学校在施行一体化管理的同时，倡导“张扬个性，优势互补”，形成“四个校区（分校），一校一品”的格局。一校区，高举国防教育的旗帜，在“全国少年军校示范学校”的优良传统上做更加深入的探索；二校区，充分挖掘“全国绿色学校”的潜质，着力抓好环境教育，提升校园文化品位；三校区，以“六自”（人格自尊，学习自主，生活自理，行为自律，健康自强，安全自护）为培养目标，努力办成省市一流的城区寄宿制学校；临江分校，从校园文化建设入手，以促进青年教师专业成长为突破口，发挥城区总校的核心引导作用，使之成为鹿城农村小学中的佼佼者。
水心小学的办学理念是“珍爱生命，健康成长”。其基本内涵是尊重人的生命，改善生存环境，创造生命价值，倡导“读书、健康、快乐”。
水心小学的核心价值观是“关怀、合作、主动、更好”。
水心小学发展的愿景是“整体推进、和谐发展”。
