指南宫俗称仙公庙，建于清光绪16年（1890年），主祀吕洞宾，是台湾著名的道教胜地，庙宇建筑分正殿、凌霄宝殿、大雄宝殿及大成殿四部分。正殿即孚佑帝君大殿，是全庙最早建立的一座；往左经南天门牌楼可抵后方的凌霄宝殿，其建筑宏伟，雕绘精巧，气象万千；正殿右后方则为大雄宝殿，供奉泰国赠予的释迦牟佛像，该殿为金黄色圆顶建物，四周嵌坐数座佛像，是指南宫最雄伟的建筑；至于大成殿则位在最后方，殿内供奉孔子、孟子、曾子及尧舜禹三宫大帝，殿宇庄严肃穆，周遭环境雅洁静谧。
规模宏大的指南宫几乎涵盖指南山整片山坡地，由山脚下，远远就可望见其巍峨金黄的屋顶，山上的广播声亦时有所闻，正殿前则小吃、摊贩密集，可见其信徒众多、香火鼎盛的程度。从庙门前远眺，极目所望可及台北盆地、淡水河和观音山，居高临下的灵秀之气尽现。
交通
车 或 指 南 客 运 1 、 2 路 直 抵 指 南
该庙缘于吕祖信仰，清光绪八年 (1882年)淡水县令王彬林赴台上任时，奉命恭迎山西芮县永乐宫吕祖神像至台祀奉，最初供奉于万华玉清斋，光绪十六年(1890年)在现址上专门修建了一座供奉吕祖的小庙，直到1921年才开始增建，修成今日之规模。1966年又扩建了六层高的凌霄宝殿，最上层凌云殿供奉玉皇大帝、三官大帝、吕祖、关帝、文昌等神；中层三清殿供奉元始天尊、灵宝天尊、道德天尊、东华帝君和瑶池金母；下层“梦告所”原为善男信女祈求吕祖托梦的地方，现为中华道教学院所用，从而吸引了大批信徒。指南官因供奉的神多，所以庆典也特别多，大型的有五次：一是农历的正月初一至初五，庆贺玉皇大帝诞辰节；二是农历的三月三十至四月初六，庆贺释迦牟尼圣诞节，并举行隆重的浴佛大典；三是农历的四月十二至十四庆祝吕祖圣诞，并举行道教信徒皈依大典；四是农历的五月初十至十八祝贺吕祖成道日，适时举行隆重的大法会；五是农历九月初一至初九，举行九皇礼斗法会，庆祝斗姆元君诞辰。如此众多的宗教活动和日常事务均由指南宫常设的管理委 员会来主持，从 1991年起管委会主任委员为高忠信。 指南宫位在政大后山约2公里的猴山岳上，海拔285公尺，是由政大往笔架山、政大山、猴山岳的必经之路。民间传说男女朋友不宜共游指南宫，否则会遭吕洞宾嫉妒而分离，为指南宫增添了不少神话色彩。
清德宗光绪八年（1882年），淡水县知县王彬林往台履任时，将吕祖分灵迎奉往台。初供奉于艋舺（今万华）玉清斋。 其后，景美街许多乡民因传染病而死，当地士绅乃将吕祖神像请到景美，传染病渐渐平息，更有双目失明而重见光明者，多年未有子息而求助吕祖后得子者，遂令前往顶礼膜拜的信众日多。
仕绅们感念吕祖之神恩，有地主捐出土地，乃于清光绪十六年（1890年）在现址建指南宫。起初供于艋舟甲（今万华）玉清斋，后又分灵奉祀于景尾的肫风社、深坑的集文堂、淡水的行忠堂、新竹的普济社、兰阳的唤醒堂等处。绪十六年在现址建指南宫。1920至1959年间曾多次扩建重修1920年至1959年曾多次扩建。1991年开始，以不改变殿宇本貌的原则下，进行维时七年的重建本殿工程。
指南宫为儒道释三教同体的宏伟丛林。从最早供奉吕祖的本殿外，陆续完成了大成殿、凌霄宝殿、大雄宝殿，还有尚未竣工的地藏王宝殿，可谓五殿同立。
以道教为主体的纯阳宝殿又称本殿，奉祀吕纯阳祖师，中悬着“天下第一灵山”的牌匾；凌霄宝殿内有三清殿、三官殿等奉祀玉皇上帝、三清道祖与三官大帝。指南宫地处指南山腰，从山下至宫门前，须登山阶千余级，然后可俯瞰台北全市景色。该宫按照吕祖“三教同体”的教义，殿堂设置以尊道为中心，兼祀儒释，建有孚佑帝君大殿、凌霄宝殿、大雄宝殿和大成殿等，殿宇颇为宏伟。孚佑帝君大殿奉祀主神吕纯阳祖师。凌霄宝殿依山叠建三层最上层为凌云殿，供奉玉皇大帝、三官大帝和吕祖、关帝、文昌等神；中层为三清殿，供奉元始、灵宝和道德天尊以及东华帝君、瑶池王母、最下一层原是“梦告所”，传说吕祖常对祈求他的善男信女托梦应答，常有信徒到此求
梦以决疑难。据传，原在下层设有许多“托梦屋”，或大或小，按捐资多少分配。信徒们须先在神前掷筊获允后才可进入托梦屋。只许女眷入屋，不准男子进入。二十世纪五十年代以后，求梦习俗已逐渐废止。大雄宝殿的正殿奉祀佛祖释迦世尊，阿弥陀佛与药师佛，圆通宝殿供奉观音菩萨。大成殿奉祀至圣先师孔子。
经过山门来到拜殿，可看见一对龙柱，龙头向上翘起。进入殿内，向围着红色栏杆内的神龛地上仔细看，会发现有盘龙吐珠的“龙陛”。绕过鼓楼，来到孚佑帝君大殿，是三层楼的建筑，一楼香客房，提供夜宿，也就是以前的祈梦室。在当时，假如信徒有所祈求，而且得到吕仙公的同意住进祈梦室，那么就可以在夜梦中得到指点。循着仙公庙后的左侧小径，可到达大雄宝殿。二、三楼是正殿，供奉释迦牟尼佛，其中巿一尊是泰国巴博元帅惠赠的泰国国宝－释迦牟尼金佛，是参照印度科达时代的印度佛像形态，由九种金属矿石精工铸成，是该庙最特别的一尊佛像。从仙公庙后的右侧小径，顺着景色怡人的斜坡廊道直走，就可来到凌霄宝殿。天兵天将护卫在门檐上，殿内有许多神佛，显得庄严肃穆。沿宝殿左侧走道过去，是指南观光乐园，视野辽阔。旁边有露营场，两地之间有山路通孔子殿，殿外有白墙，墙上有孔子和弟子周游列国的浮雕，并环绕一只麒麟，象征孔子的精神，就像凤麟角般珍贵。另外，有件事值得一提，据说吕洞宾当年追求不到八仙中唯一的女性－何仙姑，因此会嫉妒在一起的情侣。
大雄宝殿又称佛祖殿，奉祀释迦牟尼佛、阿弥陀佛、药师佛与观音菩萨，佛教为主体。
指南宫后山的大成殿亦称孔庙，为原来之清心阁所改建，奉祀至圣先师。各殿的设计建筑，巍峨雄伟，壁画石刻，雕梁画楝，全是名家精心杰作，充分表现中国传统的建筑艺术风格。
此外，还有奉祀土地公的福德祠，祠前有依地理风水而建的七星池，沿着池旁的石阶往上走，可到指南宫回廊，饱览木栅观光茶园的景色。而遍植奇花异卉的指南宫观光乐园，豢养了各种珍禽异兽及天然鸟园，由于木栅动物园的开放，现不对外开放。
纯阳宝殿：为主殿，主祀吕仙祖。
凌霄宝殿：二层楼建筑，主祀元始天尊、玉皇大帝、王母娘娘与诸位帝君、星君。
大雄宝殿：为佛教道场，广场前门依仪规设有天王殿，即供有弥勒佛像与四大天王像。
大成殿：主祀孔子与七十二弟子。
指南宫的主要庆典有玉皇礼斗法会（正月初一至初九）、年斗（正月十五）、安太岁（正月十五）、光明斗（正月十五、六月十五）、浴佛大典（四月初二至初六）、皈依仪典（四月十四）、孚佑帝君成道祝寿礼斗法会（五月十六至十八日）、九皇礼斗法会（九月一日至九日）、护国祈安大清醮（十月廿一至廿九日）、普度阴阳的佛灯祈愿（正月十五，以上均为农历）等。其中尤以孚佑帝君成道日及八月初二日指南宫建庙日，最为热闹，烧香信徒扶老携幼，陆绎不绝。 指南宫设有管理委员会，主持宫内日常事务和全年的宗教法会活动。
