19世纪中期，不少西方人来到鼓浪屿，他们多为虔诚的基督徒，为了有一个礼拜的场所，他们决定在鼓浪屿建一所教堂，于是各差会的信徒纷纷捐款，在鼓浪屿的鹿礁顶建造教堂。
1863年，这座新古典主义风格的教堂竣工，时称“国际礼拜堂”。
1911年，教堂进行翻建，改称“协和礼拜堂”。
1949年后，协和礼拜堂交由中国教会管理。
1951年3月底，协和礼拜堂改由三一堂和福音堂的长执会接管。
1952以后，协和堂交给厦门市第二医院使用。
1974年，由于第二医院发展的需要，这座教堂差点被拆毁用于建设第二医院药剂房，但在国家一级建筑师白家欣先生极力周旋下，用貌似破坏实则保全的方法，在教堂周边加盖一些楼房，虽然教堂被楼群所遮盖，但却使教堂得以保存。
现协和礼拜堂已重新修缮完工，以修旧如旧的面貌呈现在游客面前。
