贺子达和姜佑生从小在乡下一起长大，一起参军，到1947年的时候，已经都是旅长。贺子达的妻子杨怡和姜佑生的妻子楚风屏也是好友，都在姜所部担任机要员。一天，上级密电姜佑生，杨怡曾在白区工作时被捕叛变，人证物证俱全，令姜相机处置。姜数次核实无误，决定带怀孕的杨怡突围，待其生下孩子后，执行枪决。
突围中，杨怡生下一子，并用丈夫贺子达曾经送给他的礼物——小手枪——自杀。该子被一个叫根儿的山民所救，取名张根生。但姜佑生和楚风屏都以为贺、杨的儿子已死于战火中。而贺子达得知妻儿俱死在姜佑生手上，更与姜结下仇怨。楚风屏为安慰贺子达，谎称其子还活着，把自己刚刚出生但未在身边的儿子送给贺子达。
楚风屏生子前，房东田大年之妻也生下一子，分别取名大碾子、小碾子。部队继续打仗，姜、楚的儿子小碾子托付田妻抚养。全国解放后，田妻为让亲子大碾子过上好日子，竟将其谎称为姜佑生和楚风屏的儿子小碾子，掉包后还给姜家，于是，蒙在鼓里的楚风屏送给贺子达的儿子也并非姜家亲生。
抗美援朝前，贺子达爱上一个叫谢石娥的村姑，并发生关系。贺子达和姜佑生赴朝参战时，石娥发现自己怀孕。为使贺子达不背上作风问题的包袱，毅然远赴湖南林场，并与贺子达断绝了音信。战争中，姜佑生最赏识的军人李兆魁成为战俘。
文革前夕，孩子们都已长大，养在贺家但被被姜家认定是亲子的大碾子与姜家亲生女儿姜乔乔恋爱了。为阻止这一“乱伦关系”，姜佑生和楚风屏百般阻挠，并不知情的贺子达却支持两家子女恋爱，双方为子女婚事再生情怨。大碾子热爱海军，在海陆联合演习时跳海欲上军舰，被炮弹震昏，漂流荒岛。两家都以为亲子死亡，俱痛不欲生；在此情况下，楚风屏告知贺子达，大碾子其实是她和姜佑生的儿子。但大碾子又“死而复生”，其与乔乔的恋爱也在痛苦中终止。
文革中，贺子达、姜佑生分别被打倒并下放到石娥所在的湖南林场隔离审查。此时石娥与贺子达的私生女儿盼盼已经十四岁，而其父母也旧情复燃。但残酷的政治审查环境和石娥始终怀有的“我不配”自卑心理，使二人终未能成为眷属。此时，楚风屏也因其为走资派而被打倒，孩子们也都成为狗崽子，俱被下放农村，住进被掉包后的姜家亲生儿子小碾子所在的田家。时日既久，掉包真相逐渐揭穿，这不仅使大、小碾子极为痛苦，最痛苦的还是楚风屏。但田妻生怕养子小碾子一旦认了他的亲生父母，田家就会鸡飞蛋打，连一个儿子也留不住，因此咬紧牙关，死不承认掉包之事。最终大碾子参军而走，小碾子继续务农，而楚风屏病在乡下。此前，贺子达真正的亲生儿子、被山民根儿养大的张根生在军校毕业后与乔乔相识并恋爱。张根生追随乔乔下乡，但他从小喜欢读书，上大学是他的梦想。为让情人能上大学，乔乔毅然嫁给掌握知青命运和大学名额的县知青办主任沈二蛋，换取了张根生的上大学名额。张根生百般拦阻未果，在不解和痛苦中伴随重病的楚风屏离开乡下。
文革结束后，贺子达、姜佑生、楚风屏俱复原职。真相大白后的贺子达对姜家为自己所做的一切所感动，说服大碾子改为姜姓。此后，在部队当上连长的大碾子与盼盼恋爱并结婚。从军事大学毕业的张根生在养母去世后获悉身世，但对亲生母亲杨怡竟是用亲生父亲贺子达送给母亲的手枪自杀一事耿耿于怀，因此拒不认父，并在全国掀起的平反冤假错案热潮中，一意为母亲平反。此时，张根生再遇离婚后返城的乔乔，二人联手寻找蛛丝马迹，终于获知杨怡蒙冤真相，并在这种联合查访中再生情愫。张根生认父后改名贺仪生，并与乔乔结婚。但新婚之夜，贺仪生发现乔乔仍是处女，玩笑中伤害了乔乔的感情，使这一基础并不牢固的婚姻产生裂痕。乔乔愤然出国留学，且一去就是六年。
时光荏苒，1985年中国百万大裁军，贺子达、姜佑生分别退休，而第二代军人大碾子和贺仪生成长起来，乔乔也学成回国，在世界500强企业霍尔公司就职。霍尔一意娶乔乔为妻，但因心脏病突发死亡。就在时，抗美援朝时姜佑生最赏识的军人、后来成为战俘并在海外致富的李兆魁为报答姜佑生的恩情，对姜家进行了巨额感情投资，并将投资隐姓埋名归于乔乔名下。但恰逢霍尔之死，使所有人都认为这笔投资是霍尔对乔乔“包二奶”的回报。这一事件使贺仪生与乔乔的感情复合再次成为泡影。此后，贺仪生成长为我军复合型人才，被任命为海军陆战旅旅长，而乔乔始终抱有“总有一天真相大白”的幻想。最后，二人在事业和生活的双重磋砣中，并在李兆魁回国揭穿投资真相后，终于赢得了真正的爱情。但姜佑生、楚风屏真正的亲生儿子小碾子却在农村因开山采石被炸身死，楚风屏闻讯病重，不治而亡。海陆军在现代化的形势下再次联合演习，大碾子和贺仪生大展雄风，而老态龙钟的贺子达和姜佑生回首往事，为一生中留下了这么多的军人机密和不可弥补的遗憾而百感交集。
演员 王学圻
身经百战，性格耿直，疾恶如仇，对好友姜佑生未能保全妻子杨怡的生命始终耿耿于怀。他情感上的一意孤行和从不自觉的过于自私，是姜贺两家持续半个世纪的爱恨情仇的主要根源，却也正是他的可爱处。
演员 薛山
虽然带有儒将风范，但其情感和理智始终交战不休的自相矛盾，使他对好友贺子达之妻杨怡的处置成为他半生的沉重包袱。他要顾全的东西太多了，包括爱。但正如妻子楚风屏所说，爱也会犯错误，甚至犯大错误。
演员 刘蓓
性格刚强的女性，自我牺牲的女性，爱心充盈的女性，情感受伤最重的女性，却终生为抚平丈夫和贺子达之间的仇怨而奔忙。像只护雏的老母鸡，姜贺两家的孩子都在她的翅膀下被温馨地爱抚成长。正应了那句古诗，蜡炬成灰泪始干。
演员 李易祥
始以为姓贺，复以为姓姜，实际上姓田，因为两个谎言，他被“狸猫换太子”一般折腾了三回，而且全都因为爱——这爱也太沉重了吧。幸亏他有坚强的神经，终于在大人们和他自己的情渊孽海中浮出水面，成长为我军爱兵如子的陆军将领。
演员 李光洁
都以为他死了，他却活着；都以为他姓张，其实却姓贺。嗜书如命，在情感上却疏于深察，待要改正错误时，已经付出太多的代价。但他是不可多得的复合型人才，坚强的性格，缜密的思维，顽强的毅力，使他从最基层脱颖而出，终于事业有成。
演员 王彤
生为将军之女，做事特立独行，口口声声先事业后生活，其实终生只为一个情字奔忙。但爱上的人偏偏疏于情感，迭遇丑闻更让她屡遭误解。个性就是命运，她的情感命中注定要在磋砣岁月中经受最严峻的考验。
《军人机密》是中国最长的当代军事题材的电视连续剧之一，由刘蓓、王学圻等演员出演，同时它也是以导演张黎领衔的《走向共和》原班摄制人马重新集结后再度创作的一部投资数千万元的大制作。
45集电视剧《军人机密》则创下了军事题材电视剧两项国内“第一”——投资最大，总投资超过3000万元和筹备时间最长。《军人机密》光剧本就创作了8年之久，从筹划到开机历时两年。该剧在场景布置上也十分考究，全剧不仅使用真枪真炮，连主要场景都在青岛海军基地实拍。从北京、上海的场景拍摄之后，还开赴湖南大围山国家森林公园拍摄。
据张黎介绍，《军人机密》的本子8年前就有了，当年就有电视台要拍，但后来几经波折没有拍成，到他这里，导演已经换了两次，剧组第三次建组，终于拍摄成功。该剧于2003年10月月底杀青，于2005年4月13日在BTV-4播出。
