太和二十一年(公元497年)，北魏孝文帝亲自率军南下，临行前，将冯妙莲册封为皇后。行至汝南时，文帝最小的妹妹彭城公主前来，原来皇后逼公主嫁给自己的胞弟冯夙，公主不愿意，求孝文帝作主。“冯夙人品低且不谈，他是皇后的胞弟，皇后淫乱后宫，妹妹实在不愿嫁。”公主哭诉道。
“什么?”孝文帝大吃一惊，连忙追问。公主告诉他，皇后趁他南征，与宫中执事高菩萨私通，最近竞公开淫乱，宫中上下都知此事，只是不敢告诉皇上。孝文帝真不敢相信他一向宠爱的柔媚有情的皇后竞会做出如此事来。于是派人暗暗察访。过了年，孝文帝回到洛阳，先对皇后宫中的小黄门苏兴寿秘审。苏兴寿将皇后与高菩萨私通的事全盘托出。这下孝文帝气得发昏，决定亲审冯妙莲。他先将高菩萨等抓起来拷问出实情，原来高菩萨本是医生，冯妙莲在家养病时与其勾结，进宫后，也将其引入宫中继续私通。审问时，孝文帝怕皇后害他，叫人搜遍她全身。冯妙莲跪在龙床前，不停谢罪。孝文帝命她站起来，赐座给她。又命高菩萨把所供认的罪状当她的面陈述一遍，然后看着她说：“你做下这种事对得起朕吗?”皇后只好从实招来。
太和二十三年，身在鄂北战场的孝文帝身染重病，回程中，弥留之际，嘱咐彭城王元勰：“我死之后，赐皇后死，另择地厚葬，以掩冯门之大过。”
公元499年，北魏最有作为的皇帝与世长辞了，年仅三十三岁。
