南方科技大学是深圳在中国高等教育改革发展的时代背景下创建的一所高起点、高定位的公办新型研究型大学。2022年2月14日，教育部等三部委公布第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单，南方科技大学及数学学科入选“双一流”建设高校及建设学科名单。学校借鉴世界一流理工科大学的学科设置和办学模式，以理、工、医为主，兼具商科和特色人文社科的学科体系，在本科、硕士、博士层次办学，在一系列新的学科方向上开展研究，使学校成为引领社会发展的思想库和新知识、新技术的源泉。
学校占地总面积198万平方米，规划总建筑面积为141.01万平方米，校园建设总建筑面积达85.92万平方米。校园二期基本建成，工学院、理学院、商学院、第三教学楼等一批新建筑投入使用。校园三期建设稳步推进，南科大医学院、附属医院已举行开工仪式。校园环境优美、交通便利，校园内九山一水，风景如画。建筑彰显“厚重、节能、实用、环保”理念，成为绿色建筑和生态校园的典范，立志于建立中国最美的大学校园之一。
学校着力建立有利于教育公平、创新人才选拔的多元录取机制和先进的全面教育体系。学校率先改革招生制度，采用“基于高考的综合评价录取模式”招收优秀学生。学校以“学分制、书院制、导师制”和“国际化、个性化、精英化”为核心和特色，大力培养拔尖创新人才。学校采用书院制管理，目前共设立致仁、树仁、致诚、树德、致新、树礼6个书院。
作为一所新创大学，学校根据国际化高水平研究型大学的办学定位和目标，面向国家和粤港澳大湾区战略新兴产业发展的重大需求，以理、工、医为主，兼具商科和特色人文社科的学科体系，快速建成本硕博人才培养体系。2018年，南科大入选博士学位授权单位及硕士学位授权单位，获批数学、物理学、化学、地球物理学、生物学、力学、材料科学与工程、电子科学与技术等15个硕士学位授权一级学科及工程硕士专业学位授权点，获批数学、物理学、化学、地球物理学、生物学、力学、材料科学与工程17个博士学位授权点。
2007年3月，在深圳市第四届人民代表大会第三次会议上，决定筹建南方科技大学。
2011年2月，南方科技大学正式开学，首届45名教改实验班的学生入校就读。
2013年7月，南方科技大学开始迁入新校区。
2018年11月，入选广东省新一轮高水平大学建设计划中的“高水平大学重点建设高校”。
2019年，南方科技大学与英国伦敦国王学院在伦敦签署合作协议，正式启动共同筹建联合医学院。
2020年，学校入选国家知识产权局、教育部“2020年度国家知识产权试点高校名单”。
2022年2月14日，教育部等三部委公布第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单，南方科技大学及数学学科入选“双一流”建设高校及建设学科名单。
2023年6月，南方科技大学与香港理工大学、深圳大学、华为云等28家机构单位发起成立前海颠覆性技术创新联盟。 同月，广东省首个“新基石科学实验室”在南科大揭牌。9月，学校入选第二批国家卓越工程师学院建设高校名单，获批成为国家工程硕博士培养改革专项建设高校。10月，南科大光明高等研究院正式揭牌。
2024年，南方科技大学新增会计学、工业工程专业、生物医学科学（中外合作办学）和生物医学工程（中外合作办学）。7月8日，南方科技大学光明高等研究院正式启用。10月，南科大中国式现代化深圳实践创新研究中心揭牌。11月16日，南方科技大学科幻创作工作室揭牌。11月，南方科技大学退役军人服务站揭牌仪式举行。12月5日，南方科技大学深圳新材料重大科技设施研究院揭牌。
数据截止至2024年12月，具体请以官网为准。
