南方医科大学图书馆随学校创办而诞生、随学校的变迁而变迁，历次更名为：1951年东北军区军医学校图书室、第十一军医中学图书室、第十一军医学校图书室，1958年齐齐哈尔医学院图书馆，1962年解放军齐齐哈尔医学院图书馆，1965年齐齐哈尔军医学院图书馆，1966年中国人民解放军医学院图书馆，1975年第一军医大学图书馆。2004年8月随学校整体转制，改为现名南方医科大学图书馆。
南方医科大学图书馆秉承“资源、服务、管理”三位一体的发展模式，是教育部科技查新工作站（Y01）、广东省高等学校数字化文献资源共享服务体系六个资源中心之一——医学数字资源中心和广东省高等学校图书情报工作指导委员会服务创新委员会的主任委员单位。包括校本部和顺德两个馆区，总建筑面积44，661平方米；图书馆现有工作人员38人，下设流通阅览部、文献采编部、信息技术部、参考咨询部、综合业务部、决策信息部和医学情报学教研室；馆领导2人，其中馆长兼党支部书记1人，副馆长1人。
作为“广东省医学数字化教育教学资源中心”和“211工程”三期广东省高等学校数字化文献资源共享服务体系之“医学数字资源中心”， 截至2017年10月，图书馆拥有纸质文献246.93万册，电子图书210余万种，电子期刊3.8万种；拥有 SCIE（科学引文索引）、Science、Nature、JAMA（美国医学会杂志）、NEJM（新英格兰医学杂志）、Lancet（柳叶刀），BMJ（英国医学杂志）等世界综合医学杂志、各医学学科外文核心期刊、电子图书、实验室指南、临床医师考试题库及手术视频、解剖图谱等数据库共67种；自建了南医院士文库、南医学位论文库、南医专业课程电子教材库、南医机构知识库和学科资源网等， 形成了生物医学文，涵盖文、史、哲、政、经、法、教育、管理等学科的馆藏资源体系，基本实现了馆藏资源数字化的建设目标。
2007至2008年，随着校本部和顺德校区两座新馆先后建成启用，给学校的教学科研医疗建设和发展提供了较好的支撑条件。两个馆区拥有阅览座位4700个，研讨室40余间，读者用机180台，周开放时间达到98小时，考试月期间更达到105小时，实行藏、借、阅一体化的管理和服务模式。文献布局除传统的图书、报刊、电子等阅览区外，还设有iPad数字阅读体验区、经典阅读专区、赠阅交换专区、毕业生捐赠专区和休闲空间等区域。此外，两个馆区大楼均实现无线网络全覆盖，并通过启用自助打印复印扫描、自助借还以及可与门禁实现无缝对接的阅览座位管理系统、研讨室管理系统、视频客流系统、馆内信息发布系统和控烟卫士语音报警系统等，为读者提供了更加个性化、人性化和智能化的舒适空间和便捷服务，受到了读者的肯定和欢迎。2016年，读者入馆160万人次，图书借还34.4万册，网站访问量达300万次。
近年来，图书馆注重拓展新的服务方式，增加知识服务的内涵。通过开展学科馆员服务，加强图书馆与各学院之间的联系，进一步强化图书馆文献信息服务功能；通过开展预约续借和虚拟参考咨询等服务，满足全校师生用户的日常信息需求；通过开展数字图书馆、移动图书馆（http://lib.smu.edu.cn）以及VPN远程访问等服务，满足校内外用户24小时全天候随时随地查询、利用图书馆的资源和服务；通过“教育部科技查新工作站”的建设，满足校内外科研人员的科研立项、科技成果查新、代查代检、文献传递、论文重复率检测和论文润色等深层次情报需求；通过已开展20多年的国际书刊交换工作，满足台湾和日本出版期刊的馆藏建设需求；通过与中国高等教育文献保障系统（CALIS）、CALIS全国医学文献资源共建共知共享网、上海图书馆等多家单位建立文献服务联系，促进资源共建共享，加强文献保障力度。
