明万历三十八年八月初八（1610年9月24日），黄宗羲出生于绍兴府余姚县通德乡黄竹浦，其地名浦口村，属浙江省余姚市明伟乡。降生前夕，母亲姚氏曾梦见麒麟入怀，所以，宗羲乳名“麟儿”。父黄尊素，万历进士，天启中官御史，东林党人，因弹劾魏忠贤而被削职归籍，不久下狱，受酷刑而死。
崇祯元年（1628年）魏忠贤、崔呈秀等已除，天启朝冤案获平反。黄上书请诛阉党余孽许显纯、崔应元等。五月刑部会审，出庭对证，出袖中锥刺许显纯，当众痛击崔应元，拔其须归祭父灵，人称“姚江黄孝子”，明思宗叹称其为“忠臣孤子”。
黄宗羲归乡后，即发愤读书，“愤科举之学锢人，且建‘续钞堂’于南雷，以承东林之绪”。又从学于著名哲学家刘宗周，得蕺山之学。
崇祯四年（1630年），张溥在南京召集“金陵大会”，当时恰好也在南京的黄宗羲经友人周镳介绍参加复社，成为社中活跃人物之一。这年，他还加入了由名士何乔远为首领的诗社；后来，黄宗羲与万泰、陆符及其弟宗炎、宗会等还在余姚组织过“梨洲复社”。
崇祯十五年（1642年），黄宗羲北京科举名落孙山。冬月初十，黄宗羲回到余姚家中。
崇祯十七年（1644年）春，明亡。五月，南京弘光政权建立，阮大铖为兵部侍郎，编《蝗蝻录》（诬东林党为蝗，复社为蝻），据《留都防乱公揭》署名捕杀，黄宗羲等被捕入狱。
顺治二年（1645年）五月，清军攻下南京，弘光政权崩离，黄宗羲乘乱脱身返回余姚。闰六月，余姚孙嘉绩、熊汝霖起兵抗清。于是，黄宗羲变卖家产，召集黄竹浦600余青壮年，组织“世忠营”响应，著《监国鲁元年大统历》，鲁王宣付史臣颁之浙东。
顺治三年（1646年）二月，被鲁王任兵部职方司主事。五月，指挥“火攻营”渡海抵乍浦城下，因力量悬殊失利。六月兵败，清军占绍兴，与王翊残部入四明山，驻杖锡寺结寨固守，后因其外出时部下扰民，寨被山民毁而潜居家中，又因清廷缉拿，避居化安山。
顺治六年（1649年）朝见鲁王，升左副都御史。同年冬，与阮美、冯京第出使日本乞兵，渡海至长崎岛、萨斯玛岛，未成而归。遂返家隐居，不再任职鲁王行朝。
顺治七至十一年（1650至1654年），黄宗羲遭清廷三次通缉，仍捎鲁王密信联络金华诸地义军，派人入海向鲁王报清军将攻舟山之警。期间家祸迭起，弟宗炎两次被捕，几处极刑；儿媳、小儿、小孙女病夭；故居两次遭火。顺治十年九月，始著书讲学。
康熙二年至康熙十八年（1663至1679年），黄宗羲于慈溪、绍兴、宁波、海宁等地设馆讲学，撰成《明夷待访录》《明儒学案》等。
康熙十七年（1678年），诏征“博学鸿儒”，学生代为力辞。康熙十九年（1680年），康熙帝命地方官“以礼敦请”赴京修《明史》，黄宗羲以年老多病坚辞。康熙帝令地方官抄录其所著明史论著、史料送交史馆，总裁又延请其子黄百家及弟子万斯同参与修史。万斯同入京后，也执意“以布衣参史局，不署衔、不受俸”。是年黄宗羲始停止讲学，悉力著述。康熙二十二年（1683年），参与修纂《浙江通志》。
康熙二十五年（1686年），王掞视学浙江，倡议黄宗羲故居黄竹浦重建忠端公（黄尊素）祠，宗羲写了《重建先忠端公祠堂记》。次年，王掞又捐俸汇刻刘宗周文集，宗羲与同门友董玚、姜希辙一起编辑了《刘子全书》，并为之作序。
康熙二十七年（1688年），黄宗羲将旧刻《南雷文案》等文集删削修改，定名《南雷文定》重行刊刻。这年，他自筑生圹于龙虎山黄尊素墓侧，并有《筑墓杂言》诗。
康熙二十九年（1690年），康熙帝又召其进京充顾问，徐乾学以“老病恐不能就道”代辞。黄宗羲年已八十，曾至杭州、苏州等地寻访旧迹，拜访朋友。次年，应新安县令靳治荆之邀游览黄山，为汪栗亭《黄山续志》作序。
康熙三十一年（1692年），黄宗羲病势沉重，闻知贾润刊刻其《明儒学案》将成，遂抱病作序，由黄百家手录。次年，《明文海》编成，宗羲又选其精粹编为《明文授读》。
