福建医科大学图书馆始建于1937年，经过八十年人文与历史的积淀，伴随着学校的建设和发展，图书馆不断完善基础建设和服务工作，现代医学文献资源得天独厚，已形成面向我校教学、科研和医疗等服务的现代化图书馆。目前内部管理机构设有办公室、采访编目部、流通阅览部、技术服务部、参考咨询部、阅读推广部、医学文献检索教研室等部门，校学报编辑部挂靠在图书馆，负责编辑出版《福建医科大学学报》和《福建医科大学学报（社会科学版）》。图书馆目前现有正式职工31人，其中党政人员占10％，业务人员等占90％；高级职称4人、中级12人、初级以下15人；硕士14人、本科12人、大专以下5人，本科以上占84%。
学校图书馆分别由上街校区图书馆、台江校区图书馆、四所直属附属医院分馆三个部分组成，总建筑面积达2.65万平方米，截止2017年12月31日，馆藏纸质图书总量130.37万册，电子图书2699308种（其中本馆827308种、附属第二医院电子图书72000种、附属口腔医院1800000种）。截止2017年12月31日，图书馆正式购买（含自建）数据库共67个（按2017年教育部新规：每个子库算为一个数据库），其中包含CNKI、万方、维普等中文数据库41个，OVID平台LWW全文期刊、EBMR、BP、FMRS、牛津、海量外文图书等外文数据库26个。数据存储容量总计近60T。校本部图书馆1991年4月被国家卫生部教育司确定为全国医学图书馆文献资源共享网络系统省级中心馆。
图书馆为全校读者（含附属医院读者）提供印刷型和数字化文献信息服务，所有数字资源网上24小时开放服务；提供书刊借阅、文献复制、远程传递、检索查新、参考咨询等服务，承担医学文献检索教学和学报编辑、出版、发行等工作。图书馆现采用北京创讯未来软件技术有限公司研制的Melinets图书馆管理系统，纸质书刊采购、编目、流通等环节实行自动化管理，两个校区图书馆自动化管理对接互联运行，并实现两校区图书馆通还通借服务，近年来新增了移动图书馆、完善了opac（Open Public Access Catalogue，开放的公共查询目录）等相关功能，方便了广大读者需求，提高了图书管理与服务效率。
图书馆每年度积极开展以“阅读推广、迎新教育”为主题的校园文化活动。上半年以“4·23世界读书日”为背景开展“读书月活动”，下半年开展以本馆文献资源推广为目的的“数字资源宣传日”活动和以“新生入学教育”、“新师资入职培训”为契机的“迎新一小时”系列讲座活动。
图书馆重视开展科研活动。2014年申报获批福建省教育厅A类科研课题共6项，其中项目2项，一般项目4项，2016年全部结题，其中叶秀明《美国大学图书馆版权服务调查及启示》、陈廉芳《大数据环境下图书馆用户小数据的采集、分析与应用》和林包明《利用共享平台整合特色数据库资源的研究——以福州地区大学城高校图书馆为例》3篇论文获评为优秀论文。2017年，我馆申报的《福州地区大学新校区第三批文献信息资源共享与服务专项研究项目》课题3项，全部获福建省教育厅A类科研课题，其中项目1项，一般项目2项。陈廉芳《高校图书馆医学科学数据服务研究》获得教育厅的课题立项。图书馆还鼓励并支持在职员工继续教育培训，以提高整体服务素质和水平。
1.读者凭本人校园卡到图书馆借书处办理借还图书。
2.借阅期限与册数：副教授以上可借图书20册，每册借期4个月，并可续借2次；教职工可借图书20册，每册借期4个月，并可续借2次；研究生可借图书20册，每册借期2个月，并可续借2次。学生可借20册，每册借期1个月，并可续借1次。
3.外校到我馆共享资源的读者一次可借图书2册，借期1个月。
4.读者所借每册图书，每超期1天归还罚款0.10元。学生期末借书可延至新学期开学后2周内归还，所有假期内到期的图书都可延至开假后归还。
5.密集库的图书如有需要先到流通部前台预约，每周四由工作人员统一处理后从周五起至下周四可至前台办理外借手续，逾期书重新调回密集库。
6.阅览室内阅书后将图书放在空架或阅览桌上，由工作人员统一复位上架。
7.可供借阅的图书一时借不到，读者(研究生及教师）可办理预约手续，预约通知发出一周内不来借阅的，预约作废。
8.如遇特殊情况，图书馆有权调回已经外借的图书。