作为全国较早开设医学文检课的单位之一，1979年就为全校读者开设了图书馆利用、国外检索刊物介绍的讲座，1994年成立医学情报学教研室。教研室十分重视医学信息检索课程规范化建设，无论在授课对象、授课方式还是授课内容等方面均处于全国高等医学院校的前列。目前，针对本科生、硕士生开设有《医学信息获取与管理》，针对临床医学留学生开设全英语授课的《Medical Information Retrieval & Management》等课程。此外，还常年向读者开设免费的“数字资源培训”、“新生入馆教育”、“送培训，到科室”等讲座。2001年，《医学研究生文检课‘三、四、五’教学模式的研究与实践》获得全军优秀教学成果三等奖。2004年以来，先后有一人次获得“南医优秀教师”的光荣称号，14人次分获学校教学优秀一、二、三等奖。《医学信息获取与管理》先后获得广东省精品资源共享课程、广东省研究生示范课程、广东省特色教育教学改革、广东省高等教育研究和改革等项目建设。
2004年以来，累积发表教学和科研论文逾百篇，同时在英国《Library Review》上发表“Finding the Evidence for Therapeutic PICO Questions on Four Electronic Resources ”一文,实现了我馆国际论文发表零的突破；作为主编单位，负责编写并出版了《医学文献检索》、《医学信息获取与管理》、《现代医学信息检索》、《网络医学信息检索与发布》、《医学信息检索与利用》、《现代网络医学技术》、《生物医学搜索引擎与网络信息资源建设》、《Medical Information Retrieval and Management》、《医学信息搜集的途径与方法》、《现代医药信息检索》、《医学图书馆学》等教材与专著，参加了卫生部规划教材《医学信息检索》（专科用）以及《医学图书馆理论与实践》的编写工作。2006年，《生物医学搜索引擎与网络信息资源建设》获第三届全国教育科学优秀研究成果三等奖；《生物医学搜索引擎的比较评价与开发利用》获广东省科学技术奖三等奖。先后主持广东省“211”工程三期公共服务体系建设项目、广东省教育科研“十一五”规划项目、广东省高等学校继续教育体系建设项目、广东省科技计划项目、广东省自然科学基金博士启动项目、广东省医学科研基金课题、863项目子课题、省卫生厅项目、省教育厅项目、教育部科技发展中心科技论文快线项目、卫生部留学人员基金项目以及省高校现代教育技术“151”工程项目的研究，获得进校研究经费600余万元。
为大力引导读者走近图书馆、认识图书馆、利用图书馆，促进校园读书风尚，营造热爱读书、崇尚学习的校园文化氛围，自2007年以来，图书馆以每年4月23日“世界读书日”为契机，围绕书刊导读、电子资源推广、文献资源建设、读者文明行为规范、读者互动等分主题，组织、策划和实施了以“走近图书馆”为主题的宣传推展月系列活动，调动和提升广大读者阅读和利用图书馆的积极性和主动性，提高了广大读者的文化素养和信息素质。“走近图书馆”这一校园文化品牌系列活动的开展，注重了形式与内容的不断创新与实践，迄今已连续举办十届，在全校读者中产生了较大的影响。
2010年10月，南方医科大学图书馆与香港大学余振强医学图书馆建立了书刊交换合作关系，2011年6月双方开展了图书互赠，圆满开启了图书馆与境外高校馆图书互赠的第一步。2012年8月，图书馆与台北医学大学图书馆缔结为“姊妹馆”，并签订了正式合作协议。双方约定在平等互惠的基础上，开展资源共享、馆际互借、文献传递、期刊交换、图书互赠及人员互访等方面的合作。今后，图书馆将进一步深化与世界各国和各地区图书馆的交流合作，在交流中寻求共同的发展和进步。
2009至2010年，由图书馆指导的读书之友协会和图书馆志愿者组织相继成立。读书之友协会以“共同追求美、自由、热情、快乐、睿智的生命历程”为宗旨，成功举办了图书漂流、“博学杯”知识挑战赛、编辑出版征文作品集等一系列活动。而志愿者组织则是为了克服馆员不足的实际困难，在学校配备的100名学生助理基础上，通过招募学生志愿者协助开展现刊管理、馆藏检索服务以及读者意见和建议征集等工作。近年来，志愿者们的无偿服务为图书馆的工作注入了活力与生机，已成为联系图书馆与读者之间的桥梁和纽带。
