清嘉庆十五年，上承康、雍、乾三代盛世丰绩，再加恶吏和珅已诛，朝野内外一片升平景象。此时，六宫之首虽为皇后钮钴禄氏，但得宠当道者实为另一钮钴禄氏如妃（邓萃雯饰）。时值三年一届选秀入宫，秀女玉莹（黎姿饰）是贵族之后，姿色过人，于是成为同届佳丽针对的对象。秀女尔淳（佘诗曼饰）是内务府太监徐万田策动的人选。昔日和珅贪污成风，牵动朝野上下，万田亦参与其中。嘉庆怒斩和珅令万田胆颤心惊，万田害怕追溯株连，于是想出以美色来保命的计策。万田自民间收养姿色卓越的稚女，加以声色艺训练，但因六宫中派系林立，他只能隐密行事。
另有宫女苏完尼瓜尔佳·安茜（张可颐饰）年将二十五，一心期盼届满出宫后与祖母团聚。她目睹如妃对秀女玉莹多番欺负，心感不值。御医孙白飏（林保怡饰）与同在太医院的父亲孙清华因误会而闹翻，两人同门而不共住，同事而不共欢。孙白飏为人风趣，体贴女人心思，频被后宫小主召唤会诊。孙白飏处事小心，奔走于后宫脂粉丛中游刃有余。此时市井贫农孔武（陈豪饰）进入禁宫为差役，与孙白飏不打不相识，并因此与宫女安茜结下不解情缘。
如妃把应届秀女于股掌中把弄个不亦乐乎之时，孙白飏却意外洞悉玉莹实非胸无城府之辈。玉莹装作愚鲁，以求如妃放下戒心收归旗下，可是却被尔淳陷害。万田亦借此良机插赃嫁祸，令如妃被皇帝冷落，尔淳亦乘时受封贵人。
玉莹被冷待期间，宫女安茜不离不弃的侍候在其身旁。安茜眼见如妃失势，玉莹再得皇后怜惜，一心准备年满离宫后与家人团聚。安茜的祖母上京探访，不幸堕崖而亡。安茜一时间顿失所依，幸得孔武在旁劝道开解。后来安茜意外得悉祖母之死是皇后所为，于是决定放弃爱情，矢志报仇。之后，安茜想尽办法接近皇帝。皇帝得见安茜，垂涎其美色，于是册封安茜为贵人。众人不知安茜苦衷，误以为安茜心思早变，已不甘一世为他人作嫁衣。安茜此举令孔武伤心不已，亦令玉莹与她主仆反目。如妃地位下放之时，只有孔武以德报怨，处处相扶。
孔武亦从中明白如妃本性并非恶毒之徒，一切只因其人在江湖，为求生存而不得不随波逐流。玉莹为了从安茜手中夺回皇上的宠爱，发誓不惜一切代价与安茜一争长短。相反尔淳却因万田突然暴毙而失去人生目标，最后在孙白飏的劝慰下，明白要重拾个人幸福，竟相求白飏助自己逃出紫禁城，而孙白飏则被两位女子弄得左右为难。
演员 黎姿
嘉庆皇帝的嫔妃，表面天真任性、胸无城府，实则心思缜密，为达目的不择手段。她虽然出身官宦之家，但庶出的身份让她非常渴望改变命运。进宫以后，她在皇后的暗地扶植下与如妃的势力展开了斗争。在安茜、孔武的协助下，她顺利得到皇上的宠幸。其后，她发现安茜并非真心帮助自己，于是和安茜反目成仇。
演员 佘诗曼
徐万田的义女，冷静机智，天性孝义，重情守诺，处事克制沉着，为求目的亦会心狠手辣。选秀期间，她遇上姿色过人的玉莹，于是暗地设计陷害玉莹。入宫以后，她因病邂逅风流倜傥的太医孙白飏，受其关怀照顾后对孙白飏暗生情愫。后来她见孙白飏对玉莹擦出爱火，心生妒恨之下决定全情投入后宫腥风血雨的斗争中。
演员 邓萃雯
嘉庆皇帝的妃子，成熟冷艳，聪颖过人，做事深谋远虑。她表面上心狠手辣，实际感情脆弱，对皇帝忠贞不二。如玥一度是后宫之中最得宠的妃子，风头直逼皇后。玉莹、尔淳等秀女入宫后，她被人陷害，其地位远逊于从前。在尝尽人情冷暖后，她凭借不屈不挠的性格最终得以平反，并重夺妃号。
演员 张可颐
后宫宫女，为人孝顺，富有正义感，心思缜密，世故老练，深明后宫生存之道。她看尽了后宫的残酷斗争，深知要生存就要得到皇帝的青睐。她将一切男女私情抛诸脑后，一心设计向皇上献媚，最终成功获得皇帝的宠幸。她被封为嫔以后，与其他后宫嫔妃展开了一连串的角力战。
