沙尔克04足球俱乐部
2001年3月1日，诺伊尔加盟沙尔克04足球俱乐部，经历了沙尔克04每一年龄级别的赛事。2004年入选沙尔克04二队。2005年，诺伊尔与沙尔克04签订了职业合同，并且在2005-06赛季的德甲参赛名单中位列第三号门将。他在2005-06赛季曾两次入选替补阵容，其余时间则主要代表二队参加德国足球高级联赛。2006-07赛季逐渐取代球队队长弗兰克·罗斯特成为主力门将，罗斯特随后转投汉堡足球俱乐部。
2006年年初，诺伊尔被评为盖尔森基兴市年度最佳运动员，此前还曾赢得过“弗里茨-瓦尔特奖”（德国青年球员奖）。
2006年8月19日，2006-07赛季德甲第2轮客场对阵亚琛队，由于主力门将罗斯特小腿受伤，诺伊尔迎来个人职业比赛处子秀，帮助沙尔克04客场1：0胜亚琛队，从第10轮主场2：2战平拜仁慕尼黑一战开始，诺伊尔彻底取代罗斯特成为沙尔克04一号门将。2006-07赛季有13场比赛保持球门不失，扑救成功率高达78.6%。2006-07赛季，诺伊尔随同沙尔克04获得德国足球甲级联赛亚军，诺伊尔以2.61分成为kicker评分最高的球员，当选2006-07赛季德甲最佳门将（上场27次/进0球/助攻1次/失21球）。
2007-08赛季，诺伊尔参加了德甲的全部34场比赛，并随队出征2007-08赛季欧洲冠军联赛。
2008年3月5日，2007-08赛季欧冠联赛1/8决赛次回合，沙尔克客场挑战波尔图，诺伊尔化解了对方的多次射门，沙尔克在90分钟内0：1不敌波尔图，双方总比分战成1：1，加时赛双方均无建树。点球大战上，诺伊尔扑出对方两个点球（布鲁诺·阿尔维斯、利桑德罗·洛佩斯），沙尔克4：1淘汰波尔图，挺进8强，沙尔克04创造了自参加欧冠以来的历史最佳成绩。
2008-09赛季，诺伊尔由于在赛季前脚部骨折，休息了较长的一段时间。球队在欧洲联赛被及早淘汰，在德国杯也止步八强，这是诺伊尔在沙尔克04期间的最差成绩。
2009-10赛季，诺伊尔再次保持全勤，打满全部德甲比赛，该赛季沙尔克04再次获得德甲亚军，这也是诺伊尔自己的第二个德甲亚军。2010年5月9日，2009-10赛季德甲第34轮沙尔克客场对阵美因茨，诺伊尔扑出包括一粒点球在内的多次射门，0封对手帮助球队战平从客场带回一分，成为本轮最佳球员，沙尔克04在获得2009-10赛季德甲联赛亚军的同时还成为2009-10赛季失球最少的最佳后防球队之一，整赛季失31球.
2010-11赛季，当原沙尔克04队长海科·韦斯特曼转投汉堡后，诺伊尔被主教练菲利克斯·马加特任命为新任队长。2011年2月4日，2010-11赛季德甲联赛第21轮，鲁尔德比战，沙尔克04客场挑战多特蒙德，诺伊尔10次扑救0封多特，沙尔克04最终0：0逼平多特，客场带走一分。2011年3月3日，2010-11赛季德国杯半决赛，沙尔克04客场对阵拜仁，依靠上半场劳尔的头球和诺伊尔0封对手的表现，沙尔克1：0战胜拜仁，挺进德国杯决赛。2011年4月20日，沙尔克04宣布诺伊尔不打算在2011-12赛季结束后延长与俱乐部的现有合同。2011年4月27日，欧冠半决赛对阵曼联，两回合沙尔克04以1：6的总比分不敌曼联，止步欧冠半决赛。2011年5月22日，德国杯决赛，沙尔克04在德国柏林5：0大胜杜伊斯堡，夺得沙尔克04历史上的第五个德国杯冠军，也是诺伊尔以队长身份首次捧起自己在沙尔克04正式出道5个赛季以来的首个冠军杯。2010-11赛季，诺伊尔被德甲球员和德国权威踢球者评委会选为2010-11赛季德甲最佳门将。
拜仁慕尼黑足球俱乐部
2011年6月8日，诺伊尔前往拜仁慕尼黑体检，并和拜仁正式签约一份至2016年6月30日期满的5年合约，诺伊尔正式转会到拜仁慕尼黑，成为拜仁慕尼黑新1号门将。转会费高达2000万欧元并附加有和成绩挂勾的后续条款，成为德甲历史上身价最贵的门将。
2011年7月31日，诺伊尔以210票当选德国权威杂志《踢球者》最佳球员，亦即2010-2011赛季德国足球先生。
2011-12赛季，拜仁以22个赛季失球成为德甲失球最少的球队。诺伊尔本人也以1147分钟不失球超越了卡恩保持的记录并创造门将不失球新记录。德国杯半决赛，在与门兴点球大战中，诺伊尔扑出诺尔特韦伊特的点球使得拜仁以4：2晋级德国杯决赛；在欧冠半决赛与皇马点球大战中，诺伊尔更是连续扑出C罗和卡卡的点球，使得拜仁最终晋级决赛。最终的欧冠决赛拜仁在点球大战中负于切尔西。
2013年6月3日，2012-13赛季德国足协杯决赛在柏林的奥林匹克体育场上演，已经夺得了联赛冠军和欧冠冠军的拜仁慕尼黑以3：2力挫斯图加特，获得了德国足协杯冠军的同时，成为了德国首支“三冠王”的球队，也是欧洲第七支“三冠王”队伍。前6支球队分别为：1966-67赛季的凯尔特人、1971-72赛季的阿贾克斯、 1987-88赛季的埃因霍温、1999-2000赛季的曼联、2008-09赛季的巴塞罗那和2009-10赛季的国际米兰。
2014年1月7日，国际足球历史和统计联合会（IFFHS）揭晓了该机构评选的2013年度世界最佳门将。最终拜仁门将诺伊尔高票当选，成为卡恩之后又一获此殊荣的德国球员。
2016年12月，在国际足球历史和统计联合会（IFFHS） 评选的2016年度世界年度最佳门将中连续第四次排名第一。
2016年12月25日，英国《卫报》2016年度百大球星正式出炉，排名第18 。
2017年6月7日，德国职业球员工会（VDV）公布了本赛季德甲的各项大奖，诺伊尔入选赛季最佳阵容。
2017年8月4日，曼努埃尔·诺伊尔入围2016-17赛季欧冠最佳门将候选人。
2009年6月3日，德国队与阿联酋队的友谊赛中，诺伊尔迎来国家队首秀，最终德国队7：2战胜阿联酋。2009年入选德国U21国家队参加欧青赛，2009年6月30日，德国队4：0大胜英格兰，获得历史上首个U21冠军。
2010年6月，诺伊尔被任为德国队1号门将出征南非世界杯，德国队最后得了季军，诺伊尔凭借世界杯上6场比赛的实力表现获得2010南非世界杯国际足联（FIFA）官方数据最佳阵容中的最佳门将。
2014年7月，诺伊尔入选德国国家队征战巴西世界杯。因其活跃的场上表现被球迷戏称为“清道夫”，并为其专门制作了一个位置称为“门卫”，即既是门将又是后卫。在德国与阿尔及利亚的八分之一决赛中，诺伊尔的跑动距离达到惊人的5.5公里，多次冲出禁区解围全部成功，一战封神。在半决赛对战巴西队中，面对对手的狂轰滥炸，力保球门89分钟不失，最后德国队以7：1大胜东道主巴西。在7月14日的世界杯决赛对阵阿根廷队中，多次在禁区内化险为夷，力保球门不失并帮助球队1：0取胜，夺取第20届巴西世界杯的冠军。在本届世界杯上，德国队球门仅丢四球。同时，诺伊尔凭借在世界杯上的优异表现，斩获了金手套奖。
诺伊尔毫无疑问是拜仁的首发门将，他也是世界上最好的门将。我可以从他身上学到新东西。
诺伊尔不仅是一名门将，更是一位清道夫，他屡次冲出禁区，通过头球、滑铲和解围，将对手的威胁球从起点就杀死。这种踢法，需要的是对球队距离感、位置感和防守能力、爆发力都足够出色，诺伊尔恰恰将他的这些特点，用比赛展现的淋漓尽致。 （新浪体育评）
诺伊尔配得上金球奖，他是世界杯冠军，他把门将位置提升到了一个新的层次，在世界杯上改变了门将在比赛中的定位，他不仅只是门将，还是参与到比赛中的一名球员，这是他和其他门将的最大不同。很难把诺伊尔和过去的门将相比较，因为他们处于不同的时代，但我认为他是当今足坛上最好的门将。
