据金庸的武侠小说《射雕英雄传》里相关描述，《九阴真经》 是北宋年间的黄裳所著。
黄裳，北宋延平人（今福建南平），状元及第，原为文官，因校对《道藏》而悟通武学义理。及后黄裳被派遣消灭明教，官兵无能败阵，黄裳不服，单人匹马杀伤了明教多人，引来众人上门寻仇。黄裳不敌逃去，家人尽数被杀。为雪深仇，黄裳隐居40多年，苦思破解敌人武功之道。
40余年后重出江湖，此时仇家均已死去，余下的当年一个少女，也已年迈。黄裳有见于此，对自己为仇恨而偏执感慨万分，遂将毕生所学写成《九阴真经》，传之后世，旧版中说《九阳真经》为达摩所创。
《九阴真经》自创成之后，就被黄裳藏在一个神秘的所在。
直至两宋之间的时代，《九阴真经》出世，由于真经载有破解各大门派武学的方法，更是天下武学总纲，遂引起江湖群雄的争夺，掀起一番腥风血雨。
全真教掌教王重阳「中神通」为免江湖仇杀不断，提出「华山论剑」，胜者为「天下第一高手」，并可拥有《九阴真经》。
桃花岛岛主黄药师（东邪）、西域白驼山山主欧阳锋（西毒）、大理皇帝段智兴（南帝）、丐帮帮主洪七公（北丐）应邀，经历七日七夜的论剑，四大高手均被王重阳折服，推王重阳为「天下第一高手」。
王重阳取得真经，将之藏于蒲团之下，未有修习真经武学，并要求全真教门下，不得习练其中武学。
王重阳在将死之前，发现西毒欧阳锋在终南山出没，意欲盗取真经，遂假装逝世，引欧阳锋来袭，乘机以附有先天功的一阳指损伤欧阳锋的蛤蟆功功力。再将《九阴真经》交给师弟老顽童周伯通保管。
周伯通与东邪黄药师打赌而败，将《九阴真经》借给黄夫人。黄夫人有过目不忘的记忆力，竟将《九阴真经》记下。但周伯通由此启发，只读不练。后九阴真经下卷被梅超风，陈玄风偷出岛外，两人习得经书上的武功，成为名震江湖的黑风双煞，后陈玄风将经书上的武功刻至自己的背上，朱聪无意中偷到梅超风上的下卷交给郭靖，直至郭靖出现，周伯通一方面为能一睹真经武功的威力，一方面为戏弄对《九阴真经》深感厌恶的郭靖，竟欺骗郭靖练习真经上的武功，更要郭靖背下全文。
郭靖得到九阴真经后，修为日进，但梵文总纲却不能解。在机缘巧合下，黄蓉被裘千仞打伤，为救黄蓉，郭靖往找南帝一灯，得一灯帮助，解通梵文总纲。由是修为日进，几可问鼎天下第一高手之位。与此同时，西毒欧阳锋被黄蓉欺骗，逆练真经，居然也有所成，并以逆练的武学，成功击败东邪、北丐，逼得二人承认自己是天下第一高手。
《神雕侠侣》时，郭靖和黄蓉把九阴内力练成化境，杨过和小龙女二人在偶然的机遇下，也练成部分真经武学。林朝英死后，王重阳进入古墓，得知《玉女心经》的存在，为破心经，王重阳便将破解心经的九阴真经武学刻在其上。虽然所刻内容仅是真经中的少部分，却让日后杨过、小龙女练得九阴真经武学。杨过青年所创的绝技《黯然销魂掌》也渗合部分《九阴真经》衍生启发而创。
及后，郭靖所守的襄阳城被攻破，城破之前，黄蓉把《九阴真经》加上另写了《九阴》精华的速成版本，藏在倚天剑内，传之后世。在《倚天屠龙记》中，周芷若使计偷得倚天剑和屠龙刀，刀剑互劈，获得剑中秘籍。在「屠狮大会」上，周芷若就凭九阴真经上的武学，加上张无忌心软大意，成功取得「天下第一高手」的名衔。
