江苏省海门中学创建于1912年（民国元年），时称“私立海门中学”，其前身为“师山师院”，位于当时海门县城东侧的孔庙（即现学校校址）。
1916年，私立海门中学于在当时教育部注册，成为备案的私立中学之一。时民国教育总长、中国近代教育家蔡元培先生亲题《海门中学校》校匾。
20世纪20年代，海门中学的校训是“不弄玄虚，不翻花样，辛苦干从头，看有什么成绩；也当徒弟，也算老师，呼应成一气，勉之这种精神。
1927年至1932年期间，海门中学学生为追求真理、正义、民主，先后多次进行示威游行，掀起爱国学生运动，反对军阀，反对帝国主义侵略，并声援全国学生爱国运动。解放后，海门县人民政府立“海门中学学生运动纪念碑”，以志纪念。
1949年1月，海门解放，南通专署指示原东南中学（1945年创办于海启两县解放区的海门中学分校）、校长成子祥带领解放区的干部和党员数十人，来海接收私立海门中学及县立海门中学（创建于1941年2月）。合并后成立“苏北南通区海门中学校”。3月19日正式批准挂牌（以后此日作为校庆纪念日）。
1951年3月，学校更名为“苏北海门中学”。
1954年，江苏省人民政府正式确定海门中学为省属中学，成为全省十四所中学之一，并正式命名为“江苏省海门中学”，高中的招生范围为海门、启东、南通三县。
1961年，学校被省教育厅列为江苏省五年一贯制教育改革的十四所中学之一。
50年代与60年代，学校教育教学成绩始终列江苏省与南通地区前茅。
1978年，江苏省政府将海门中学列入文革后恢复的中学。
1978年6月，季方先生重返母校，为母校师生题词：“认真学习，加强团结，继续革命，努力生产，为实现四个现代化而奋斗，愿与海中全体师生共勉之。”
1990年，学校通过省中学检查验收。
1998年，通过江苏省示范性普通高中验收。
2003年，江苏省海门中学成为江苏省普通高中。
江苏省海门中学学生活动丰富，从1989年开始，“体育节”就与“艺术节”、“科学节”就成为了该校学生的三大传统活动节日。高中三年，每年一大节，三年一循环，每节持续一个月，坚持“校园内外联动、竞技与普及相结合”的原则，既发展了学生的兴趣和特长，又丰富了校园文化生活。
在2015年11月28日，以“梦想奔跑”为主题的江苏省海门中学第九届体育节开幕，在开幕式上有该校学生的花样跳绳表演、校园足球展示、大型艺术团体操表演和南京航空航天大学航模队的飞行表演。在为期一个月的体育节里，学生们还举办了各类体育活动、比赛，比如拔河比赛、田径运动会、足球绕杆比赛、二十人二十一足跑”活动和颠球比赛等。