康熙三十四年七月三日（1695年8月12日），黄宗羲久病不起、与世长辞。他在病中曾作《梨洲末命》和《葬制或问》，嘱家人丧事从简：死后次日，“用棕棚抬至圹中，一被一褥不得增益”，遗体“安放石床，不用棺椁，不作佛事，不做七七，凡鼓吹、巫觋、铭旌、纸幡、纸钱一概不用”。
黄宗羲在临终前四天给孙女婿万承勋的信中写道：“年纪到此可死；自反平生虽无善状，亦无恶状，可死；于先人未了，亦稍稍无歉，可死；一生著述未必尽传，自料亦不下古之名家，可死。如此四可死，死真无苦矣。”
黄宗羲多才博学，于经史百家及天文、算术、乐律以及释、道无不研究。尤其在史学上成就很大，而在哲学和政治思想方面，更是一位从“民本”的立场来抨击君主专制制度者，堪称是中国思想启蒙第一人。他的政治理想主要集中在《明夷待访录》一书中。
哲学上反对宋学中“理在气先”的理论，认为“理”并不是客观存在的物质实体，而是“气”的运动规律，认为“气质人心是浑然流行之体，公共之物也”。具有唯物论的特色。“盈天地皆心也”的观点又有唯心论的倾向。这与黄宗羲服役阳明学，深受其影响有关。黄认为王学中“致良知”的“致”，就是“行”，两者别无二致。
黄宗羲并在理论上和实践上是一位杰出的教育家。黄宗羲在他的名著《明夷待访录》中专门列出《学校》一章。他认为学校中也要析讲时事时政，要明是非之理，也要对政府行为有所监督。认为学校的领导（“学官”）需要有较大的权力。学校也应广开言路，成为舆论场所。这种学校议政，参与是非判断，言论倡民主的观点在当时非常新颖。黄宗羲并认为“学贵履践，经世致用”，这种理论实践并重的教育学习观点与他深受阳明学中“知行合一，知行并进”密不可分。黄宗羲在今浙江宁波、绍兴等地办学讲学，培养了很多学生。著名弟子有万斯同、万斯大、全祖望、章学诚、邵晋涵、仇兆鳌等。
黄宗羲对经济的观点由现代学者秦晖总结，历史上的税费改革不止一次，但每次税费改革后，由于当时社会政治环境的局限性，农民负担在下降一段时间后又涨到一个比改革前更高的水平。明清思想家黄宗羲称之为“积累莫返之害”，称为“黄宗羲定律”。温家宝总理在记者招待会上曾提到这一定律。此后被引申到描述工业社会企业税费负担中去，如由南京信息工程大学刘禹乔、查颖等将黄宗羲定律初步引入到民营企业的税费负担研究中。
黄宗羲反对日益苛重的赋税征收。他说“吾见天下之田赋日增，而后之为民者日困于前，”指出江南的田赋特重，有些田亩将一年的产量“尽输于官，然且不足。”他分析了使人民苦于“暴税”的三害“有积累莫返之害”，指税制每经过一次改革，都导致赋税的进一步加重；“所税非所出之害”，指田赋征银，银非农业生产之所出，纳税者因折银而加重负担；“田土无等第之害”，指不分土地的肥瘠程度按一个标准征税，造成负担不均。黄宗羲提出的赋税主张是，第一，“重定天下之赋”，定税的标准应“以下下为则”；第二，征收田赋“必任土所宣，出百谷者赋百谷，出桑麻者赋布帛，以至杂物皆赋其所出”，生产什么缴纳什么，不强求一致；第三，重新丈量土地，按土质优劣计算亩积，分别以240、360、480、600和720步作为五亩，即把土地分为五等，据等征税，消除因土地质量不同而带来的赋税负担不均的问题。
黄宗羲认为，要使民富，还必须“崇本抑末”。所谓“崇本”，即“使小民吉凶，一循于礼；所谓“抑末”，即凡为佛、为巫、为优倡以及奇技淫巧等不切于民用而货者，应“一概痛绝之”。他说：“世儒不察，以工商为末，妄议抑之。夫工固圣王之欲来，商又使其愿出于途者，盖皆本也”。“工商皆本”的思想是对传统的“重本抑末”的大胆否定。
黄宗羲精通天文历算和数学。他用推算日食的方法和阎若璩等人考证古文《尚书》是系古人伪作，给当时思想界带来很大震动。黄宗羲通过对照《国语》，认为古文《尚书·汤诰》是后人“误袭周制以为《汤诰》”。并得结论“今因推日食于昭十七年六月”（鲁昭公十七年夏六月甲戌朔日），“可见《夏书》本文不同孔书、左氏而非伪也，则不能不致疑于古文矣”。西人FredEspenak的数据表明黄宗羲的推算完全正确。