周芷若把一些九阴真经武学也教予宋青书，宋青书却被武当俞莲舟所杀。虽然周芷若练的是九阴精华的速成，但所练日子不长，没有打好稳固根基，于是被神雕侠侣的后人黄衫女子用九阴神爪所制，周芷若的九阴内力后又被张无忌无意中用浑厚霸道，专克破阴性内力的九阳内力消弭殆尽。最后，周芷若被玄冥二老所伤，赵敏由周芷若身上盗得屠龙刀和倚天剑内秘藏之物。九阴真经最后落在张无忌手上。
金庸在新修版《倚天屠龙记》更记载了一件有关《九阴真经》的事，指王重阳与一名曾为儒为道为僧的人赌酒而败，该人因此获得披阅《九阴真经》的机会，启发了他萌生刚柔并济的概念，于是后躲进少林寺，结合佛道相参，写下《九阳真经》。
在最初的《射雕英雄传》中，《九阴真经》为少林祖师达摩所著，与《九阳真经》一阴一阳，并存于世。
《九阴》偏重招式，《九阳》偏重内力。《九阴真经》包含无数神奇招术，诡秘莫测，义理艰深难学，但《九阳真经》功成，内力至强，天下武学附拾皆可使用，却非世间武功所能伤害。
在金庸第一次修订出版后，对《九阴真经》作出调整。
作者方面，由达摩改为黄裳。由原先应是释家武学，变成中原的道家武学，与《九阳真经》解除关联。
在2000年的时候，金庸又对小说作出修订，此次修订后，《九阴》与《九阳》重新恢复关联，但不是过往的招式内力互补。
《九阳真经》于世纪新修版中，为一个曾为道为僧为儒的僧人所著，僧人曾与王重阳斗酒获胜，因而得以披阅《九阴真经》。由于僧人觉得《九阴真经》这道家武学失于阴柔偏颇，后再结合佛道武功心得写下《九阳真经》。
然而，新修版《射雕英雄传》的《九阴真经》总纲却明言「九阴极盛」乃是灾害，总纲的要旨亦是要纠正这一毛病，加上总纲是梵文所写，亦有人认为僧人所参透的可能不包括《九阴真经》的总纲。
「天之道，损有馀而补不足，是故虚胜实，不足胜有馀。其意博，其理奥，其趣深。天地之像分，阴阳之侯烈，变化之由表，死生之兆章。」
「弱之胜强，柔之胜刚，天下莫不知，莫能行」
「天下之至柔，驰骋天下之至坚」
「五指发劲，无坚不破，摧敌首脑，如穿腐土」
「人徒知枯坐息思为进德之功，殊不知上达之士，圆通定慧，体用双修，即静而动，虽撄而宁。」
●「易筋锻骨章」：
练成後功力等方面均进展迅速。内容提到：「人徒知枯坐息思为进德之功，殊不知上达之士，圆通定慧，体用双修，即动而静，虽撄而宁。」不但有打坐修炼的静功，也有由外而内的动功。
●「疗伤章」：
疗伤篇系为疗伤之用，亦能用以增加功力。由於能练《九阴真经》者已有一定修为，故疗伤对於一般的外伤亦不多提，主要是谈及内伤治方面，具有极其强大的疗伤功效。(《射雕英雄传》第24回：密室疗伤)
●「点穴篇」：
只述及点穴方面的要旨，未见有详细的招式。
●「解穴秘诀」：
为自通穴道之法，可在被人点中穴道或闭塞时，即可用此法自行打通。（《神雕侠侣》第七回《重阳遗刻》）
●「闭气秘诀」：
即可长时间不呼吸。（《神雕侠侣》第七回《重阳遗刻》）
●「收筋缩骨法」：
本为最下乘功夫，是鼠窃狗盗的打洞穿穴之术，但练到最上乘，却能将全身筋骨缩成极小的一团，就如刺猬箭猪之属遇敌蜷缩一般。（《射雕英雄传》第二七回）
