维管束植物有54科107属134种，其中红树植物有5科7属10种。植被类型有红树林、滨海盐沼、滨海沙生植被3个植被型，秋茄林、秋茄 桐花树林、芦苇盐沼、短叶茳芏盐沼、互花米草盐沼、苦郎树群落、鸡矢藤群落等7个群系。分布面积广大的红树植物是主要植物资源。
野生脊椎动物有21目54科212种，其中兽类3目3科6种、鸟类16目40科181种、爬行类1目6 科17种、两栖类1目5科8种。列入国家重点保护的野生动物有卷羽鹈鹕、褐鲣鸟、海鸬鹚、黄嘴白鹭、黑脸琵鹭、黑翅鸢、普通鵟、鹗、小杓鹬、小青脚鹬、褐翅鸦鹃、草鸮等29种。其中属中日两国政府协定保护候鸟有96种，中澳两国政府协定保护候鸟有52种。此外，保护区还有众多的水生生物资源，包括潮间带生物231种、浮游植物93种、浮游动物60种、鱼类129种、甲壳类36种。
该区位于福建省东南部的九龙江入海口，位于东经117°51′——118°00′，北纬24°20′—24°29′。保护区范围包括了浮宫镇的海山村、霞威村、埔里村、田头村、霞郭村；东园镇的秋租村、田厝村、凤鸣村；海澄镇的埭新村、玉枕村、大成农场；紫泥镇的甘文农场、军垦农场；角美镇的桥头村、金山村、白礁村，分布在龙海市的5个乡镇的13个行政村，2个镇办农场和一个军垦农场。
保护区属南亚热带海洋性季风气候，暖热湿润，雨量充沛，干、湿季分明，多年平均气温21.1℃，无霜期328天，年日照时数为2223.82小时，年均有雾日数14天，年降水量1371.9毫升，降水多在4～9月。年平均4次台风。
九龙江河口湿地是九龙江流域多年沉积形成的大片滩涂，区内土壤主要是滨海盐土。九龙江是北溪和西溪两个河系的共称。九龙江河口上段分为北港、中港和南港。下段是咸水区域，盐度相对比较高，保护区的甘文位于北港和中港汇流处，大涂洲位于南港出口与海门岛之间，浮宫片位于南港与南溪汇流处，三片都属于海水和淡水交汇区域。九龙江河口属径流与潮流相互作用的强潮海区。九龙江河口湾泥沙主要来源于河流输沙和潮流输沙，年平均输沙量为246.1万吨。由于大量泥沙入海，九龙江滩涂面积平均每年增加1.8k平方千米。
1988年经福建省人民政府批准为省级自然保护区。
2001年经龙海市编办批准，保护区名称变更为龙海九龙江口红树林省级自然保护区管理处。
2006年12月综合考虑红树林资源保护与地方经济发展的现实需要，经省政府批准，保护区进行了范围调整，并重新确定界限和功能区划分，保护区面积扩大到420.2公顷，由甘文片、大涂洲片和浮宫片三个部分组成。
保护区独特的地理位置和丰富的生物多样性，长期以来受到了厦门大学、国家海洋三所等有关高等院校、科研机构和专家学者的关注，开展了多方面的科学考察与交流活动，取得许多研究成果。截至2011年，共接待前来考察、研究、教学实习的专家、学者、大中专学生及青少年夏令营近5000人次，并成为厦门大学重要的教学基地，发挥了自然保护区作为科研、科教培训和科普基地的功能和作用。
