在八岁的玄烨康熙继承皇位之后，由于冲龄无力理政，故顺治帝临终前委任幼子於四臣，即四大辅政大臣：索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜辅政治国。随着四辅政大臣内部势力的变化，本来位居末位的鳌拜的势力日益强大。鳌拜为人十分专横，根本不把年幼的康熙皇帝和其他辅政大臣放在眼里。而此时历经三朝、经历多次宫廷斗争的索尼，以年老多病为由，采取以退为进的策略，持不与鳌拜发生冲突的回避态度。眼看鳌拜权倾朝野，孝庄太皇太后为达到遏制鳌拜的目的，转而笼络索尼父子，一改太宗、世祖两朝均在蒙古科尔沁部博尔济吉特氏家族中（皇祖母孝庄太皇太后、皇嫡母孝惠章皇后）选择皇后的传统，册立索尼的孙女赫舍里氏为皇后。
其实在候选人中，既有鳌拜的女儿，又有遏必隆的女儿，选谁为皇后必然会导致皇后所在家族力量的壮大，当时，鳌拜的狂妄已经日益暴露出来，洞察力的孝庄文皇后当然不会没有察觉，因此，鳌拜的女儿被第一个从名单中去除。遏必隆是一个两边倒的人物，哪一方强大，他就倾向于那一方，对待遏必隆既不能完全依靠，又不能置之不理，所以遏必隆的女儿入宫为妃（康熙初年，未有正式册封的妃子很多）。
同时，赫舍里氏的入宫之路也极其坎坷：鳌拜多次上奏以：若将噶布喇之女立为皇后，必动刀枪。满洲下人之女，岂有立皇后之理?不断威胁索尼一家和康熙皇帝一家。清朝皇室在这鰲拜威胁下，在康熙四年九月年仅12岁的赫舍里氏终嫁入清朝皇室册封皇后。
康熙六年（1667年）6月，皇后的老祖父索尼逝世。康熙八年（1669年）康熙皇帝决定活捉鳌拜，加上索尼第三子索额图的意见后，于是布置身强力壮的勇士太监擒拿鳌拜和其党羽。
康熙八年（1669年）十二月十三日，皇后生下嫡长子承祜（之後夭折）。康熙十三年（1674年）五月初三日，皇后因产子胤礽而崩逝，康熙皇帝悲痛不已。
康熙十四年（1675年）六月，康熙取得皇祖母孝庄文皇后的慈命同意后，康熙皇帝给皇后年仅两岁嫡次子胤礽预立皇太子作为康熙皇帝的预备储君（清朝祖训生前不事先预立太子）。在十二月十三日，适逢已夭折嫡长子承祜生祭，康熙亲自举办正式授胤礽封皇太子盛大典礼。也是大清帝国历史上康熙皇帝唯一公开承认的太子。
康熙四年七月初七日，聘皇后赫舍里氏，行纳采礼。九月初七日，因为第二日为大婚吉日，故康熙帝遣官祭告天地、太庙、社稷。之后行大征礼。
九月初八日，清代入关以来第三次皇帝大婚在北京隆重举行——根据美籍华裔历史学家吴秀良《康熙朝储位斗争记实》叙述，婚礼过程如下：礼仪的程序几乎完全按照汉族的传统，其间也杂有满洲的旧习，最明显的是，纳彩（送礼品到新娘家，是订婚仪式的步骤之一）的重要礼品是马匹和马鞍。婚礼前，由钦天监的官员择一吉日，康熙皇帝派以内务府大臣为首的一行人，其中包括三位公主、三位摄政大臣的夫人以及内侍和侍卫，把礼品送到新娘家。计有十匹鞍辔齐全的骏马，十仗盔甲，一百匹锦缎，以及二百匹其他精美布料。新娘的父亲噶布喇及祖父索尼率家中男性成员，索尼夫人率女性成员迎礼。全家人分列庭院两侧，向北三跪九叩（皇帝的宝座朝南），感谢皇上的恩宠。九月七日，即大婚礼前一天，皇帝派遣满洲大臣祭告天地、太庙、社稷。