●「飞絮劲」：
属於一种卸力的巧劲，可将对手强劲的攻击力化为无形。《射雕英雄传》第三十八回《锦囊密令》中，郭靖以「飞絮劲」化解欧阳锋一招。
●「蛇行狸翻」：
即便在地上翻滚，也是灵动异常。（《射雕英雄传》第六十二回《阴错阳差》中，周伯通以「蛇行狸翻」避过黄药师的追击。）
●「移魂大法」：
为摄心术的一种，实质有如现代的催眠，能用来对付武功高强，但心志不坚的对手。（君山大会中黄蓉以移魂大法克制彭长老的慑心术）
●「总纲」：
以梵文译音写成；作者黄裳为免真经落入歹人之手，而加以防备的一种手段。九阴真经总纲精奥无比，能将修真之士所遇的幻象之类转为神通，之余更纠正了道家武学偏重阴柔的流弊。
《九阴真经》总纲却明言「九阴极盛」乃是灾害，总纲的要旨亦是要纠正这一毛病，故此奇士所见，应不包括《九阴真经》的梵文总纲，但《九阴真经》的梵文总纲与《九阳真经》皆为「阴阳互济」之道，若修习成功，便与《九阴真经》达到相同的「武学最高境界」。
●「摧心掌」：
此掌虽名「摧心」，但中者五脏六腑皆会被震烂，骨骼却不折断。
●「白蟒鞭法」：
使用极长的白蟒鞭，如灵蛇出洞，伸缩自如，灵动之极。
●「手挥五弦」：
伸五指在对方手肘轻轻一拂，使对方手臂微酸，全身消劲。
●「大伏魔拳」：
为《九阴真经》拳法中一招的名字，这拳法刚阳之气更重，与道家武学的一味阴柔并不相同，稳实刚猛之气，招数神妙无方，拳力笼罩之下，委实威不可当。（《神雕侠侣》中，周伯通以大伏魔拳与杨过的「黯然销魂掌」对拆）
●「摧坚神爪」：
威力奇大，先凝神运气，以十指撕抓拉击；下卷经文中内容提到：「五指发劲，无坚不破，摧敌首脑，如穿腐土。」，「摧敌首脑」是攻敌要害之意，飘忽灵动，变幻无方，但举手抬足之间却是正而不邪，态拟神仙。
总纲
天之道，损有余而补不足，是故虚胜实，不足胜有余。其意博，其理奥，其趣深，天地之象分，阴阳之候列，变化之由表，死生之兆彰，不谋而遗迹自同，勿约而幽明斯契，稽其言有微，验之事不忒，诚可谓至道之宗，奉生之始矣。假若天机迅发，妙识玄通，成谋虽属乎生知，标格亦资于治训，未尝有行不由送，出不由产者亦。然刻意研精，探微索隐，或识契真要，则目牛无全，故动则有成，犹鬼神幽赞，而命世奇杰，时时间出焉。
五藏六府之精气，皆上注于目而为之精。精之案为眼，骨之精为瞳子，筋之精为黑眼，血之精力络，其案气之精为白眼，肌肉之精为约束，裹撷筋骨血气之精而与脉并为系，上属于脑，后出于项中。故邪中于项，因逢其身之虚，其人深，则随眼系以入于脑，入手腼则脑转，脑转则引目系急，目系急则目眩以转矣。邪其精，其精所中不相比亦则精散，精散则视岐，视岐见两物。
阴极在六，何以言九。太极生两仪，天地初刨判。六阴已极，逢七归元太素，太素西方金德，阴之清纯，寒之渊源。
内功心法
