在放生池中有湖心亭一座，顾名思义，亭建在湖心，环水萦回，犹如岛屿，仿佛蓬莱。亭为六角，砖木结构，楼阁形式，双重飞檐，轻盈多姿，造型优美。亭以粉墙分间内外，东西两面各设大门，通过九曲石桥与两岸连接。亭外有檐廊，设置靠栏，观鱼翔戏乐，看神鼋出水，令人陶醉，依恋忘返。更为独特之处是亭中有亭相套，同是六角，似是外亭的微型，不同者内亭为单檐。内亭东面供奉阿弥陀佛，以示凭藉佛力，摆脱畜生恶道的轮回之苦，得往生西方极乐世界。西面供奉莲池大师，大师是明代四大高僧之一，俗姓沈，字佛慧，号莲池。大师主张净土，提倡放生，于城内外开放生池，撰《戒杀放生文》，以诫害物，故在放生池中立像供奉，作僧人像。而且莲池大师还是戒幢律寺大弘律法的第一代住持茂林律师的恩师，供奉其像亦寓怀祖念本之意。内亭下部是近年修葺寺宇时，用丰子恺的护生画补绘。若说西花园以放生池为中心，那么湖心亭则是中心的核心，而亭中亭又是核心的“核心”。亭阁倒影，映入池中，可谓亭池互辉；蓝天白云，飘浮湖面，悠悠缈缈；池中设莲花喷泉，条条水线从花中迸射，莲蕾荷叶一旁衬托，这种虚实倒影的艺术效果，构成亭中亭画面，幻化成天与水、人与佛、世间与天国的微妙结合，真可谓出神入化、淋漓尽致。
湖心亭原有亭额“月照潭心”，如在此观赏夜景，月影、亭影、树影，使油然产生一种超越空间的感觉，是天上之人间乎？抑或人间之天上？亭中原有联语：
圣教名言：独乐何如同乐；
佛家宗旨：杀生不如放生。
湖心亭东南角有一处黄石垒砌的假山，山有空洞可穿行，又有石级可攀登，曲径迂回，逶迤起伏。登上山巅，赫然又是一座六角亭。前亭在水中，此亭在山上，山虽不高，略可小憩凭眺，极目望去，西花园可收眼底；凉风袭来，树影娑婆，使人心旷神怡。此亭名曰“云栖亭”，其缘起亦因莲池大师而来，大师幼习儒业，中年皈依佛教，在39岁那年，即隆庆五年（1571）入杭州云栖山，教化远近，衲子云集，遂成丛林。大师示寂后，集其著作为《云栖法汇》。为了纪念大师的功德，故于放生池畔、假山之上立云栖亭，从内涵上把两亭相连，在放生的主题下融为一体。
