水门与秋道吉丸、漩涡玖辛奈等人为木叶隐忍者学校的同期学员。后被分配到自来也所带领的班级，从小便立志当上火影。
在与云忍交战中，成功将玖辛奈救了回来。
在第三次忍界大战中，水门以无人能及的速度威震忍界，被称为“黄色闪光”。除火之国外各国高层均下令，凡遇到木叶的“黄色闪光”可以立即逃跑，而且不会受到处罚。
在与云忍交战中，水门遇到了当时自认为是最强组合的AB组合——云忍村第三代雷影之子艾（后来的第四代雷影）以及其义弟八尾人柱力奇拉比。以速度自负的艾无视云忍村对待“黄色闪光”的命令，向水门发起挑战。在战斗中水门使用飞雷神，其速度完胜艾，并斩伤了八尾的尾足。水门称赞了及时搭救艾的奇拉比的才能，并且指出奇拉比拥有比忍者才能更加珍贵之物，以此告诫艾要及时发现该物，但艾当时并没有理解水门所说之话的含义，仍向水门发起攻击。在依靠神速再次完胜AB组合后，水门随木叶众人撤退。
此后，木叶令水门率领队员旗木卡卡西、野原琳、宇智波带土去破坏敌方岩忍村的补给要道——神无毗桥。当时正值卡卡西晋升上忍之日，水门将带有飞雷神术式的苦无送给卡卡西做礼物。身为上忍的卡卡西带领琳和带土自成一队，在遭遇敌人之时率先发动攻击，但因为没意识到“千鸟”的缺陷而陷入危机，此时水门以飞雷神之术迅速杀死敌军的上忍，救下了卡卡西。之后为了提高效率，水门决定兵分两路，自己一人前往前线支援，身为上忍的卡卡西带领琳和带土自成一队打入敌人后方。在前线，水门用飞雷神凭一己之力击败了敌军。后卡卡西遇险，水门再次以飞雷神救下卡卡西打倒了敌军，并得知了带土的死讯。之后，水门带领卡卡西和琳一起摧毁了神无毗桥，由此奠定了木叶在第三次忍界大战的胜利。
在《阵之书》中有介绍，水门一人将本来在战事处于劣势的木叶引向胜利，其实力强大由此可见。
第三次忍界大战结束后，在木叶做出让步的前提下，木叶与岩忍村签订了和约。为了对在战争中牺牲的木叶忍者负责，同时迫于木叶高层的压力，三代目火影主动辞去了火影之位。凭借在第三次忍界大战中出色的表现和强大的实力，在征得火之国大名的一致同意之后，水门顺利成为了火之国木叶忍者村的第四代火影。
在鸣人出生当天，水门喜极而泣。但就在此时，一个戴着面具的神秘男子突然现身，杀死除水门一家外所有在场人员，并挟持了鸣人来威胁水门。“面具男”的目的是控制玖辛奈体内的九尾袭击木叶。虽然水门救下了鸣人，但“面具男”劫走了玖辛奈并打开封印放出了九尾，九尾在“面具男”操纵下对木叶大肆破坏。水门及时救下了玖辛奈，在安置好鸣人和玖辛奈之后便前去迎战九尾，在用时空结界成功转移九尾的尾兽炮后，“面具男”突然从背后偷袭，水门用飞雷神之术脱身。随后二人展开对决。水门怀疑“面具男”可能是当年与初代火影交战过的宇智波斑，而且是个极其危险的人物，必须阻止他。在经过两个回合的交手后，水门分析出对手忍术的弱点并制定出克敌之策，使用飞雷神二段并以螺旋丸重创“面具男”，并在“面具男”身上留下了飞雷神术式。随后水门使用契约封印解除了“面具男”对九尾的控制，“面具男”受伤逃走。
此时九尾仍然袭击木叶，水门以飞雷神之术将自己和九尾带离木叶村，同时将玖辛奈和鸣人带至现场。水门认为“面具男”将来一定会给忍界带来腥风血雨，为了阻止他，水门决定让鸣人成为九尾人柱力。 将九尾的阴属性查克拉以尸鬼封尽和自己一同封印在死神体内，阳属性查克拉则以八卦封印封印到刚出生的鸣人体内，同时把自己和玖辛奈残余的查克拉一同封印入鸣人体内。在对鸣人留下最后的遗言后，水门和玖辛奈便双双去世。
佩恩之战的时候，被仇恨驱使的鸣人即将撕下对九尾的封印，这时水门出现在鸣人的精神世界，并告诉了鸣人自己是鸣人父亲。鸣人向水门诉说这些年的辛酸，而水门只能对鸣人怀着歉意：“想以父亲的身份道歉也不够资格吧。”此后，水门将其让鸣人成为九尾人柱力的原因以及十六年前“面具男”控制九尾袭击木叶的真相告诉了鸣人，并解除了鸣人对于忍界和平的疑惑，指引鸣人要自己去寻找答案。水门修复封印后，因查克拉用尽而消失。
在第四次忍界大战中，大蛇丸获取漩涡一族收纳堂的死神面具，切开腹部释放了被死神吞掉的灵魂，恢复了双手，利用佐助体内的四个白绝分身作为活体祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影，佐助从初代火影那里得到了他想要的答案，决定守护木叶，于是和四位火影一同奔赴战场。
在抵达战场后，水门终于与儿子鸣人相遇，与历代火影并肩作战对付十尾，期间发现了“面具男”竟然就是带土的事实。带土在那之后便成为十尾人柱力，水门面对这样的带土而陷入苦战，由于阴阳遁术的缘故而失去右臂，于是和鸣人联手与带土对抗。在战斗中，水门两次使用飞雷神拯救了忍者联军，避免了全军覆没。
之后鸣人在尾兽拔河中成功赢了带土，带土因而失去六道仙人的力量。卡卡西打算亲手杀死带土，水门见状上前加以制止，并指出卡卡西没有及时从内心深处救赎带土的错误。而带土随即遭到黑绝附身，与水门、卡卡西对峙；此时我爱罗和小樱将因九尾被抽离而濒死的鸣人送到水门之处，水门为了拯救鸣人的性命打算将自身的九尾阴查克拉传输给鸣人，却遭到黑绝的阻挠，九尾也被黑绝夺取。随后赶到的宇智波斑打算劝诱带土重返自己一方，水门为阻止斑而进入仙人模式发动攻击，但却反而被斑切断左臂。失去双臂的水门难以再战，不过仍然在一旁支援卡卡西以及随后赶来的迈特凯的战斗，并在阿凯以八门遁甲之阵与斑进行殊死搏斗之时与在场众人制定战术进行援护，更以飞雷神之术舍身替阿凯转移斑的阴阳遁术攻击，以使阿凯的攻击奏效。
当斑施展无限月读之际，水门因飞雷神之术的缘故转移到木叶火影岩上面，对突然发生的异变感到惊讶；同时感觉到由于辉夜复活而产生的庞大查克拉，与其他三位火影一同赶往鸣人所在的地方。在那里，柱间由于触碰到残留在当地的斑的下半身而使六道仙人现身，六道仙人集合水门与其他三位火影以及历代各影的力量将成功封印辉夜的鸣人等第七班成员召唤回原先的世界。随后六道仙人解开秽土转生之术，水门在离开之前向鸣人祝贺“生日快乐”，鸣人也向水门说出了之前没能说出的各种话语，并希望水门能将这些话语传达给母亲。水门说“我一定会传达给她的”，之后因秽土转生解除而消失。