第一重诀曰：子午卯酉四正时，归气丹田掌前推。面北背南朝天盘，意随两掌行当中。意注丹田一阳动，左右回收对两穴。拜佛合什当胸作，真气旋转贯其中。气行任督小周天，温养丹田一柱香。快慢合乎三十六，九阴神功第一重。每日子、午、卯、酉四正时，找一阴气重的地方，最好为四高中低。面北而坐，五心朝天，静心绝虑，意守丹田，到一阳初动之时，双手在胸前合什，指尖朝前。引丹田之气沿督脉上行，任脉下归丹田。如此待小周天三十六圈。由慢至快。气归丹田后，双掌前推，掌心向前，掌指朝天，气行两掌。双掌指下垂，掌指朝下，掌心朝下，迅速收回，左手掌心对准气海穴，右手掌心对准命门穴，真气随手式成螺旋状贯入气海、命门两穴。汇于丹田内。如此意守下丹田一柱香的时间。待此功练有一定功力，能收发自如，有抗寒之功时可修第二重。
第二重诀曰：极寒午时正，独坐寒冰床。**面朝北，气行小周天。五心朝天式，打开丹田门。寒气螺旋入，收发当自如。合和汇丹田，落雪雪不化。缩如一寒珠，雪落无化雪。扩为雾环身，九阴第二重。每日午时，找一极寒之地，面北背南，五心朝天，坐于寒冰床上（一种玉、一年四季都如寒冰一样）。今人练习可在冰或雪上练习，静心绝虑，启动周天三十六圈，意守丹田片刻，打开气海、命门两穴，分别成螺旋状入寒气，吸一柱香的时间后，关闭以上两穴，丹田内有一寒球再不停的旋转，越转越大，至到隔体三丈远，收回。如此反复八十一次，练到雪花落体而不化，放气时雪花距体三尺不落为功成。
第三重诀曰：法如第二重，阴阳互相克。意在修罡气，热火不侵法。阳中求真阴，九阴第三重。每日子时，找一极热之地，坐于火鼎之上（今人练习坐在铁板上，下面加火，应慢慢加热，以不能忍耐为度）。面北背南，五心朝天，静心绝虑，起动丹田寒气防止热气侵入，其方法就是第二重所练寒气用以抗热量。此乃“真阳中求真阴”。
第四重诀曰：法如第三重，阴合阴为生。同为修罡气，静流极之法。以阴练真阴，九阴第四重。不拘时间，找一静止不动的水池，五心朝天，坐于湖底，静心绝虑，水位不过脖子，运行丹田真气用以抗水之压力，其方法与第三重相同，待体入水，而衣不湿为成。然后找有流动河水中练，急流下练，而衣不湿为成。到此《九阴神功》成。如用掌把真气放出击人，就是催心掌。
第五重采气诀曰：采气不在气，口闭双目开。玄机在于目，神气乾鼎聚。此法为增进内力之法，用以目吸聚宇宙内的精气，主要是修炼双眼，使双眼在对敌时能求察分明，并有摄取敌人神魂之效。每日太阳将出之际，站于高处，双眼平视太阳，带双眼发热时，意念太阳之气由双目吸入汇于上丹田，吸汇到一定程度自天目穴射出，在由双眼收回，如此反复。
横空挪移
螺旋九影，左右挪移，其聊不为，以气行之，可幻化九影诱敌。如加九阴白骨爪其威力可增十倍。如何横空挪移可据个况自定，今公之二法以参考。 诀曰：左转一，左转半。右转一，右转半。左右转一为不一，横空旋较为太一。诀曰：左旋右旋天地旋，左踏右空平地旋。合手阴阳为上旋，右踏左空旋不为。虽为身法，实含玄理。须参照“九阴行功诀曰”进行，以防走火。习此功主要为子、午两时，其它时间亦可。必须选一处绝对安静，空气必须流畅。此功中的呼吸均为鼻吸鼻呼。习此功贵在持之以恒。功中会出现各种幻境，千万不可惧怕，顺其自然。练功中出现自然腾空，应顺其自然，千万不可妄加意念。
鬼狱阴风
此功属音波功，以音伤人，以音索魂，亦可以音布罡气，其威力无比，其音如地狱鬼吼，阴风阵阵，使人不攻自退，不寒而栗。