同日行大征礼（即纳聘礼）。聘礼包括两万两黄金、一万两白银、一个金茶罐、两个银茶罐、一对银箱、一千匹锦缎、二十付马鞍、及四十匹骏马。这一礼仪同样以女方亲属向北三跪九叩谢恩而结束。九月八日举行大婚礼。康熙皇帝进入太和殿观看册立皇后的封册和金印。接着，他把两件皇后的象征物交给钦派使臣，使臣手捧册宝，众侍臣尾随其后，送到后邸。皇后接到这两件象征物，行了跪叩礼之后，乘轿到皇宫。轿前由四位大臣的夫人带领，轿后有七位大臣的夫人跟随，她们全部骑马而行（妇女骑马是满洲传统的一个显著特点）。两侧由侍卫和内侍护送，皇后的随从们被恩准在通向中宫的御道上行走。此时，康熙皇帝身着大婚礼服，先到太皇太后和皇太后宫中行礼谢恩，接着到太和殿赐皇后亲属（此时皇后仍留在中宫）及诸王百官宴席。与此同时，皇太后率诸大臣和摄政大臣的夫人们到太皇太后宫中，在那里设宴招待皇后的母亲及其母系亲属。下午六时许，大婚礼以汉族传统的合卺宴结束。此宴结束后，皇帝和皇后便留在中宫。
次日，皇帝谕礼部援引汉族先例为太皇太后和皇太后上尊号。同一天，皇后到太皇太后宫及皇太后宫行朝见礼。第三天，皇帝御太和殿，诸王百官上表朝贺，以大婚礼成颁诏天下。诏书阐明了确立皇后，共承宗庙，助隆孝养，绵延本支的意义。册赫舍里氏为皇后的诏书：朕惟乾坤德合，式隆化育之功。内外治成，聿懋雍和之用。典礼于斯而备，教化所由以与。咨尔何舍里氏乃内大臣噶布喇之女也。世德钟祥，崇勋启秀。柔嘉成性，宜昭女教于六宫。贞静持躬，应正母仪于万国。兹仰承太皇太后懿命，以册宝立尔为皇后。其尚弘资孝养，克赞恭勤。茂本支奕叶之休，佐宗庙维馨之祀。钦哉。九月初九日，皇后诣太皇太后、皇太后宫，行朝见礼。九月初十日，以大婚礼成。颁诏天下。诏曰：帝王承天立极，作民父母，使四海同伦，万方向化。匪独外治，盖亦内德茂焉。故政教弘敷，肇先宫壸，所以共承宗庙，助隆孝养。绵本支，睦九族，甚钜典也。朕祗缵鸿基，笃念伦纪，兹者圣祖母昭圣慈寿恭简安懿章庆敦惠太皇太后，深惟婚礼为天秩之原、王化之始，遴选贤淑，俾佐朕躬，正位中宫，以母仪天下。钦遵慈命，虔告天地宗庙，于康熙四年九月初八日，册立内大臣噶布喇之女赫舍里氏为皇后。朕躬暨后，允修厥德，夙夜敬勤，期克绍于徽音，庶俾薄海内外。丕协伦常，洽被仁恩，聿臻上理。布告天下，咸使闻知。
康熙八年（1669年）十二月十三日，生下嫡长子承祜。史载：「皇后所生承祜方四岁，天性聪慧，上甚爱之」。嫡长子承祜深受康熙宠爱，被康熙皇帝视作掌上明珠。
康熙十一年（1672年）二月，虚四岁承祜早殇夭折。
康熙十三年（1674年）五月初三日，皇后第二次临盆。此时的坤宁宫内外一片忙碌，准备迎接新皇子的到来。念喜歌的两位接生嬷嬷早已等候在一旁，掩埋小皇子胎盘的“喜坑”也挖好，并把寓意皇后快生贵子的筷子和红绸、金、银、八宝等物安放在喜坑内，只等赫舍里氏皇后顺利生产。左等右等，大家盼望的皇子终于在初三日上午巳时出生。康熙皇帝见皇后终于又诞育了健康的皇子，异常高兴，当即取一个乳名叫保成（嫡次子胤礽），祝愿他能够平安成长。然而皇后却因难产导致昏迷不醒，几个时辰不见转机，尽管御医使尽浑身解数，仍无法挽救渐渐逝去的皇后生命，年仅21岁（周岁仅20岁）的赫舍里氏皇后于当日下午申时咽下了最后一口气。坤宁宫里的气氛一下子由开始的喜悦骤变成悲伤。仅仅几个时辰的时间，康熙皇帝就经历了再得嫡子和痛失爱妻的大喜大悲，巨大的痛苦之中又夹杂少许欣慰，这种悲喜交加的滋味，恐怕只有当事人自己才能体会得清楚。
