1993年，江苏省全面推开初高中分流的中小学体制改革，无锡市第二中学这所江南百年名校，也面临初中剥离的形势。关心母校发展的一些老校友们提出建议，为确保高中的优质生源，保留初中教师队伍，由校友会承办民办中学。于是，在改制后的第二年（1994年），经审批，无锡市民办辅仁中学建校招生。
取名“辅仁”，经过长时间的酝酿。二中的前身是私立辅仁中学，学校创办者以繁荣无锡的文化教育为己任，他们不谋私利，筹措资金，延聘名师，开辟了无锡教育的一片新天地。七十多年后，民办学校适应改革开放的需要又一次亮相锡城，作为一个新型的办学主体，学习前人的高风亮节，为社会多办好事、善事，既是一种社会责任，也是一种道德追求，经校友会提议，新办的学校取名“辅仁”。
“辅仁”两字，取自论语“以文会友，以友辅仁”。仁，是中国传统的治国方略，也是国民一贯追求的道德取向。校友会希望，民办辅仁中学能够坚持全面发展的教育方针，以德治校，励精图治，办出成绩，办出水平，重振当年辅仁中学的雄风。
民办辅仁的建校得到广大校友的支持，北京、上海、南京校友会纷纷发来贺电、贺信。三八届校友、香港著名实业家唐宏源先生先后捐赠数拾万港元，赞助校舍建设和添置教学设备。德高望重的老校友李永锡先生，虽然年事已高，但为建校出力奔走，多方沟通。他们为辅仁的创办，出力出资，功不可没。
“辅仁”实行董事会领导下的校长负责制。首任董事长由校友会会长黄宁一同志担任。首届董事会成员17人，为便于工作，设立常务董事会，黄俊卿同志、夏秀英同志被推选为副董事长。首任校长胡锡栋同志，第二任校长李振权同志，第三任校长周建平同志，第四任校长黄民南同志，第五任校长田胜龙同志。现任董事长周建平同志。
二十年，历史长河中的瞬间，但辅仁却实现了时空的跨跃。
1994年，辅仁在校学生180名。今天，来自全市数十所小学的近1200名优秀学生在这里接受良好的教育。学校多年来坚持八轨制，不盲目扩招，努力办成一所人民满意的精品学校。
1994年，全校教师仅16名，全部向二中借用。今天，已形成了一个本科率接近100%、职称比例合理、敬业爱岗、业务精良的优质师资群体。这个师资群体和谐稳定、刻苦钻研；这个师资群体静心教书、潜心育人；这个师资群体已有18位老师被评为教学新秀、教学能手和学科带头人。
1994年，作为一所初创的民办中学，辅仁未被认知。今天，辅仁以优良的校风，严谨的教风，求实的学风，成为广大小学毕业生理想的求学场所。民办辅仁中学先后被评为无锡市文明单位、无锡市德育先进单位、江苏省现代化示范初中。学校党支部被评为无锡市教育系统凝心聚力先进党组织。学校团委被评为无锡市五四红旗团委。
二十年，不懈探索。我们坚信：“路就在脚下，勇于实践，不断探索，定能成功”。辅仁坚持“传承道德文明，弘扬先进文化，培养创新能力”的办学宗旨，全面贯彻党的教育方针，努力开展人文教育，引导学生“政治上能自辨，道德上能自律，学习上能自强，行为上能自控，生活上能自理”。自强不息成为辅仁师生的灵魂。
二十年，辛勤耕耘。辅仁教师，严谨善教，求真务实；辅仁学生，勤奋学习，善于思索，追求真知，勇于创新，在各项学科竞赛中屡屡获奖，历届毕业生绝大部分达到重点高中录取线。辅仁毕业生，一大批就读于北大、清华、复旦、交大、南大等著名高校。
二十年，辅仁巨变。办学初期，租借二中的校舍。辅仁教职工从零开始，艰苦创业，三次征土35亩，2000年5700平方米的教学大楼拔地而起，2003年又建成7200平方米的综合实验楼。2008年学校建成了包括250米环形塑胶跑道的田径场和喷泉莲池等景点。今天，辅仁拥有了设施完善的教室、实验室、图书馆、体育馆、报告厅。教室里窗明几净，一尘不染；校园里喷泉池沼，鸟语花香。辅仁的面貌发生了日新月异的变化。
辅仁坚持“校风、教风、学风”的建设。我们倡导“正直、严谨、挚爱、奉献”的教风。正直为师之魂，严谨为教之范，挚爱为师之情，奉献为师之品。辅仁坚持以这样的指导思想建设自己的师资群体。我们倡导“明道进德，励志图强”的校风，鼓励全体师生明做人处事之道、明求学执教之道，立远大志向，建报国伟业。师风的导引，校风的熏陶，辅仁学生逐步养成了“勤学求索，务实创新”的学风，他们在这片沃土中健康地成长。
1998年，辅仁建立直属党支部，李振权同志担任书记，现有党员24名。全体党员事事争先，在学校的各项工作中发挥了先锋模范作用。
2003年，无锡市第二中学更名为无锡市辅仁高级中学，校名改了，与民办辅仁中学的关系依然密切，在无锡老百姓的心目中，一个是大辅仁，一个是小辅仁，似乎两个辅仁本来就是一家人。回首过去的二十年，民办辅仁探索和艰辛交织，发展与奋进辉映，结出了累累硕果；展望未来，辅仁的前景将更加光辉灿烂。