第一重：面北而坐，取五心朝天式，上身正直，虚灵顶劲，舌抵上腭，下颌微收，双目平视。双手于下丹田处成托式，即掌心向上，掌指相对，意守丹田一柱香，引真气自督脉、任脉行到中丹田，并在此汇聚成乒乓球大小的真气球，其色赤。口中默念，意念中丹田之真气化为波圈，若水纹之状。碰肤弹回，须反复重阳之数。
第二重：意大波圈，自内向外旋为散，自外向内旋为聚，散聚合适为阴阳平衡，阴阳平衡，万物之本。渐如虚空，与宇共振，法同上。
第三重：自然站立，双脚与肩同宽，双手自然放于两腿外侧，百会上顶，舌放平，双目平视，调整呼吸，意守丹田一柱香的时间，然后点头，吸气、收腹，口发鬼怪连音，同时意引丹田真气随声音向外扩散；抬头、呼气、口闭，意收回，真气归中丹田，如此反复。一点一抬，一上一下，上下起到，喉轮自开，开通喉轮魔音自现。
第四重：无相音罡，即音罡无形。其秒音无穷，可防敌护体，亦可以音控他人或给他人治病。其练法很简单，只需把“九阴神功”的“先天真气”与“鬼狱阴风吼”之音合二为一就可，具体练习方法可参照以上两法自悟，此不详述。
九阴白骨爪/九阴神爪
爪力无比，鬼气回荡，不攻自惧。其爪可使头骨成孔而不碎，爪心有强大的吸力可隔空取物或吸取他人功力，爪指有强大的透劲可隔空伤人。一收一放，一开一合，合乎武学大道之理。
第一重金丝手诀曰：面北背南朝天坐，气行任督贯大椎。意聚丹田一柱香，分支左右聚掌心。打开气海命门穴，气满冲贯十指爪。旋入阴气一坤炉，放收来回金丝手。凡习九阴白骨爪需先习九阴神功百日，于极阴之地，谷地为佳。面北背南，五心朝天坐于低处。双手放于膝上，手心朝下，意守丹田。开气海、命门，旋转吸入阴气汇于丹田。气顺任、督两脉上行汇于大椎穴，于右肩井穴入掌心，气满鼓支，掌起平胸。五指下垂，气贯入指，十指内扣、回拉，手丝为一。回气丹田，温养柱香。
第二重摄魂诀曰：打开丹田前后门，三昧磷火化无形。吸进鬼狱阴鬼精，阴功在此更为进。此法是一种极秘之法，可开通人的死生之谜，吸取鬼魂之气，同时亦可用此法吸他人功力元神。找一坟场，在半夜无人之时，面北背南，五心朝天，左掌心向上，大拇指扣小指其它三指伸直。左手立于胸前，掌心朝左，大拇指、中、无名、小指内扣，食指伸直，口念咒“探地达摩，无相无上，摄阴摄魂，无畏无惧，阴阳合和，人鬼交战，吗咪呗咪‘口奄’”三十六遍，一遍过于一遍，到最后一遍，只需“吗咪呗咪‘口奄’”。然后双手抬到头上方，合掌， 尖朝天，打开气海、命门两穴，从两穴内射出阴气，成螺旋型由小到大，如龙卷风一样把野魂卷入两穴汇于丹田，练习一柱香的时间后，开始炼熔。双掌放于膝上，掌心朝上，意守丹田中的无数阴魂被丹田阴气形成环状，封闭在内不能出来。意念丹田封魂球开始旋转，同时意念坟场突然起了无数磷火，用同样方法把磷火吸入丹田封魂球外圈，燃烧炼熔阴魂，由慢到快不停旋转，火由小到大，直到化尽为止。收功，温养丹田一柱香。如果用来吸取他人功力或元神其方法于上面同理。
第三重白骨练爪诀曰：白骨头上悬，幻化为二骨。悬九穴，左右手中擒。合和为阴珠，吸阴吸精鬼。齐汇坤炉内，回返丹炉内。面北背南，五心朝天，坐 坟场中，意守丹田片刻，意守自身前后有九座坟，突然裂开飞出九个头骨，这时意念打开气海、命门两穴，射出旋转真气由小到大，把九个头骨给悬起来，位于本人头顶上方左右，缓慢旋转。从每一个头骨的两眼射出一条红气线，分别射入百会、玉枕、膻中，左右肩井穴，灵台、气海、命门九大穴道中，并且在每个穴道中渐渐汇聚成一个球，然后这九个红球同时从任督两脉汇于丹田，意守丹田使之气化合。然后运气两掌贯足真气，由于反向力，双掌抬起平胸，在贯入十指，十指突然变爪，这时意念那九个头骨互相幻化，变为两个头骨于胸前方。掌心外突把两个头骨吸入掌中，随后十指内扣抓住头骨，放出真气把头骨抓成十个小孔，然后吸回真气，同时吸取头骨内的真气归于丹田。收功，温养丹田一柱香。至头骨隔空袭来抓成孔而骨不碎，九阴白骨爪成矣。练之此境界需配合外功练习即第四重。
第四重外功诀曰：气至丹田贯十指，倒行古树狸猫功。抓石打铁练指力，内外合修白骨功。平常把内气贯于十指用以隔空取物，在以十指抓，练硬物，所用之物应由轻到重，由近到远。在者可以倒立于树旁，双脚依树，然后用十指抓树缓缓上行，以练指力。此重应与第三重同练。
第五重练到第四重此功已成，此第五重为加深功夫，其阴毒程度更甚。用古时棺材、蝙蝠血、砒霜三种物体加水加热后，用以漫手，再练内外功，这样手上有剧毒，以此手伤人无救。
螺旋九影
《螺旋九影》为武林上乘轻功，集身法、步法、罡气于一体。可平地拔起数丈，亦可平空飞行万里，身体周围有一层自然罡气，可攻击外敌。练之上乘可幻化出九个身影，于佛门无上神功“莲台九现”有相同的功效。
第一重：室外练功，不准迎风，松去身体裹缠之物，活动一下全身关节，用意念放松全身筋、骨、肉、皮等。然后面北取五心朝天或盘坐，上身正直，虚灵顶劲，舌抵上腭，下微收，双目平视，双手掌心朝上，掌指相对，捧放于丹田处，意守丹田一柱香，接着双手轻轻向上捧，沿任脉路线至膻中穴处，双手变为捧莲花状即双手心相对，掌根相抵，掌指朝上，双手十指自然张开，接着上捧至头顶，同时缓慢吸气，意念随上捧之势，将大地之阴气由会阴穴成螺旋状吸入，经中脉上升以头顶百会穴成螺旋状射出；然后双手变掌心向下，并向下压到丹田处，同时呼气，意念随双手下压之势，将天上之云气螺旋状吸入百会穴，经中脉由会阴穴成螺旋状射出，如此反复。
第二重：第一式：面北而坐，功接上重，五心朝天，上身正直，虚灵顶劲，舌抵上腭，下颌微收，双目平视。双手轻轻提起，掌心朝下，掌指相对放于中脘穴处，双手中指间距离约为一掌宽，双肩下沉，双肘下坠，双臂要“圆鼓”。意念会阴穴射出螺旋状阴气把身体旋入地下，至到地极处。突然螺旋阴气收回，身体如弹簧一样被弹回地面。第二式：要领同。轻抬双手，掌心朝上，掌指相对，高举至头上方，双臂微曲，似曲非曲，似直非直，意念百会穴射出螺旋状阴气，如飞机之螺旋桨，把人身托起，飞到九重天方为极限。此时人体在天空飘浮，突然阴气收回，人从天空掉回地面。
第三重：在第二重第一式的基础上打开气海穴，命门穴射出螺旋状真气，环绕身体自左到右，意念身体随螺旋真气之力上升，或平空飞行。同时在练功中加入有外敌入侵，不能入或击伤之意，可同时练习环身罡气。
第四重：此为加深功夫，即在水中练习以上各功，要领同上。
