公交
2路、16路、39路、63路、110路、126路、701路、706路。
地铁
南京地铁1号线（已建成）
南京地铁8号线（规划中）
民国二十四年（1935年），中华门站随江南铁路（宁芜线以及皖赣铁路芜湖至宣城孙家埠段的前身）的建成而同步投入使用。因铁路建成通车时，中华门站站房尚未竣工，故江南铁路公司将临时办客地点改在西边不远处的的五贵里，以方便上下车的旅客。中华门站始建时有两栋复合式连体平房，为江南铁路公司的张静江总裁斥资聘用上海营造厂建造，站房一直保留使用至今。中华门站是中国的近现代铁路历史建筑，具有极高的艺术欣赏价值和历史文化价值。中华门站月台为2台设计，从站房侧数起，一道为正线，二三四道为侧线。一站台的雨棚为张静江亲自设计，铁柱和黄色石棉瓦覆盖，并以电灯照明。
民国三十五年（1946年）6月，江南铁路因国民政府的动员戡乱而被紧急拆除，铁轨用于铺设徐州至南京的津浦铁路复线。中华门火车站被江南公司用作南京到芜湖和宣城的长途汽车站使用。直到1948年1月江南铁路才重新铺轨，恢复通车。中华门站恢复原先铁路客货运车站的职能。
1980年代，邓小平和杨尚昆同志曾视察安徽省马鞍山市、芜湖市、绩溪县和屯溪市（今黄山市屯溪区），并经由中华门车站乘降其专列。
1993年10月，中华门车站前的原铁路平交道口被封闭，改成阻隔围墙。同时，距此平交道口约100米的跨线公路桥被加固并拓宽，继续作为替代跨越铁路的方案使用。原中华门东侧的雨花路铁路平交道口建于1935年，为4扇红色铁栏的设计，两侧各有两个铁栏作为阻隔，平时置于铁路端，面向公路侧开放。当铁路列车通过时，则将铁栏转动90度，即可阻拦公路汽车和行人。此外，另有一跨线人行天桥在原平交道口5米处，仅限行人和自行车通过。1937年12月7日，该处遭到侵华日军松井石根部队的对雨花台强行攻击的炮火轰炸而被严重破坏，列车无法通行，而之后侵华日军'华中铁道株式会社'将其修复后，也仅在中华门站以南至芜湖的路段有列车勉强通行。
1996年8月，中华门南侧货场货运业务整体迁移至安德门，故二号站台开始启用客运功能。中华门北侧货场改名为一区货场，保留并继续使用至今，但现货运业务很少。
1997年4月，由于中华门站站内的通往二号站台的人行天桥建设，故靠近东侧站房的3根雨棚铁柱及其顶端的石棉瓦防雨覆盖层被拆除。
1998年3月，中华门站更名为南京南站，沿袭了浦口火车站改名为南京北站的风气。
1998年8月，车站西侧修建增加一栋白色调度和信号楼，为两层建筑，在中华门站电报楼南侧。电报楼为民国建筑，建成于1936年，为江南铁路公司资产。该楼位于中华门铁路货场西侧，为黄色砖木设计的二层小楼。
2000年6月，一号站台的雨棚上覆盖的防雨黄色石棉瓦层，被一次性全部更换为蓝色石棉瓦层，并一直沿用至今。
2004年8月，由于南京地铁1号线的建设，车站西侧增加包含地铁线路和两侧的公路线路的联合跨线桥一座。同年因南京站为承办十运会开始改造，宁铜线方向列车基本改停南京南站，南京南站再次停靠起多趟“K”字头列车，此时客运达到历史高峰，每日停靠列车多达数十趟。
2005年南京站扩建改造完成，南京南站有恢复原先的图定列车停靠。之后随着每一次铁路提速，停靠的列车也逐渐减少。
2011年1月6日：为与2011年开通的南京南站区别，该车站恢复了中华门站的旧称。
2014年初，中华门站停靠的列车仅有5趟。
中华门站在业内推出全程运输代理“无货主服务”：所有的诸如提报运输计划，填写货物单据，装车卸车以及到达交付等一应手续全部由铁路营销人员完成，货主只需打一个电话联系即可，体现了“人性化”的服务理念；中华门站货运营销部还被授予“江苏省巾帼文明示范岗”。
为了给广大旅客营造优美舒心的候车环境，车站开展了“车厢式服务”，定时当班介绍，接受旅客监督；定时宣传旅行小常识，放松旅客心情；定时上座送水，周到服务；定时清扫卫生；定时访问重点旅客，并为重点旅客提供从购票到上车的全程服务，体现关爱；努力为广大旅客营造家的感觉，让旅客感受家的温暖。
2014年10月13日20:46分，中华门站将送走后一趟停靠站台的客运列车：苏州开往南昌的K1325次列车。
2014年10月14日，中华门站停止客运业务。途经的南京到黄山7101次、黄山到南京7102次、南昌到苏州K1326次、苏州到南昌K1328次和上海到鹰潭K782次等5趟旅客列车将不再停靠，连日来市民蜂拥而至，用乘坐客车的方式告别这座老牌火车站。
而且，售票处等和客运有关的业务也将同步停办，中华门火车站只办理货运业务。
