序曲
Act One第一幕
01 Der Vogelfänger bin ich ja（Papaqeno）
我是快乐的捕鸟人（帕帕盖诺）
02Dies Bildnis ist bezaubernd schön（Tamino）
这张画像多迷人（塔米诺）
03 O zittre nicht，mein lieber Sohn！（Queen of the Night）
别颤抖，别害怕啊，孩子！（夜后）
04 Bei Männern welche Liebe fühlen（Pamirla，Papaqeno）
一个感受到爱情苦闷的男人（帕米娜，帕帕盖诺）
05 Wie stark ist nicht dein Zauberton（Tramino）
神笛的威力是多么壮盛啊（塔米诺）
06 Schnelle Füße,rascher Mut…Das klinget so herrlich（Pamina，Papageno，Monostatos）
双腿加速，心存勇敢…好美的铃声（帕米娜，帕帕盖诺，莫诺斯塔托斯）
07 Es lebe Sarastro！Sarastro lebe！（Chorus，Pamina，Papageno）
萨拉斯特罗万岁！荣耀属于你！（合唱团，帕米娜，帕帕盖诺）
Act Two第二幕
08 Marsch der Priester
教士的行军
09 O Isis und Osiris（Sarastro，Chorus）
噢，伊西斯与奥西里斯（萨拉斯特罗，合唱团）
10 Alles fühlt der Liebe Freuden（Monostatos）
所有的生物都感受到爱的狂喜（莫诺斯塔托斯）
11 Der Hölle Rache kocht in meinem Herzen（Oueen of the Night）
复仇的地狱在我心中沸腾（夜后）
12 In diesen heilgen Hallen（Sarastro）
在圣洁的大厅中（萨拉斯特罗）
13 Ach,ich fühl's,es ist verschwunden（Pamina）
我知道，一切都成了过去（帕米娜）
14 Ein Mädchen oder Weibchen（Papageno）
少女或者女人（帕帕盖诺）
15 Wir wandelten durch Feuerqluten（Tamirio，Pamina，Chorus）
我们穿越炽热的炉火（塔米诺，帕米娜，合唱团）
16 Klinget Glöckchen,klinget（Papageno）
小铃铛，现在响起吧（帕帕盖诺）
17 Pa，pa，pa，Papagena！（Papageno，Papagena）
帕，帕，帕，帕帕盖娜！（帕帕盖诺，帕帕盖娜）
18 Die Strahlen der Sonne（Sarastro，Chorus）
太阳的光芒（萨拉斯特罗，合唱团）