演员 林保怡
太医院御医，心思慎密，玩世不恭，豪爽风趣，待人处事成熟圆滑，善于观察女人的心思。太医院会定期为后宫妃嫔作检查，因而造就了孙白飏与玉莹的相遇。在与玉莹相处的过程中，他逐渐发觉自己对玉莹已萌生情意。玉莹被贬后，他忙于处理万田的身后事。虽然两人自此鲜有见面，却没有减褪其对玉莹的情义。
演员 陈豪
孙白飏的朋友，坚毅不拔，有情有义，虽为市井贫农但有鸿鹄之志。他为了摆脱穷困不惜犯险，有时甚至不择手段。他与宫女安茜互生好感，但碍于安茜要离宫而未有表白。为讨安茜的欢心，他与安茜一起相助玉莹。在得知自己被安茜利用以后，他与安茜的关系决裂。之后，他因护驾有功而被皇上提拔为三品御前侍卫。
为了让演员演起来更加有说服力，导演在片场要求演员知道每个角色和故事。于是，林保怡就提议其他演员将台词录下来。黎姿不仅按照林保怡的建议录音，而且在睡觉时还在听录音带。
佘诗曼在拍摄该剧时很投入，入戏很深的她觉得尔淳这种不善于表达内心感受的女子很可怜，于是就躲在一边哭起来了 。
剧组人员在帮陈秀珠做发型时看到邓萃雯的发式比陈秀珠漂亮，于是重新给陈秀珠梳头发，单是发夹就用了200多个 。
在北京拍摄剧中夏天的戏时，由于冬季天气冷，因此演员说话时会呼出哈气。为了解决哈气的问题，监制戚其义要求演员喝一口冰水后再讲话 。
在拍摄玉莹、尔淳与皇上下棋的那场戏时，黎姿和佘诗曼两人都把剧本放在了棋盘旁边，一边演一边偷看 。
《金枝欲孽》是林保怡出演的第一部古装戏，剧中的古文对白和一大堆药名让他很头疼，为了记住这些对白，他就将台本贴在佘诗曼的背后。
在拍摄该剧时，邓萃雯不仅因为对白难读而频繁NG，还因为控制不住自己的情绪而哭起来，这也是她入行以来第一次因为NG而哭。
佘诗曼在北京拍摄该剧的外景时，因担心天气冷，故而穿上潜水衣打底 。
林保怡在剧中饰演的太医需要熟知把脉、针灸等中医治疗的方法。于是，TVB就找了一个中医在拍摄现场教林保怡中医治疗的眼神和手势。
该剧的人物原型取材于清朝野史，剧中角色玉莹、尔淳、安茜、如玥在史书中都有记载。导演拍摄该剧的初衷是要表现人与人之间的斗争 [32-33] 。在构思该剧时，监制戚其义和编审一起研究过社会需要和市场口味，比较了报纸上有关时事、家庭、婚姻以及女性问题的新闻。之后，戚其义把《金枝欲孽》的背景设置为紫禁城，并通过该剧带出现实生活中发生的问题。戚其义将该剧的历史背景选在紫禁城是因为后宫里的人都走不出来，所以这种斗争就显得更加残酷。为了创作该剧，主创人员不仅参考了很多书籍，还参考过中国内地的清宫片。编剧将该剧的故事建立在虚构之上，并采取虚虚实实的写法，从而让其在自身故事的内部逻辑中自圆其说。
由于该剧突出的是人性的刻画以及角色之间的勾心斗角，所以在选演员的过程中，导演要求演员除了有一定的演出经验外，还要具备一定的人生体验。在初步选定演员以后，导演再参考每个演员的性格特征，赋予他们剧中角色的性格。监制戚其义认为邓萃雯平常和人倾谈时像一个长辈一样，因此剧中侍宠凌人的如妃一角很适合她。张可颐性格十分硬净，符合剧中角色的性格特质，于是她成为了安茜的扮演者。
为了表现场景的真实感，《金枝欲孽》改变无线电视剧传统的室内拍摄手法，不仅在浙江横店取景，还前往北京故宫实地拍摄；横店是《金枝欲孽》的主要取景点之一，一些花园假山戏选在了和珅故居、颐和园和大观园拍摄，钟粹宫的室内戏则在香港拍摄。
