出生于西班牙巴斯克地区的埃梅里父亲和祖父都是守门员，但他的球员生涯并不出色。球员时代司职中场，效力过皇家社会、托莱多、弗洛尔竞技、莱加内斯、洛尔卡。
乌奈·埃梅里在2004年决定退休，转任教练。同年他开始担任刚刚成立两年的洛尔卡体育俱乐部主教练。仅仅4年时间，乌奈·埃梅里已成为西班牙最有潜质的教练。他成功带领阿尔梅里亚足球俱乐部首次登陆西甲，并在2007/08赛季有惊人表演，在赛前预测，阿尔梅里亚被预测为第二十名的降级分子，结果到了4月的时候，俱乐部已经基本保级成功，最后以第8名完成赛季。艾美利亚能够在第一次参与西甲赛事就获得成功，埃梅里实在居功不少，球队有超过40%的入球是来自定位球，可见其定位球战术是相当之出色。
2008年，在西甲的赛季完结后，得到西甲豪门巴伦西亚的赏识，2008/09赛季执教巴伦西亚。再他离开阿尔梅里亚时向阿尔梅里亚球迷道歉，并表示不会忘记阿尔梅里亚。在瓦伦的4个赛季间，他3次率队取得西甲季军晋级欧冠。10-11赛季，埃梅里在卖出比利亚和大卫·席尔瓦的情况下一度带领瓦伦打出了前6战5胜的球队最佳开局，并在欧冠小组赛中出线。上赛季结束后，埃梅里离开瓦伦远赴莫斯科斯巴达执教，但他并未在俄超取得成功，球队在联赛发挥不佳，欧冠小组赛更是高开低走痛失好局，他为此在2012年11月交出了教鞭。
2013年1月14日，塞维利亚任命埃梅里接替前主帅米歇尔出任球队主帅，这位前瓦伦主帅与塞维利亚签约1年半。
2016年6月13日，塞维利亚在官方网站上宣布，球队已经接到了埃梅里律师的通知，埃梅里选择单方面终止与塞维利亚的合同。执教塞维利亚期间，率队完成了欧联杯的三连冠，是球队的功勋主帅也是目前唯一一个完成欧联三连冠的主帅。
2016年6月22日晚，巴黎圣日耳曼通过官方推特宣布了球队下赛季的主教练人选，前塞维利亚主帅埃梅里将执掌大巴黎的教鞭，双方签约至2018年。
2016-17赛季巴黎错失联赛冠军，在欧冠淘汰赛中被巴塞罗那上演大逆转淘汰出局。2017-18赛季埃梅里率领巴黎夺得了法国超级杯、法国联赛杯、法甲和法国杯的四冠王，但在欧冠淘汰赛首轮就被皇马淘汰。
2018年5月23日，阿森纳俱乐部宣布乌奈·埃梅里成为温格的继任者，担任球队主教练（Head Coach）。