作为康熙帝第一位皇后，赫舍里氏与玄烨共同生活十载。她本人未曾在历史上留下多少痕迹，但事实上对玄烨产生了不小的影响，在其所有后妃中，是最重要的一位。玄烨大婚后最初十年，对于整个康熙朝的发展，乃至奠定康乾盛世的坚实基础，都具有关键性的意义。而这十年中玄烨的所作所为，应当说与赫舍里氏有密不可分的联系，后者以自己“宫闱式化，淑德彰闻”的行动，给予玄烨有力的支持。
由于皇后的得力辅佐与勤理内治，玄烨能够在祖母的指导下，顺利渡过他继位后的早期阶段，为其后近半个世纪的出色统治，开了一个好头。这其中有赫舍里氏一份功劳，她对于康熙朝早期的历史进程，起到积极地促进作用。
康熙初年，身为皇祖母的孝庄文皇后在为康熙皇帝选皇后时颇费了一番苦心。其实在候选人中，既有鳌拜的女儿，又有遏必隆的女儿。选谁为皇后必然会导致皇后所在家族力量的壮大。当时，鳌拜的狂妄已经日益暴露出来，洞察力很好孝庄文皇后当然不会没有察，遏必隆是一个两边倒的人物，哪一方强大，他就倾向于那一方，对待遏必隆即不能完全依靠，又不能置之不理，所以遏必隆的次女，之后的孝昭仁皇后入宫为妃（康熙没有册封号的妃子）。
另外一位候选人就是老臣索尼的孙女孝诚仁皇后。索尼身为朝廷四大辅政大臣之一，对朝廷还是算衷心的，而且，他对于鳌拜的专权也早有意见，册立他的孙女再合适不过了。
赫舍里氏的入宫之路也极其坎坷：鳌拜多次上奏以：「若将噶布喇之女立为皇后，必动刀枪。满洲下人之女，岂有立皇后之理？」不断威胁索尼一家和康熙皇帝一家。就在清朝皇室在这鰲拜威胁下，在康熙四年（1665）九月，年仅12岁的赫舍里氏嫁入清朝皇室册封皇后。
康熙六年（1667年）6月，皇后的老祖父索尼逝世。康熙八年（1669年）康熙皇帝决定命人活捉擒拿消灭鳌拜和其党羽，加上索尼第三子索额图的意见后，于是布置身强力壮的勇士太监活捉鳌拜。
虽然皇后老祖父索尼在皇后与玄烨大婚后两年逝世，从大喜之日转为丧事。但之后的夫妻生活，孝诚仁皇后也依然受到了康熙皇帝关心和关爱，生二子嫡长子承祜（早夭）、嫡次子胤礽（立为皇太子）。
康熙十三年（1674年）五月初三日孝诚仁皇后因产子而崩逝，年轻的康熙皇帝悲痛不已，不但送孝诚仁皇后的梓宫往巩华城，更在皇后逝后半年内经常前去陪伴爱妻，一去就是一整日。
根据《康熙起居注册》的记载，除非朝中有重要祭祀或大事，康熙皇帝在孝诚仁皇后忌辰五月初三日（康熙亲自去祭奠孝诚仁皇后山陵）当天破例是不到乾清宫处理政事的，这样的持续到康熙三十八年（1699年），这样的维持已有二十五年载，足见康熙对结发之妻的喜爱和思念。由于康熙皇帝对皇后感情深厚之故，康熙立嫡皇后所生两岁嫡次子胤礽封皇太子，作为未来预备储君。
康熙皇帝后来也曾先后册立妃嫔为皇后：孝昭仁皇后、孝懿仁皇后二位皇后，但却未见康熙皇帝表现出如同对待孝诚仁皇后这般深厚的情感，因此也间接的道出了康熙皇帝心中的位置只保留给孝诚仁皇后一人。
