1980年6月9日，经新疆维吾尔自治区人民政府批准成立博格达峰省级自然保护区。
1987年，中国科学院在此设荒漠生态系统观测试验站，
1990年，博于被联合国教科文组织批准纳入国际生物圈网络，由天池博格达峰自然保护区和中国科学院阜康荒漠生态站北部梭梭林保护区两部分组成，全称“中国温带荒漠区博格达北麓生物圈保护区”，是新疆第一个、中国第七个被纳入联合国“人与生物圈网络”的保护区。
2000年，通过了世界生物圈保护区第一个十年评估。
博格达峰北邻准噶尔盆地，南隔达坂城谷地与吐鲁番盆地遥遥相望，处于荒漠包围之中。由于山体高大，拦截了较多水汽，在3500米以上高山地区，年降水 量600～700毫米，年均温-6℃，雪线以上低于-9℃。峰 区地表多冰雪覆盖，为东天山最大的现代冰川作用中心， 分布有113条冰川，总面积101.42平方公里。 冰雪融水 是河流重要补给来源之一，北坡发育有三工河、四工河、 甘河子、白杨河;南坡有古班博格达河、白杨河等,滋孕了阜康、达坂城和托克逊等绿洲。
博格达峰从山顶到平原,在植被和土壤等方面,垂直分带景观均十分明显，由上至下为冰雪带—高山草甸草原—森林带—山地草原— 荒漠带。相应发育有冰沼土—草甸土—灰褐色森林土— 栗钙土—荒漠灰钙土。地处天山博格达峰北麓、准噶尔盆地古尔班通古特沙漠南缘，属温带大陆性荒漠气候，植被垂直分布明显。野生动物有160余种，国家重点保护动物有棕熊、北山羊、黑鹳等25种。药用植物较多，如贝母、雪 莲、肉苁蓉等。是研究荒漠生态系统的理想场所。 1987年中国科学院在此设荒漠生态系统观测试验站，1990年加入国际生物圈保护区网。
博格达山位于乌兰巴托南图拉河畔，是蒙古国王博格达汗的名字命名的圣山，这里翠柏，景色诱人，是一个自然保护区，也是蒙古的国家公园。这里可以鸟瞰乌兰巴托市全貌及蜿蜒的图拉河，山北坡——三坡上的苏联红军纪念碑记载着苏蒙红色革命的篇章。
中国境内北天山东段近东西走向的博格达山主峰， 亦为东天山最高峰，海拔5445米。博格达山西部以博格 达峰为顶点呈向北突出弧形，中部以科依提达坂为顶点 呈向南突出弧形，海拔4000米以上的山脊和山峰基本分 布于弧形西翼，为华力西褶皱的复背斜，于晚古生代形 成山地，至中生代已剥蚀成准平原，在晚第三纪末和早 第四纪喜马拉雅运动后，形成现今山地外貌。
保护区的东南隅的博格达峰海拔5445米。向南望去博峰陡亢而起，在纵深25公里的距离内，高程上升4000多米，其上冰川极度发育。区内的主干河流三工河、水磨沟及四工河即发源于博峰的西脉冰川。由于山体骤升，保护区南部山峰均在4000米高度以上，北冰洋来的湿气流在山麓受阻，故气候湿润多雨。保护区的核心部分正处在天山的逆温层中，气温温和稳定，年均温2℃；年降水量497.5毫米；最大积雪厚度为47厘米。上述气候条件不仅有利于植被发育与动物生存，也使天池成为四季宜人的旅游胜地。
保护区地处亚洲大陆腹地，气候主要受西北高空气的影响，山麓炎热，中、高山区湿润寒冷。从北部的古尔班通古特沙漠南缘的海拔440米，经三工河谷上行至博格达峰的5440米，相对高差达5000米。南北距离仅80公里的范围内，包含着高山冰雪带、高山草甸带、亚高山草甸带、森林带、草原带、荒漠带、沙漠带诸多气候植被带，是研究荒漠生态系统及环境要素生态递变规律不可多得的理想场所。
保护区自上而下分为四个自然景观垂直带：
1、冰川积雪带，海拔3700米以上的高山区，土壤为高山冰川雪原冻土及山地石质原始土，植被仅有极少的高山苔藓和地衣，动物有高山类群的种类分布；
2、高山亚高山带，海拔3700－2700米之间，土壤以山地草甸土为主，植被在3700－3200米，为高山垫状植物，3200米－2900米为高山草甸，2900－2700米为亚高山草甸，动物为高山类群种类；
3、山地针叶林带，分布在海拔2700－1500米之间，土壤为山地灰褐土和草甸草原土，分别发育着茂密的云杉林和亚高山草甸草原植被，分布有森林和林间动物类群；
4、低山带，海拔在1500米以下，地势较平缓，气候较干旱，分布着山地草原土与山地草原植被。
博格达峰自然保护区总面积38069hm。其中：核心区面积18146公顷，缓冲区7162公顷，实验区12761公顷。
保护对象植物资源
保护区种子植物有200多种。植被垂直分布明显，自上而下可分为：
1、高山垫状植被带，有四蕊梅、丛生囊种草垫状植被，乱石堆间还生长有雪莲、虎儿草等植物；
2、高山草甸带，以线叶蒿草、苔草为主，混生许多高山——亚高山杂草类植物；
3、亚高山草甸带，主要类型为以老鹳草、金莲花、苔草组成的五花草甸，种类组成复杂，分布面积大。海拔较高处还有高山蓼、马先蒿、苔草草甸；
4、山地森林带，占据着中山带的广阔地段，以雪岭云杉为主，下部与山地草甸草原相交错，呈疏林景观；
5、山地草原带，阴坡以杂类草、蔷薇、忍冬灌木草甸草原为主；阳坡为蒿子、苔草草甸草原分布；
6、河谷落叶阔叶林，沿河谷中的河漫滩分布、种类以密叶杨和欧洲杨为主。
森林以原始雪岭云杉林为主，广布于中山带阴坡与河谷。中心保护区森林覆盖面积占41.5%，共358公顷，无论在景观上还是在生态功能方面都非常重要。
草原中优良牧草约80多种，以豆科种类质量最优，以禾本科种类最多。放牧草场主要草种为沟叶羊茅；刈割草场的主要种类有看麦娘、无芒雀麦、异燕麦、鹅冠草等。丰富的牧草资源为畜牧业生产和食草野生物栖息创造了良好条件。
国家保护植物有雪莲、胡杨、梭梭等。经济植物中有糖类、野果类、药用类、观赏类、绿化类等植物。
胡杨——顽强的沙漠守护神,杨柳科，落叶乔木。叶形多变异，披针形或线状披状形。叶表面有一层白霜，可以反射部分阳光，减少水分的蒸腾。使胡杨非常耐旱，能适应盐溃化的土壤，是天然的绿洲，是亚洲荒漠平原中分布最广的乔木树种之一。它的生命力非常旺盛，据说胡杨“一千年不死；死后一千年不倒；倒后一千年不朽”。正是因为有那些顽强的守护神，才能使沙漠不那么容易流动。
保护区内分布有天山山地的各种兽类，代表性的兽类有马鹿、狍、北山羊、野猪、盘羊、棕熊、雪豹、狼、狐、猞猁、水獭、石貂、扫雪、艾鼬等。鸟类中有石鸡、斑翅山鹑、暗腹雪鸡、柳莺、金额熊雀、红额金翅雀、朱雀等。
国家级保护动物有雪豹、北山羊、石貂、猞猁、盘羊、马鹿、暗腹雪鸡等。其中马鹿种群规模最大。
暗腹雪鸡，国家二级保护动物，鸡形目、雉科。又名高山雪鸡。体长52－70cm。颌、喉白色，耳羽淡棕。耳羽后沿颈侧有一条白纹，其与喉部白色之间有一狭窄的由灰色羽毛组成的线纹。胸、腹部羽毛呈柳叶状，有深棕色羽缘。尾羽背面棕色，近尾端为深栗色。栖息在海拔2000-5000米左右的裸岩、荒漠、或半灌丛地带，活动于雪线附近。非生殖季节5只成群。繁殖季节成对。以莎草科、禾本科的瘦果、嫩叶为食，偶食昆虫、蜗牛等。每窝产卵10枚，为留鸟。
猞猁，国家二级保护动物，食肉目，猫科。体长90－130 cm，尾长11－24cm，体重18－32千克。体型似猫，四肢粗长，尾短粗，耳端着生有直立的簇毛。体背灰棕色，背中线棕色较深，背及四肢两侧有棕褐色斑点；上唇灰白，眼周具白色边缘；耳背、耳缘，耳端簇毛均黑色；尾端黑色，爪白色。
生活在高大密林中，筑巢岩隙中。多晨昏活动；善爬树、奔走和游泳。以兔、松鼠等小型兽类和雉鸡等大型鸟类为食。每年3－4月交配，妊娠期2个月左右，每胎产仔2－4只，哺乳期2个月，寿命可达12－15年。
为冰川挖掘、山地陷落的综合作用所形成的。面积2.45平方公里，深达90米以上，容量为0.55亿立方米，由三工河上游的马路沟、放沿毡、哈拉木萨克、大冬沟、小冬沟等支流汇集而成。博峰高耸入云，山顶白雪皑皑。天池波光粼粼，清澈幽深。东西两侧群山林立，怪石嶙峋，加之郁郁苍苍的森林，绿色如茵、繁花似锦的草原，使保护区的景观异常绚丽夺目。
博格达峰的峰体由古生代辉长岩、辉绿岩岩体构成，同土耳帕拉提峰（5287米）和朱万铁列克峰（5213米）在 2.5公里的距离内形成笔架形，高耸于群峰之上，四壁陡峭，气势雄伟。
博格达山三峰并立，拔地而起，陡峭、雄伟，终年冰雪皑皑，世称“雪海”，有天山明珠之称。登博格达峰，难度极大。从博格达山北坡的峡谷攀援而上，既能看到山清水秀的牧场，也可以探寻雪厚冰坚的世界。博格达峰的冰川积雪，终年白亮光芒闪耀，与谷中天池绿水交相辉映，成风光独特的避暑胜地。博格达山千峰竟秀，万壑流芳，景色迷人。这里有遮天蔽日的原始森林和风光如画的山甸草原。积雪附近雪鸡栖居，时有雪豹出没。密林深处马鹿呦呜，狍鹿、棕熊、猞猁、岩羊隐现。草地上山花烂漫，五彩缤纷，贝母、当参、紫草、黄芪、柴胡等野生中草药材丛生。山中蕴藏煤炭、菱铁、云母矿物数十种。每到盛夏季节，冰雪融水滔滔而下，汇成30多条河流,浇灌山麓绿洲沃野。
博格达山和它的母体天山一样，是世界上最年轻的山脉之人，它在三亿年前的造山运时于海水中初露头角，及至六七万年前的喜马拉雅造山运动时才脱颖而出。博格达山主峰在天池南侧，其上三峰并立，成"山"字形，中峰略高，海拔5445米，东峰海拔5287米。远望三峰，屹立在一片茫茫雪海之上，就像三个擎天捧日的巨人，英武神勇，让人感慨万千。所以这被世人称作"雪海三峰"的美景为历代文人墨客所赞颂，写了大量的赞美诗篇。长春真人邱处机在那首《宿轮台东南望阴山》一诗中赞道："三峰并起插云寒，四壁横陈绕涧盘。"清代学者宋伯鲁赞曰"三峰绝倚傍，终古插苍冥"。《新疆图志》的编修人王树楠则更加形象地写出了三峰的高大雄伟，诗曰"南山伸臂云天处，西域昂头到日边"。从这里我们多少可以领略到三峰的奇妙之处。
博格达以奇为著，以险为绝，三峰昂天挺立，银装素裹，神峻异常。三峰之下更是千峰竞秀，万壑流芳，景色迷人。目力所及，遍是原始森林和山甸草原，葱笼青翠，风光如画。登博格达山，最让你赏心悦目的是，能在一日之内可见到四季之景。适逢七八月间，谷底正值盛夏，遍地山花怒放，香气盈野，但多少有点暑气燎人之感；待你登至半山，暑气顿消，便觉春意盎然，遍地绿草如茵，如锦似毯，一切生命都迸发着勃勃微生机；再往上登，就渐感凉意袭人，草地也不似先前翠绿，而开始变得枯黄，给人一种秋天的感觉；及至到了雪线，便觉寒气逼人，举目望去一片银白，雪光刺得你目不忍睁。这雪线附近，按说应是生命的禁区，可是在这里却生长着许多奇异的雪山花卉，如雪莲、野罂粟、翠雀、金莲、金娇、百里香、梅花草等十几种，它们的种子可在零度发芽，幼苗可经受零下30摄氏度的严寒。虽然它们每年仅有两个月的生长期。但它们依然用一生的热情催放出艳丽的花朵，来装点寂寞的雪域。这真可谓生命的奇迹。雪线到博格达顶峰还有很远一段路程，那里的风光更有一番特色，然而登上峰顶非一般登山者所能为的，只有专业运动员才能为之。自1980年起，博格达就被国家列为10座对外开放的高峰，已有许多中外登山者领略它的风采。博格达已成为世界名山。
2006年初，昌吉州党委、政府决定，将新疆天山天池风景名胜区管理委员会和天池自然保护区管理局整合组建为新疆天池管理委员会（简称天池管委会），为正县级建制，实行“两块牌子，一套人马”的管理体制，内设机构含11个处室，下属7个事业单位和1个企业，其中阜康国有林管理局为正县级事业单位。现有职工629人。另有昌吉州森林公安局天池森林派出所、阜康市公安局林业派出所、阜康市公安局天池公安派出所驻保护区开展工作。“两块牌子，一套人马”的管理体制符合新疆天池博格达峰自然保护区自然保护发展要求的，使保护区的重大生态举措和项目得以顺利实施，也切实取得了一定的成效。
