南开学校肇始于天津。张伯苓原为北洋水师见习军官，目睹了甲午战败后"国帜三易"的悲愤一幕，立志教育救国，遂弃武从教，在严修家馆讲授新学。
1904年10月，严修与张伯苓创办新式私立中学堂。
1907年，学堂迁往天津城南开洼，称为"南开中学"。
1919年，创办南开大学。
1923年，创办南开女子中学。
1927年，成立社会经济研究委员会(后改称南开经济研究所)。
"九一八"事变后，华北形势危急。为了实现教育救国的理想，并保证教育工作不因时局变化而中断，已过天命之年的张伯苓校长决定把南开学校办到全国各地，除已建成的中学、大学(在天津)外，另在四川、上海、东北各添办一所中学。
1935年3月，张伯苓派次子、南开大学的张锡羊到四川成都负责筹建南开大学分校的选址和购地。在成都校友协助下，购得华西坝学府地带土地80亩作为建校基地，但此后建大学分校事再无其他进展。
1935年11月，张伯苓校长赴四川考察，并决定在四川设立南开中学，作为将南开学校办到全国各地的发端，几经考虑，最终决定选址重庆，"以交通便利故"。校名原拟定名为重庆南开中学，因按部章，私立学校不准设立分校，始订校名"南渝"，取南开与重庆结合之意。
1936年2月，校长即派天津南开中学主任喻传鉴及严伯符、宋挚民来重庆筹备设校。
1936年9月11日，重庆私立南渝中学正式开学上课，招初一、初二及高一三个年级，学生二百余，教职工十余人。
1937年4月，四川省教育厅委托学校办女生部，其条件限制颇多，将形成一校两制，不便管理，被婉拒。女中部实施自行办学。
1937年7月，"七七"事变爆发，平津沦陷，天津南开校舍被日机轰炸焚毁。是年，津校部分师生于平津战役序幕初展时，即辗转来渝，继续工作、求学。
1937年10月，学校接管自贡私立蜀光中学。
1938年4月，为解决本校教职工子女上小学问题，张伯苓在芝琴馆楼下拿出一间教室办小学，取名南友小学。
1938年12月，更名为重庆私立南开中学，以示南开学校生命之延续及不屈之决心。
1939年8月，南开经济研究所迁入，继续开展研究工作，并招收研究生。
1940年起，学校划归重庆市社会局管辖。
1940年8月，南友小学校名改为南开临时小学。
1942年10月，美国总统特使威尔基来华，特到学校参观，曾倍加称赞。
1945年，抗日战争胜利，天津南开各校相继复校，至此，南开大、中、小学遂成体系。
1947年1月，南开经济研究所由重庆迁回天津。
1952年12月，重庆私立南开中学由私立改为公立。
1953年，更名为重庆第三中学，并被确定为重庆市重点中学。
1957年，周恩来总理访问亚非拉归来，与贺龙副总理到校视察。
1960年，被评为全国百面红旗，傅震垣校长代表学校出席了全国教育系统群英会。
1980年7月，学校被四川省教育委员会确定为四川省首批好的重点中学(共33所)之一，并确定为重庆市首批办好的重点中学(共6所)之一。
1984年5月10日，学校恢复南开中学校名，邓颖超题写了校名。
2006年，重庆南开中学初中部整体搬迁进入融侨半岛，重庆南开(融侨)中学即重庆南开中学在融侨半岛的分校。
2015年7月，重庆南开中学下划沙坪坝区教育委员会管理。
办学规模
截至2012年11月，重庆南开中学共有两个校区(校本部、融侨校区)，占地面积291197平方米，其中绿化面积159215平方米，运动场地面积57000平方米，校舍总面积234726平方米，其中教学及辅助用房面积54837平方米;共有151个教学班，在校学生8787人。
硬件设施
截至2012年11月，重庆南开中学建有教学楼、图书馆、科学馆、艺术馆、
体育馆、游泳馆、男女生公寓等，学生运动场地2万多平方米，图书馆藏书12万余册。实验楼总建筑面积8000余平方米，设有理、化、生学生分组实验室26间，演示实验室11间，仪器室、药品室、标本室等16间，教师办公室6间。此外，学校还成立了现代教育技术中心，建造了天文台、天象馆、多媒体校园网等设施。
截至2012年11月，重庆南开中学共有教职工586人，其中专职教师494人。专职教师中中、高级职称325人;专职教师中大学本科以上学历491人。35岁及以下人数为331人。
特级教师:田祥平、姚显荣、张发光、毛明山
中学正高级教师:张发光
