历史上，朱元璋建立明朝，徙江南巨户到凤阳府。由于凤阳府地区人口激增，灾荒也不断，导致这些迁徙的江南巨户希望回到江南，但朱元璋严禁他们离开凤阳府，所以他们想出了假扮卖艺、以打花鼓唱曲为生的方式离开凤阳府。又因明清两代，由于凤阳府（今皖北地区）一带是“三年恶水三年旱、三年蝗虫灾不断”的长年灾区，每年秋后都有成群结队的妇女外出卖唱求生。同时也有身背花鼓流落各地卖唱的职业艺人。明末流传范围继续扩大，表演盛况空前。清末，凤阳花鼓流传更广，有的甚至漂洋过海到东南亚一带活动。
乾隆年间，有人将二人演唱的凤阳花鼓改编为凤阳花鼓歌舞，在宫廷中为皇帝演出。乾隆年间编纂的《霓裳续谱》一书中就收录了《花鼓献瑞》、《鼓乐呈祥》等歌舞节目。到了本世纪三十年代，凤阳花鼓在唱片中广为流传。上海的“百代”、“得胜”、“大中华”等唱片公司制作了大批凤阳花鼓唱片。在解放后摄制的《大路》、《拉郎配》、《巨澜》、《鼓乡春晓》等影片中，均出现过凤阳花鼓的表演场面。
中国改革开放以后，凤阳花鼓的形式和内容也随之起了很大变化。凤阳花鼓成了凤阳人自娱自乐的工具。花鼓演唱在城乡更加普及，凡是遇到喜事，或接待宾客，凤阳人总要热情表演一番，以表达欢乐的心情。一直以来，凤阳县的孩子们还在节庆时跳这一地方特色的舞蹈，保持着古城的特色。花鼓的打法、舞步、花势、演唱等揉进了现代歌舞的技巧，在保持浓郁的地方特色的同时，形式更加活泼多样，气氛更加热烈欢快，凤阳花鼓的名声也越来越大。凤阳民间花鼓艺术团体多次参加全国及省市民间艺术表演和比赛活动，参加多部影视片的拍摄，并在全国获奖。凤阳花鼓还走出国门，到日本表演，获得赞誉。
凤阳花鼓这种流浪卖艺的传统民间歌舞表演，在新中国成立后，被作为一种传统的民间艺术保留下来，并成为我国传统民间喜庆丰收、欢度节日和反映劳动人民幸福生活的一种民间歌舞表演形式。
凤阳花鼓最初的表现形式为姑嫂二人，一人击鼓，一人敲锣，口唱小调，花鼓小锣作为伴奏乐器穿插期间。演唱的曲目多为当时的“时调”，主要有《凤阳歌》、《鲜花调》、《王三姐赶集》、《孟姜女》等。20世纪50年代初，新文艺工作者对凤阳花鼓加以改革，增加采用了一些新的表现手法，剔除了小锣，专用小鼓伴奏演唱，花鼓小巧玲珑，鼓面直径三寸左右；鼓条为两根一点五尺左右的细竹根。表演者单手执鼓，另一只手执鼓条敲击鼓面，“双条鼓”由此得名。
凤阳花鼓唱的都是民间小调，曲目有近百种。清人赵翼《陔余丛考》中《凤阳乞者》条写道：“江南诸郡，每岁冬必有凤阳人来，老幼男妇，成行逐队，散入村落间乞食，至明春二三月间始回。”其中有一首著名的《凤阳歌》，歌中唱道：“说凤阳，道凤阳，手打花鼓咚咚响， 凤阳真是好地方，赤龙升天金凤翔， 数数天上多少星，点点凤阳多少将。 说凤阳，道凤阳，手打花鼓咚咚响， 凤阳真是好地方，皇恩四季都浩荡， 不服徭役不纳粮，淮河两岸喜洋洋。”。根据清代的记载，早期花鼓“音节凄婉，令人神醉”。
另有一首流传深广的是“左手锣，右手鼓，手拿锣鼓来唱歌，别的歌儿我也不会唱，单会唱一支凤阳歌”。
凤阳花鼓受到了市场经济大潮的冲击，传承断层，面临失传的危险。目前，原生态的凤阳花鼓已经趋于衰亡，其中蕴涵的丰富艺术资源还远没有被挖掘出来，这份珍贵的民间艺术遗产，需要保护。
为抢救性保护这一艺术瑰宝，凤阳当地政府实施了凤阳花鼓艺术保护工程，成立了凤阳花鼓研究会和凤阳花鼓乡艺术团，组建凤阳花鼓艺术学校，筹建凤阳花鼓艺术博物馆，组织凤阳花鼓民间艺人及其专业创作艺术家对花鼓进行深度研究、搜集和整理。
第一届中国·凤阳花鼓文化旅游节在2006年9月12日--9月19日在花鼓之乡安徽凤阳举行，之后，第二届于2007年10月22日至31日举行，第三届于10月24日至31日举行。
21世纪以后，凤阳县高度重视对凤阳花鼓这一充满浓郁民间传统和地方特色的艺术进行保护与传承，并于2006年9月成功举办了主题为“敲凤阳花鼓，唱经济大戏”的第一届中国凤阳花鼓文化旅游节。
本届凤阳花鼓文化旅游节活动主题是“新凤阳，新发展”，节会为期10天，内容包括开展大型文艺演出、文化旅游产业开发及凤阳民俗风情文化周等。
2007年以来，原生态的凤阳花鼓已经趋于衰亡，其中蕴涵的丰富艺术资源还远没有被挖掘出来，这份珍贵的民间艺术遗产，需要保护。