沈括之说，世后没人怀疑。黄宗羲作《春秋日食历》，对此观点进行进行了分析和修正。黄宗羲用西汉三统历推算出鲁庄公十八年二月是否有闰，并用授时历并参考西方历法，说明了比月频食是不可能发生的。黄宗羲发现《春秋》中记载的两次比月食都是“前食而后不食”，并论证了《春秋》中鲁襄公二十四年有关月食的记录是错误的，而鲁庄公十八年三月日食记录是可靠。
黄宗羲用历算的方法对武王伐纣的确切年代进行了探讨，写有《历代甲子考》。他重新推算了孔子的确切生辰日期，并论证了周正建子和周历改月。
黄宗羲参考西方天文学中本均轮的理论（托勒密的理论）考察了中国“日高于月”的说法。
黄宗羲在有限性、无限性的观念认识上亦有所建树。他在数学上纠正了朱熹《壶说书》中的相关错误。分析了明朝流行的算盘和《数术记遗》中记载的计算器的区别。他对乡射侯制进行了详细数学分析。黄宗羲亦对中国和西方数学进行了平行比较，但由于时代的局限性，他认为西方数学中的一些概念方法不过是对中国古代算术的窃取和修改。
黄宗羲详细刊校了《水经注》，批驳了“分野说”。
黄宗羲主张文学应当反映现实社会，表达作者的真情实感，这具有现实主义的特点。不满明代文学的刻意摹拟，摘抄剽窃之风。黄宗羲详细注解了蔡元定乐律学，纠正了朱熹注《孟子》中的相关乐律错误。
作为浙江史学的开创者，黄宗羲主要在三个方面对浙东史学作出了自己的贡献。经世致用是儒家的一个根本看法。做为一个儒者，黄宗羲无论是研究经学，还是史学，都主张一个“经世致用”。在他看来，史书所载绝非仅是史料一堆，而是蕴含着“经世之业”的阐述，“夫二十一史所载，凡经世之业，无不备矣”（《补历代史表序》）。所以，研究历史既是为了总结历史发展的经验，更是为现实社会发展提供理论依据和历史借鉴。基于这种治学目的，黄宗羲在史学研究上主张“寓褒贬于史”，他认为史必须扬善惩恶。如果善恶不分，忠奸不辩，甚至颠倒是非，混淆黑白。史书的作用之一，即必得发挥其特有的扬善惩恶功能。
黄宗羲对明史的研究就其著述成果而言，可以分为两部分：一是所撰的《弘光实录钞》四卷、《行朝录》三卷；二是搜集史料选编的、卷帙浩繁的《明史案》二百四十二卷，《明文案》二百十七卷，及增益《明文案》而成的四百八十卷的《明文海》。在明史的研究中，黄宗羲形成了他的史学研究方法论。主要有三个方面：首先，黄宗羲十分注重史料的搜集。而且，他的史料概念十分宽阔，不仅包括历史人物、事件、典章法令等，也包括建置沿革、山川变异，甚至是乡邦文献所记的亭台楼阁也作为史料予以考证、保存。其次，黄宗羲在史学研究中还十分注重真实性。对所得史料总要广证博考、去伪存真，才加引用，并力求客观地作出合乎历史真实面目的论述。即使对自己昔日积累的史料，也决不轻率运用，同样要予以核实，以确保其无误。再者，黄宗羲十分注重史学主体即史学家在治史中的作用。表现为这样几个方面：一是要求史学主体通过自己的思维运作确保史学研究的客观性，以真实地揭示历史的本来面目；二是史学主体在史学研究中应当有自己的是非观，不仅要“寓褒贬于史”，还得对历史事件作出中肯的评价；三是要求史学主体以饱含自身情感的笔写出历史的过程。
黄宗羲的《明儒学案》是具有划时代意义的哲学史专著。它开创了中国编写学术思想史的先河，标志着中国学术史体裁的主要形式——学案体臻于完善和成熟。黄宗羲的《明儒学案》以及其后开始草创、并由后人和学生共同合作完成的《宋元学案》这两部著作在中国史学史上有非常重要的地位，他开创了中国史学上的新体裁，即“学案体”。学案体以学派分类的方式介绍一定时代的学术史，这种体裁被清人取用，成为编写中国古代学术史的主要方式。全书共立案十九个六十二卷，计叙述学者二百余人。从所列的人物看，除刘基、李贽、何心隐外，《明儒学案》基本上把所有明代重要思想家都包罗进去了；从学派上看，既叙述了以王阳明为代表的心学各派，又叙述了以吴与弼、胡居仁、娄谅为代表的程朱理学各派；从哲学性质看，既叙述了吴与弼、王阳明等唯心主义思想家，也叙述了罗钦顺、王廷相等唯物主义思想家。是中国第一部系统的内容丰富的哲学史专著。
