广西南宁市第三中学前身可追溯到1897年维新人士余镜清创办的“乌龙寺讲堂”，迄今已有120年历史，学校办学历史悠久，横跨三个世纪，两个甲子，见证了中国近现代及当代教育史。在坎坷漫长的办学历程中，曾九易校名，更因战乱辗转多地办学，薪火相传，文脉绵远，从未中断。学校秉承“保国爱生”的教育传统，曾先后提出“敦品力学”“明耻教战”“勤奋学习，立志报国”等激励人心的校训，最终形成“真·爱”教育的独特办学思想及“德育为先，文理并重，崇尚一流”的鲜明办学特色。
学校师资力量雄厚，名师辈出，拥有黄河清、杨泰金、李晓翎、韦屏山等一批在全国全区有较大影响的教育教学专家。目前全校教师636人（加上教辅人员共有830人），有正高级教师1人，高级教师 127人，享受国务院特殊津贴 2人，国家级骨干教师培养对象12人，广西21世纪园丁工程A类培养对象22人，全国优秀教师3人，南宁市教坛明星8人，学科带头人60人，教学骨干185人，在国家、自治区及南宁市各类优质课比赛中获奖者不计其数。
校训
“敦品力学”
敦”即厚道、诚恳。敦品，即砥砺品德。力，奋勉、致力的意思。力学，即发奋、尽力、竭力地学习。“敦品力学”即培养自身道德修养，致力发奋学习。
校歌
现校歌
青山脚下 书声朗朗，
南湖之畔 桃李芬芳，
敬爱的老师 亲密的同窗，
美丽的校园 难忘的地方。
立志勤奋，从严求实，
优良的校风，牢记在我们心上。
三种校园 沐浴着阳光，
课堂内外 播种着希望，
理想的航船 扬帆远航，
祖国在召唤 重任挑肩上，
面向四化，面向未来，
我们要锻炼成为祖国的栋梁。
旧校歌
维我校友，星聚南邕。
阳明过化，郁郁葱葱。
含英咀华，正义是从。
如沐时雨，如坐春风。
教学相长，观摩从同。
譬彼新疍，箐茂匪穷。
晨熹融融，怒潮淙淙。
三千弱水，一苇之功。
1897年，维新人士余镜清创办南宁乌龙寺讲堂，校址位于南宁城内仓西门大街乌龙寺。
1906年，改称南宁府中学堂。
1911年，更名为南宁府中学校。
1913年，更名为南宁中学校。
1917年，南宁中学校更名为为广西省立第一中学（简称广西省一中）。
1928年，迁校至高庙坡（今南宁二中处）。
1929年，省一中高中部迁址北帝庙省三师旧址，省立三师六个班拨入一中高中部，故高中部普通科班和师范科班之分。
1926年，省一中增设女子部，校址在南宁北门内原王文成公讲学处。
1927年，女子部与省一中分离，改名为广西省立第三女子师范学校。
1930年，改名为广西省立女子第三中学校。
1931年，省一中高初中正式分校。
1934年，高中部更名为广西省立南宁高级中学校，初中部更名为广西省立南宁初级中学校，邕宁县中并入省立南初。同年，广西省立第三师范学校改名为广西省立南宁女子中学校。
1939年11月，日本第一次侵占南宁前夕，南宁高中师生疏散至广西隆安县古潭乡马村。
1940年，疏散到广西镇结县（今天等县）结安乡，最后疏散到田阳区那坡上课。
1940年10月，南宁高中迁回南宁，校址在广西省政府原址（今广西军区大院处）。
1944年，南宁初中增设高中部，改名为广西省立南宁中学校，简称南宁中学。
1944年11月，日本第二次侵略南宁前夕，南宁高中、南宁中学、南宁女中三校疏散到广西隆安县。
1945年，三校于在镇结（今天等县）合并为广西省立第一联合中学。
1945年，省一联中迁回南宁。
1946年上学期，省一联中解体，重分为三校。高中部为广西省立南宁高级中学，校址高庙坡。初中部为省立南宁初级中学，开设高中班，后更名为邕宁中学，之后又改名邕宁县第一中学。初中女生组成省立南宁女子师范学校。
1950年2月，南宁高中、邕宁一中、南宁女师合并为广西省南宁中学，校址在高庙坡。方管李耿分别担任正副校长。
1953年上学期，广西省南宁中学改名为广西省南宁高级中学，南高中停招初中生一年。
1954年，南宁高中迁校到琅边村。
1955年2月7日，南宁高中更名为广西省南宁第三中学。
1960年，三中迎来两个班100多人的印尼华侨学生，后来又迎来了9位华侨教师。
1966年5月至1976年10月，中国经历了“文化大革命”十年动乱，学校被打成“修正主义的黑样板”，教学秩序被打乱，革委会成为学校的领导机构。学制缩短，中学实行“二二”学制、“三二”学制，免试招生，开卷考试，开门办学，等等直到打倒四人帮，党中央拨乱反正，学校工作才走上正轨。
1978年，南宁三中恢复成为自治区重点高中。
1981年，南宁三中被区教育局确定为自治区首先办好的重点中学。
1992年，南宁三中校被《中国名校》一书列为中国名校的重点中学之一。
1993年开始，南宁三中确定了创办全区一流的示范性学校的战略目标。
1996年，南宁三中率先创办公有民办、名校办民办的三美学校；进行办学体制改革试点，推动了全区教育体制的改革。
2002年，学校被确立为广西首批示范性高中。
2005年9月，建成南宁三中平果分校（又名平果第三高级中学）。
2013年11月，南宁三中国际学校正式开工建设。
2014年6月30日，南宁三中五象校区正式开工建设。
