1999年，朱芳雨成为宏远正式队员，由于未办妥转会手续，当年没被允许注册。
1999-00赛季，稚嫩的朱芳雨大部分时间都在板凳上度过，赛季场均只有2.1分和1.2个篮板，2001-02赛季，朱芳雨的数据开始飙升，这个赛季场均得到23.8分6.7个篮板，和辽宁队的比赛，朱芳雨单场命中9个3分球，创造了他的个人单场纪录。
2003-04赛季开始，朱芳雨同广东队开创了8年7冠的王朝，这个赛季，朱芳雨同杜锋合力率领广东拿下队史首个总冠军，在2004年的全明星赛中，朱芳雨还夺得了个人的首个3分大赛冠军。
2004-05赛季，广东队奇迹般的战胜了江苏，总决赛的第5战，广东队一度落后16分，但是朱芳雨的3分球连续命中，帮助广东逆袭成功，这个赛季，朱芳雨的数据上升到26.4分3.8个篮板和1.8次助攻，第一次荣获总决赛的MVP。
2005年全明星的3分球大赛，朱芳雨以25分强势蝉联，这一夺冠的得分记录至今无人能破。不过2005-06以及06-07，受伤病的影响，朱芳雨的状态稍显低迷。
2007-08赛季，从伤病中走出来的朱芳雨迎来职业生涯的第二春，这个赛季，朱芳雨场均得到20.5分5篮板2.5助攻，总决赛更是场均得到29.2分、4.8个篮板、3.4次助攻。在易建联离开CBA后，朱芳雨成为广东宏远队的新核心。在他的率领下，宏远队在总决赛中4比1击败辽宁队，重新夺回阔别一年的总冠军。朱芳雨也得到了夺得了常规赛MVP和总决赛MVP两项个人荣誉。
2008-09赛季，总决赛中，朱芳雨场均22.2分，第三次摘走总决赛MVP成为CBA史上第一人。
2009-10赛季，朱芳雨总决赛场均得到18.8分和4.2个篮板，第五战更是贡献了29分，帮助广东队4-1击败新疆成功卫冕，连续三个赛季获得总决赛MVP，也是历史上第四次荣膺总决赛的MVP。
2011-12赛季，朱芳雨以236分的高分当选常规赛MVP，这也是他职业生涯第6次获得最有价值球员的称号，在CBA的历史上无人能及。
2011年12月30日广东客场对阵浙江比赛中，球队虽然最终输球，但朱芳雨9次三分球出手命中3球，让他的三分进球总数达到1096个，超越了李楠的1095个，晋升为CBA新的三分王。
2012年1月1日，CBA第19轮广东主场对阵江苏，第二节比赛进行到11分11秒的时候，朱芳雨接到队友传球后三分空心入网，8389分，朱芳雨的CBA职业生涯总得分在此刻超越了刘玉栋保持的8387分，成为CBA总得分王。
2014年11月26日，CBA常规赛第11轮，辽宁队客场完成18分的大逆转，加时116-112击败广东队。朱芳雨本场得到34分，成为CBA第一个万分先生。
2014年12月7日，CBA常规赛第16轮，广东在客场以83-72逆转上海。朱芳雨贡献2次抢断，突破生涯1000次抢断大关。1000次抢断位列CBA历史第三，排在朱芳雨前面的都是后卫，分别是第一的胡雪峰1548次，第二名是吕晓明，为1027次。
除了6次荣膺最佳球员的称号外，从2001-02赛季开始，朱芳雨连续13次入选全明星阵容，号称“全明星之王”，2009年，朱芳雨以257064票、四轮票选均独占鳌头的强劲优势首次成为本次全明星投票的票王。尽管13次入选全明星阵容，但是朱芳雨却从未在全明星赛上成为最有价值球员，这也是朱芳雨全明星史上最大的遗憾。
2000年，朱芳雨入选国家青年队，教练张勇军。
2001年6月，中国男篮主教练王非将朱芳雨召入国家队，司职小前锋。同年8月，他随国家队出战在北京举行的世界大学生运动会，夺得第二名。入选了NBA训练营，只是由于与大运会冲突，被迫放弃。
2004年朱芳雨随队参加雅典奥运会，这是他首次在世界最高水平的舞台上展示自己，年仅21岁的朱芳雨场均贡献5.3分，帮助国家队杀入前8，平了奥运会最佳战绩。尤其是对塞黑的关键一战，中国队并不占优势，关键时刻朱芳雨连得6分，为中国队最后战胜对手立下了汗马功劳。
2006年的世锦赛时朱芳雨早已是球队的主力，他场均送出9分1.8个篮板，在最后一战对斯洛文尼亚的比赛中，虽然是王仕鹏投入最后的绝杀，可在此之前，正是朱芳雨命中的关键三分，才给了王仕鹏绝杀的机会。当时中国队70-74落后斯洛文尼亚4分，就在中国队进攻的时候场上计时器出现了问题，在调整之后中国队进攻时间所剩无几，这时边线球传到了朱芳雨手中，他当时毫不犹疑果断出手命中三分，将场上分差拉近到一分。
2008年的北京奥运会是朱芳雨国家队生涯最辉煌的时刻，尤其是头两场面对美国和西班牙的比赛，朱芳雨也在这两场比赛中向世界证明了自己，对阵美国，外线出手三次全部命中，对阵西班牙，命中五记三分球，全场拿下15分，成为中国队压制对手最好的武器。
2009年天津亚锦赛，在决赛负于伊朗之后，朱芳雨在颁奖典礼上的偷笑一度让其陷入争议。随后，由于伤病的原因，他并没有入选鲍勃·邓华德出征土耳其的12人名单，这也是朱芳雨自入选国家队以来，第一次缺席男篮的国际性大赛。
2010年10月12日晚，中国男篮与巴西男篮的第三场热身赛发生球员斗殴，主教练鲍勃·邓华德被罚款五万，朱芳雨、丁锦辉和苏伟三人分别罚款三万，其他参与者罚款两万元，没有球员被禁赛。
2011年的7月11日，在中国和土耳其的热身赛上，朱芳雨砍下了30分的国家队生涯最高分，这样的表现也成功的打动了邓华德，12年的伦敦奥运会朱芳雨重返国家队，不过和男篮一样，朱芳雨在这届奥运会上也没有太过出色的发挥，最终男篮5战皆败。
2013年的亚锦赛，男篮的表现再度让外界失望，朱芳雨等老将身上也承受着巨大的压力，2014年年初的男篮集训名单中也没有了朱芳雨的名字。
