本庙主祀台湾府城隍威灵公。配祀有城隍夫人、观音菩萨、地藏菩萨、注生娘娘、天上圣母、福德正神、月下老人、十八罗汉、文武判官、范谢将军、甘柳将军、二十四司等神佛。二十四司，是城隍爷的属官。
台南俗说，二十四司中的“考功司”考核官吏成绩，“学政司”则是管理人类的教育与考运。故每逢考季，以“学政司”、“考功司”最为热门，“学政司”、“考功司”的案前总是摆满准考证影印本，考生崇信万分。另，其中“速报司”与“地狱司”造型威显赫赫，颇富艺术美感。
另，本庙的门神彩绘是潘丽水大师的作品。
本庙有一匾额上书“尔来了”三大字，令人不寒而栗。本庙“尔来了匾”与台南天坛的“一字匾”与竹溪寺的“了然世界匾”合称“台南三大名匾”。
正殿挂有大算盘，是1937年由善信陈江山所献，上框刻“台南府城隍庙”六字，下框刻“丁丑年陈江山奉献”，左右刻联“善恶权由人自作，是非算定法难容”，这些字句，象征城隍爷以算盘计算世人功过，有戒恶扬善的意味。
报载，有一居住桃园龙潭的陈姓善信肺病久不愈，后梦见“府城隍”欲为其治病，肺病竟大有起色。陈姓善信遂依客家人祭祀大礼，至本庙奉献六百斤的神猪，并请客家八音团演奏音乐，答谢神恩。
