并将其命名为伊斯特尔河。后来多瑙河是浩浩无垠的罗马帝国的北部边境，被称作多瑙韦斯河。
有一支罗马船队巡视其水域；沿岸碉堡是居民中心，其中有文多博
纳（Vindobona，后来的维也纳）、阿昆库姆（Aquincum，后来的布达佩斯）、辛吉杜努姆（Singidunum，后来的贝尔格勒）和塞克桑塔普里斯塔（Sexantaprista，后来的鲁塞）。
在174年的多瑙河冰封之战中，罗马军队在冰面上重创了属于萨尔马特人的伊阿基格斯人。
古要塞继续发挥著重要作用，诸如9世纪查理曼所建的韦尔芬斯泰因之类的新城堡也建立起来。1740-1780年匈牙利和波希米亚女王玛丽亚·特蕾西亚曾设置一专职部门监督航运。
1921和1923年奥地利、德国、前南斯拉夫、保加利亚、罗马尼亚、英国、意大利、比利时、捷克斯洛伐克、匈牙利和希腊最后批准了《多瑙河章程》。它管理从乌尔姆到黑海的航运并负责保管维修航运设备。
签订一部公约，规定仅多瑙河沿岸国家才有权参加重建的多瑙河委员会。
多瑙河可分为三部分。上游自河源至奥地利阿尔卑斯山脉和西喀尔巴阡山脉之间、称为“匈牙利门”的峡谷。
中游自匈牙利门至南罗马尼亚喀尔巴阡山脉的铁门峡。下游自铁门至黑海的三角形河口湾。
从河源到“匈牙利门”（西喀尔巴阡山脉和奥地利阿尔卑斯山脉之间的峡谷）为上游，长约966千米。
它的源头有布列盖河与布里加哈河两条小河，从茂密森林中跌岩而出，沿巴伐利亚高原北部，经阿尔卑斯山脉和捷克高原之间的丘陵地带流入维也纳盆地。
上游流经崎岖的山区，河道狭窄，河谷幽深，两岸多峭壁，水中多急流险滩，是一段典型的山地河流。
上游的支流有因河、累赫河、伊扎尔河等，河水主要依靠山地冰川和积雪补给，冬季水位最低，暮春盛夏冰融雪化，水量迅速增加，一般6-7月份达到最高峰。
上游水位涨落幅度较大，例如，乌尔姆附近的平均枯水期流量仅有40m³/s，而洪水期流量平均竟达480立方米/秒以上。
从“匈牙利门”到铁门为中游，长约914千米。
它流经多瑙河中游平原，河谷较宽，河道曲折，有许多河汊和牛轭湖点缀其间，接纳了德拉瓦河、蒂萨河、萨瓦河和摩拉瓦河等支流，水量猛增1.5倍。
中游地区河段最大流量出现在春末夏初，而夏末秋初水位下降。
随后，多瑙河切穿喀尔巴阡山脉形成壮丽险峻的卡特拉克塔峡谷。
卡特拉克塔峡谷从西端的腊姆到东端的克拉多伏，包括卡桑峡、铁门峡等一系列峡谷，全长144千米，首尾水位差近30米。
峡谷内多瑙河最窄处约100米，仅及入峡前河宽的1/6，而深度则由平均4米增至50米。陡崖壁立，水争一门，河水滚滚，奔腾咆哮，成为多瑙河著名天险，并蕴藏着巨大的水力资源。
在多瑙河中游斯洛伐克境内这一段，由于地势低洼而形成内陆三角洲，河道宽而浅，有些地段涉水可过，一年只能通航5个月。
而在汛期，河水又会左奔右突，给两岸居民的生命财产造成严重威胁。
为此捷克斯洛伐克和匈牙利于1992年建成了加布奇科沃水利工程，这项在多瑙河上进行的大型水利工程被称为“第三个年工程”。
这一水利工程竣工3年多，在防洪、发电、航运、供水、灌溉等诸方面发挥了显著效益，并使其成为旅游热点。
多瑙河中游平原，是匈牙利和塞尔维亚两国重要的农业区，素有“谷仓”之称。多瑙河中游流经地区，都是各国的经济中心，其重要城市有布拉迪斯拉发、布达佩斯和贝尔格莱德等。
铁门以下至入海口为下游。这里流经多瑙河下游平原，河谷宽阔，水流平稳，接近河口时宽度扩展到15-20千米，有的地段可达28千米之多。
右边，高陡的河岸之上伸展著保加利亚的多瑙平原台地。
左岸为低矮的罗马尼亚平原，在平原与多瑙河干流之间隔著一条布满湖泊和沼泽的狭长地带。
在这一段，支流较小，对多瑙河的总流量仅增加微弱。支流有奥尔特河、锡雷特河和普鲁特河。
此处河道又有许多岛屿形成障碍。就在切尔纳沃德南边，多瑙河向北流至加拉茨，又突然折向东流。多瑙河流到土耳恰城附近分成基利亚河、苏利纳河、格奥尔基也夫三条支流，冲积成面积约4300平方千米的扇形三角洲。
仅岔流苏利纳河已疏浚、拉直，可以通航。在三股岔流之间有一些横七竖八、狭窄的长方形台地。
多数台地宜种植并已被开垦，有些还长满高大的栎树林。
生长在浅水滩中的大量芦苇，可用以造纸和制造纺织纤维。三角洲占地约4200km²，它的形成年代比较晚。
约在6500年以前，三角洲还是黑海岸旁小小的浅水湾，后逐渐被河中淤泥填满；三角洲仍在按每年24-30米的速度向海延伸。
多瑙河三角洲，还是“鸟类的天堂”。这里是欧、亚、非三大洲来自五条道路候鸟的会合地，也是欧洲飞禽和水鸟最多的地方。
这里经常聚集着300多种鸟类。各路鸟群在此聚会，形成热闹非凡而又繁华壮丽的景象。三角洲上，由于有奇特的地理现象——浮岛，有名目繁多的植物，有鱼类、鸟类多种动物，所以，科学家们又称它为“欧洲最大的地质、生物实验室”。
多瑙河河网密布，支流众多，有大小支流300多条，其中长度在20千米以上的有192条，有34条支流可以通航。上游右岸主要支流有伊勒河、莱希河、伊萨尔河、因河、特劳思河、恩斯河等；左岸主要支流：纳布河、雷根河；中游主要支流右岸有德拉瓦河、萨瓦河、大摩拉瓦河，左岸有摩拉瓦河、瓦赫河、赫龙河、蒂萨河等。下游主要支流有左岸的奥尔特河、锡雷特河、普鲁特河等。见多瑙河流域水系示意图。
普鲁特河发源于乌克兰南部科罗梅业西南大约50千米处，河流向东南方向沿罗马尼亚与摩尔多瓦边界流动，最后在罗马尼亚的加拉茨附近汇人多瑙河。河流全长950千米，流域面积2.7万平方千米，多年平均流量70m³/s。
锡雷特河发源于乌克兰南部切尔诺夫策西南50千米处附近，河流由北向东南方向流，在罗马尼亚加拉茨附近汇人多瑙河。河流全长710千米，流域面积4.8万平方千米，多年平均流量400m³/s。
奥尔特河发源于罗马尼亚的哈尔吉塔县东北部，河流由北向南流，在图尔努——默古雷莱附近汇人多瑙河。河流全长740千米，流域面积2.4万平方千米，多年平均流量160m³/s。
大摩拉瓦河发源于塞尔维亚科索沃省与马其顿交界处，河流由南向西北流，在斯梅代雷沃附近注入多瑙河。河流全长540千米，流域面积3.7万平方千米，多年平均流量232m³/s。
萨瓦河发源于意大利、奥地利和斯洛文尼亚三国交界处，河流向东南，流经斯洛文尼亚、克罗地亚、波斯尼亚和黑塞哥维那，南斯拉夫等国，在贝尔格莱德附近泾人多瑙河。河流全长940千米，流域面积约9.6万平方千米，多年平均流量1772m³/s，其最大支流为德里纳河，河流全长346千米，流域面积1.97km²，多年平均流量371m³/s。
蒂萨河发源于乌克兰与罗马尼亚交界处的东喀尔巴阡山，流经乌克兰、罗马尼亚、斯洛伐克、匈牙利、南斯拉夫等国。问流全长992千米，流域面积约15.7万平方千米。左岸穆列什河是主要立流。
德拉瓦河发源于意大利，北部意奥边境附近，河流向东南方向流，先后流经奥地利、斯洛文尼亚、匈牙利和克罗地亚等国，最后在克罗地亚的奥西耶克以东20千米处汇入多瑙河。问流全长749千米，流域面积约4.02万平方千米。多年平均流量653m³/s。
瓦赫河发源于斯洛伐克与波兰交界之处的巴比亚山附近，河流由北向西南方向流，在科马诺附近汇人多瑙河。河流全长367千米，总落差556米，流域面积1.16万平方千米，多年平均径流量49亿立方米。
多瑙河流域位于中欧东南部，三面环山。西部有黑林山，南部由西至东有阿尔卑斯山、韦莱比特山、迪纳拉山、老山以及巴尔干山；北部自西至东有捷克林山、舒马瓦山、苏台德山和喀尔巴阡山。东面临黑海。
河源处有两条河，即布雷格河和布里加赫河，均发源于德国黑林山的东坡，海拔高程分别为1010米和1125米。过两河的汇合点多瑙厄申根后，多瑙河流向东北。从乌尔姆至帕绍，多瑙河芽过巴伐利亚高原北侧，其间在因戈尔施塔特至雷根斯堡河段，多瑙河横切施瓦本—弗兰克山，河谷狭深。
河道过雷根斯堡后转向东南流，从帕绍至奥地利的林茨，穿越阿尔卑斯山脉北坡与捷克高原之间的丘陵地带，形成典型的山地河流，河谷变窄，滩多流急。过林茨后，河道改向东流，进入维也纳盆地，多瑙河从斯洛伐克布拉迪斯拉发附近的匈牙利门峡流出后，进入小匈牙利平原，河床变宽，流速减缓，河道分汉，绕过泥抄淤积而成的大、小许特岛（面积1901km²）。出科马诺，多瑙河进入维谢格拉德峡，然后河道转向南流，过布达佩斯进入大匈牙利平原，河流呈平原河流特征，河谷变宽，河床比降小，河道弯曲，常有河汊和牛轭湖。
多瑙河从南斯拉夫贝尔格莱德转向东流，直冲南喀尔巴阡山。经过长年的切割，形成了壮丽险峻的卡特拉克塔（杰尔达普）峡谷，峡谷全长130千米，由4个峡谷组成。其中最著名的是铁门峡。峡谷河段首尾水位差30米，最窄处仅132米，最深处达82米。多瑙河出铁门后，进入下游平原，河谷宽阔，岸边有宽约10-15千米的湖泊和沼泽带，河口三角洲长80千米，每年以约24.38-30.5米的增长速度向黑诲延仲，三角洲面积5640km²以上，在三角洲顶点（图耳甘）多瑙河分成三条汊河，即基利亚、苏利纳和斯芬图乔治，其人海流量分别占总量的66%、16%和18%。
多瑙河流域面积广大，约有81.7万平方千米，内有影响其水源和水情的各种自然条件。这些自然条件有助于形成一个岔流多、稠密、水深的河网，内有支流约300条，其中30多条利于通航。整个多瑙河盆地，有一半以上由其右岸支流排水；这些支流汇集著来自阿尔卑斯山脉及其他山区的水，占多瑙河总流量或排水量的2/3。
多瑙河流域属温带气候区，具有由温带海洋性气候向温带大陆性气候过渡的性质。特别是流域西部和东南部温、湿适宜，雨量充沛。河口地区则具有草原性气候特性，受大陆性气候影响，整个冬季较寒冷。以布加勒斯特为例，夏季有3个月气温在20℃以上，最高气温可达34℃，冬季有2个月气温低于0℃，最低月气温-3.5℃。
就全流域来说，大部分降水出现在夏季和秋初（6-9月），高山地区冬季降雪。降雪量占全年降水量的10%-30%。流域内降雨分布不均匀。奥地利阿尔卑斯山区降雨量最大，年平均降雨量超过2510毫米，最大年降雨量超过3000毫米；降雨量最少的地区是大匈牙利低平原和斯洛伐克摩拉瓦流域地势较低的部分以及下游地区，特别是锡雷特河以东地区和河口地区，其年平均降雨量不到600-400毫米，特别干旱年份降雨量还不到平均降雨量的一半。总的来说，上游地区年降雨量多，约为1000-1500毫米，中下游平原地区降雨量少，约为700-1000毫米，流域平均863毫米。
多瑙河洪水由夏秋季暴雨或长期连续降雨、春季高山积雪融化和冬季冰凌所形成，有以下两个特点：一是全流域发生特大洪水极其罕见，大多数洪水只限于发生在局部河段，二是全年各个季节都有可能发生洪水，只是分别出现在不同的河段。
春季融雪洪水，一是来自源于阿尔卑斯山的上游右岸支流；二是来自源于喀尔巴阡山的下游左岸支流。此外，中游下段三条支流（德拉瓦河、萨瓦河、大摩拉瓦河）由于上游山区的融雪洪水，也会在贝尔格莱德附近河段产生春汛。
在奥地利河段、斯洛伐克与匈牙利边界河段、中游的下段经常出现因降雨而产生夏季洪水和秋季洪水。这些河段的洪水一般来自两岸的支流，上游河段的来水也有不同程度的影响。
布达佩斯以下的许多河段都出现过冰凌洪水，因冰坝壅高的水位有时超过伏汛水位2.5-3.0米。
由于雨雪洪水的相互补充以及上、中、下游河段洪水的错峰，多瑙河的水位和流量过程线比较均匀，但在时空上分配仍不均匀。一般来说，多瑙河水位在11月至次年2月最低，7-8月也较低，低水位时，影响通航。冬季河口附近河段结冰，结冰期约40天，融冰时间需延续两个星期。多瑙河各主要控制站的多年平均流量为：乌尔姆(控制面积7578km²，多年平均流量114m³/s)；林茨(7.949万平方千米，1479m³/s)；布拉迪斯拉发(13129km²，2050m³/s)；布达佩斯(184767km²，2360m³/s)；贝尔格莱德(51.28万平方千米，5320m³/s)。
多瑙河推移质输沙量以奥地利河段最大，进入匈牙利河段后，推移质泥沙大部分都淤积在河床上。悬移质输沙沿程——般是增加，但在萨瓦河河口数量突然增大。河口多年平均悬移质含沙量0.34千克/立方米，年均输沙量约6760万吨。
河流盆地的不同自然特征影响著上中下游3段河流的流量。上游的流量与阿尔卑斯山脉各支流的流量相一致，在阿尔卑斯山脉冰雪融解最强劲的6月间，上游此段流量最大。冬季数月间，流量降至最低。
中游河水变化各期可持续4个月，6和4月是流量高峰。6月高峰源出于上游，不过中游流量达至最大时比上游迟10-15日。4月高峰是当地原因引起的，即由于平原积雪的融化和由于本地区低地和矮山中早春淫雨，而河水增加。降雨量很重要；枯水期开始于10月，它是低洼平原以夏秋为干季的特点反映。在下游，河水变化的特征——阿尔卑斯型(高山型)特性——全部消失。最大流量在4月，枯水期可延长到9-10月。
林茨以上，由于水流湍急，河水不完全结冰。然而中下游在严寒期间封冻。在12-3月间，冰碛与春季冰雪融解相结合，常造成漂浮的冰块在河岛堆积、阻塞河道，形成大的洪水灾害。
