1930年12月2日 出生于香港。
1949.09-1952.11 广州私立岭南大学农学院学习。
1952-1953年 在广州华南农学院学习。
1953.08 华南农学院农学系毕业。
1953-1962年 任华南农学院助教，讲师。
1955.08-1957.07 “全国作物遗传育种进修班”学习（教育部委托北京农业大学举办）。
1959.09 华南农学院农学系讲师。
1962-1965年 在北京中国农业科学院任丁颖院长秘书，科研助手。
1965-1983年 任华南农学院讲师，副教授，教授。
1978.08-1979.02 公派往菲律宾国际水稻研究所（IRRI）进修。
1978.11 华南农学院农学系副教授。
1979.03-1983.10 华南农学院农学系副主任。
1980.11-1982.05 公派以访问学者身份往美国戴维斯加利福尼亚大学(University of California, Davis)留学。
1983.05.31 华南农业大学教授。
1983-1995年 任华南农业大学校长。
1986.09.06 被批准为博士生导师（全国第3批）。1986年7月被批准为博士生导师。1993年11月当选为中国科学院院士。曾任第二、第三届国务院学位委员会委员，中国科学院第八届、第九届、第十届生物学部副主任。
1980年至1982年公派赴美国戴维斯加利福尼亚大学（University of California, Davis）留学。1983年5月晋升教授， 1983.11-1995.05 华南农业大学校长。
1993年11月当选为中国科学院院士。曾任第二、第三届国务院学位委员会委员，中国科学院第八届、第九届、第十届生物学部副主任
1983年11月至1995年5月任华南农业大学校长，现任华南农业大学教授。
1993年至今任中国科学院院士，生物学部副主任，国务院学位委员会委员，广东省科协副主席。
2017年，因罹患癌症，87岁的中科院院士卢永根自觉时日无多，与夫人徐雪宾商量，将毕生积蓄8809446元无偿捐献给华南农业大学，学校用这笔款设立了教育基金，用于奖励贫困学生与优秀青年教师。
70年代后，从事水稻遗传学的研究。根据矮生性遗传方式和等位关系，把我国现有主要籼稻矮源分为2类4群。对水稻的质核互作雄性不育性进行基因分析，发现它们的育性恢复基因是相同的Rf1和Rf2。Rf为不完全显性，有剂量效应。栽培稻的杂种不育性和亲和性最少由6个基因座的花粉不育基因控制，提出“特异亲和基因”的新概念。首次建立原产我国三个野生稻种的粗线期核型。
他长期从事水稻遗传研究。曾协助丁颖院士开展中国水稻品种的光温生态研究，主持总结该项工作并参加撰写《中国水稻品种的光温生态》专著（科学出版社，1978）。在水稻遗传资源、水稻半矮生性、雄性不育性、杂种不育性与亲和性等方面的遗传研究，取得了进展。
特别是他和他的助手张桂权教授提出水稻“特异亲和基因”的新学术观点以及应用“特异亲和基因”克服籼粳亚种间不育性的设想，被认为是对栽培稻杂种不育性和亲和性比较完整和系统的新认识，在理论上有所创新，对水稻育种实践具有指导意义。他迄今已出版专著2部（同别人合作），译著1部，在国内外发表科学论文150多篇。1997年荣获“南粤杰出教师”特等奖，2003年获广东省科学技术奖一等奖。
他迄今已出版专著2部（同别人合作），译著1部，在国内外发表科学论文90多篇。1997年他荣获“南粤杰出教师”特等奖，1998年获国家人事部和教育部授予“全国教育系统劳动模范和全国模范教师”称号。他以“科学无国界，科学家有祖国”的爱国情怀献身于农业教育和科研事业，为我国农业的教育和发展做出了贡献。
关于中国栽培稻种的起源及其与野生稻的亲缘关系，国内外众多学者做过广泛的探究，其中，丁颖1957年在他的《中国栽培稻种的起源及其演变》论文中认定：中国栽培稻种起源于华南，分布在华南的普通野稻（Oryza sativa spontanea Rosch.，以后改为Oryza perennis Moench=O.rufipogon Griff.）是栽培稻的祖先。
但是，这些研究多从历史学、植物形态学、植物地理学、人种学、考古学和语言学等方面来论证，还未应用细胞遗传学方法对稻种间的细胞核型进行分析比较，而后一做法更能从本质上说明问题。高等植物的每一个物种都有固定的染色体数目，每个染色体在大小、长短、形状、着丝点位置、随体和次缢痕有无等形态特征上各有自己的特点。按各染色体的特点进行系统排列、分组和编号，就构成了某个物种的核型。
每个物种的核型是稳定的，不仅各不相同，而且随着种属的演化核型也相应发生变化。因此，通过核型间异同的比较分析，就可以了解物种间的亲缘关系。核型分析，通常用根尖体细胞有丝分裂中期的染色体来进行。某些植物由于染色体较短小，在细胞有丝分裂期不易观察到每个染色体的特点，改用小孢子减数分裂粗线期较粗长的染色体进行核型分析，较易观察到染色体的着丝点、染色粒和核仁组成中心位置等的微细特征。这种利用粗线期染色体分析所建立的核型，称为粗线期核型。
卢永根在80年代对中国普通野稻、药用野稻（Oryza officinalis Wall.）和疣粒野稻（O.meyeriana Baiee.）进行粗线期核型的研究，并与栽培稻作了比较分析，第一次建立了中国三个野生稻种的粗线期核型。他认为，中国三个野生稻种的粗线期核型存在着差异，其中普通野稻与栽培稻在染色体长度变化范围、相同类型和编号的染色体数目、核仁组成中心的位置以及染色粒的分布方式等方面均表现出最大相似性。这一研究结果，从细胞遗传学的角度进一步印证了丁颖的论点，即普通野稻是中国栽培稻的近缘祖先。
水稻品种的矮化提高了产量和抗倒伏能力。矮秆品种问世以来，许多新的矮秆品种均为来自以矮仔占、低脚乌尖和矮脚南特等矮生性基因源（以下简称矮源）为亲本的杂交后代。
近十多年来，国内外都迫切要求扩大矮源的基因基础，以丰富其遗传背景。1976年至1978年间，卢永根对水稻矮生性的遗传传递规律进行了研究，他用矮脚南特等4个早籼稻矮源分别与高秆品种冷水麻杂交，通过对其杂种后代的遗传分析，研究矮源的基因型和遗传方式。
他认为，水稻品种的半矮生性属简单遗传，受一对隐性主基因控制，同时还存在一些修饰基因。矮秆品种与高秆品种杂交，其杂种一代（F1）的株高表现为不完全显性，F2的株高呈一大一小的双众数分布，高、矮秆型为3∶1分离，其分离幅度是越亲的。他指出，矮秆水稻品种并非越矮越好，半矮生性品种比较符合中国当前育种的要求。
他把中国现有的水稻矮秆品种划分为矮生性（在广州自然条件下一般株高在70厘米以下）和半矮生性（在广州自然条件下一般株高在75～100厘米）两个类型及四个群，其中半矮生性的遗传方式较简单，容易在其后代得到稳定。他还强调，理想的矮源不仅遗传组成应属于半矮生性，而且要具备优良经济性状和高的配合力。这些研究结果为有效利用现有水稻矮源和人工创造新矮源提供了依据。
植物雄性不育的遗传基础主要有两大类，一类为胞质、核基因互作雄性不育，简称胞质雄性不育；另一类为核基因控制的胞核雄性不育。杂交水稻就是采用胞质雄性不育系、雄性不育保持系和育性恢复系三系配套的方法，代替人工去雄杂交来生产大量杂交种子，利用杂种第一代的优势来提高产量。但是，生产上大量使用有限的少数几个不育胞质源以后，会使雄性不育系的遗传基础变得越来越狭窄，有导致遗传脆弱性的危险。这种情况，促使人们进一步研究和应用包括胞核雄性不育性在内的其他雄性不育机理。
1980至1982年，卢永根以访问学者身份在美国加利福尼亚大学开展了水稻诱导胞核雄性不育突变体的细胞学研究。他把11个水稻胞核雄性不育突变体划分为可染花粉败育型、部分花粉败育型、完全花粉败育型和无花粉型四类，进而在花粉母细胞减数分裂和小孢子发育期对这四类胞核雄性不育突变体进行细胞学观察，探讨它们的败育机理。
结果表明，明显的染色体畸变与胞核雄性不育性有着密切的关系。胞核雄性不育在花粉发育期间发生的细胞学异常性远比胞质雄性不育要深刻而广泛得多，在花粉母细胞减数分裂前后就观察到13种异常变化。
籼稻和粳稻亚种间杂种优势的利用，是水稻超高产育种的重要途径之一。但是，籼粳亚种间的杂种一代往往结实率很低，人们一直试图揭示这种杂种不育性的遗传基础，然而，众说纷纭，莫衷一是。
主要有两种不同的观点：一种观点认为，籼粳杂种不育性由多组不育基因控制，基因作用模式是重复配子致死；另一种观点认为，这种不育性主要由标记基因（色源基因）与糯性胚乳基因之间称为S5基因座的不育基因所控制，基因作用模式为单基因座孢子体—配子体互作。
持后一种论点者认为，在S5基因座上存在着一组复等位基因，是半不育的。80年代中期上述“广亲和基因”理论提出后，人们对它提出了不少的疑点，例如，标记基因与花粉育性不存在连锁关系，只是雌性不育基因座，难以解释水稻籼粳杂种不育性的诸多复杂情况以及籼稻品种间和粳稻品种间杂种所出现的不育现象。
1.卢永根.关于我国栽培稻种的起源和演变问题.生物学通报.1965(5)：1-3
2.卢永根.栽培植物的起源和农作物品种资源.植物学杂志.1975，2（3）：24-26
3.卢永根.水稻初级三体及其在遗传研究上的应用，华南农学院学报. 1980，1（2）：47-58.
4.卢永根、J. Neil Rutger.水稻（Oryza sativa L.）诱导胞核雄性不育突变体的细胞学观察，中国科学（B辑）. 1984，4：322-327.
5. Lu, Y. G. & J. N. Rutger. Anther and pollen characteristics of induced genetic male sterile mutants in rice（Oryza sativa L.）,Env Exp Bot.1984，24(3):209-218.
6.卢永根、万常炤、张桂权.我国三个野生稻种粗线期核型的研究，中国水稻科学. 1990，4（3）：97-105.
7.严小龙、卢永根.普通菜豆的起源、进化和遗传资源，华南农业大学学报. 1994，15（4）：110-115
8.冯九焕、卢永根．荧光原位杂交在作物遗传育种研究中的应用，华南农业大学学报．1997，18（2）：111-116.
9.卢永根、张桂权.水稻特异亲和基因的研究和利用.《现代农业发展的战略与对策》.暨南大学出版社.1997.
10.刘向东、卢永根、徐雪宾、徐是雄，1997．多胚水稻品系APⅣ不同类型胚囊的受精及其胚胎形成，植物学报.1997，39（3）：214-217.
11.刘向东、卢永根.水稻胚囊壁的形成与发育观察.植物学报. 1997，39（11）：985-990.
12. Lu, Y.G., Liu, X.D. Studies on a mutant associated with egg number in rice. Eigheenth InternationalCongress of Genetics.1998
13. Liu, X. D. and Lu, Y. G. Effect of 2,4-D on microtubule reorientation in rice root tips, Acta Botanica Sinica. 2000,42(4): 367-372.
14.卢永根、骆世明.中国农业发展的生态合理化方向，世界科技研究与发展. 1999，21（2）：1-4.
15. Feng, J.F., Lu, Y. G. and Liu, X.D. Cytological mechanism of pollen abortion in photoperiod-temperature sensitive genetic male sterile Peiai 64 S in rice (Oryza sativa L. ), Chinese J.Rice Sci. 2000, 14(1): 7-14.
16. Xu, S. X. (S.Y. Zee), Liu, X.D., Zhu, H.L.& Lu, Y. G. Further studies on microtubule organizational changes during megagametogenesis in rice embryo sac，Acta Botanica Sinica. 2001，43(9)：910-917.
17.冯九焕、卢永根、刘向东.水稻花粉发育过程及其分期.中国水稻科学.2001.
18.卢永根,冯九焕,刘向东.水稻（Oryza sativa L.）花粉及花药壁发育的超微结构研究.中国水稻科学.2002，16（1）：29-37.
19.姚焱、卢永根*、刘向东、冯九焕、张桂权. SSR标记鉴定栽培稻杂种F1花粉愈伤组织基因型的偏态分离，中国农业科学. 2003，36(12): 1427-1431.
20.张志胜、卢永根*、冯九焕、刘向东、张桂权.水稻台中65与其花粉不育近等基因系的杂种F1裂药性研究，热带亚热带植物学报. 2004，12(6): 521-527.
21.李金泉、卢永根*、冯九焕、赵杏娟、刘向东.亚洲栽培稻与AA染色体组稻种的可交配性及F1杂种育性分析，植物遗传资源学报. 2007，8(1):1-6.
22.傅雪琳、卢永根*、刘向东、李金泉、赵杏娟.亚洲栽培稻与普通野生稻种间杂种花粉和胚囊败育研究，植物遗传资源学报. 2008，9（3）：362-366.
23.李金泉、杨秀青、卢永根*.水稻中山一号及其衍生品种选育和推广的回顾与启示，植物遗传资源学报. 2009，10（2）：317-323.
24.史磊刚、刘向东、刘博、赵杏娟、王兰、李金泉*、卢永根*.从普通野生稻中鉴定栽培稻F1花粉不育座位Sb的中性基因，科学通报. 2009，54（19）：2967-2974.
25.杨有新、吴锦文、陈志雄、王兰、郭海滨、李金泉、刘向东*、卢永根*.基于功能性标记和测序发掘携带Sn5基因的水稻新种质，科学通报. 2009，54（15）：2212-2218.
1997年他荣获“南粤杰出教师”特等奖
1998年获国家人事部和教育部授予“全国教育系统劳动模范和全国模范教师”称号。
2003年获广东省科学技术奖一等奖和三等奖各1项
他以“科学无国界，科学家有祖国”的爱国情怀献身于农业教育和科研事业，为我国农业的教育和发展做出了贡献。
2018年3月1日，获“感动中国2017年度人物”。
种得桃李满天下，心唯大我育青禾。是春风，是春蚕，更化作护花的春泥。热爱祖国，你要把自己燃烧。稻谷有根，深扎在泥土，你也有根，扎根在人们心里。（感动中国组委会）
