南京南站位于江苏省南京市雨花台区，是中国铁路上海局集团有限公司管辖的客运站，是南京铁路枢纽的重要组成部分，也是华东地区较大的交通枢纽，国家铁道枢纽站，是亚洲第一大火车站和亚洲第一大高铁站。
南京南站地处南京南部新城的核心区，北靠雨花台风景区、南临秦淮新河、西接牛首山，站房建筑秉承“古都新站”的设计理念，吸纳了大量中国古典建筑元素，如藻井、斗拱、窗花和木纹肌理等，同时中西合璧、兼收并蓄，将中国宫殿建筑的优势及特点充分发挥，体现了古都南京浓郁的风格和特有的气质。
南京南站主站房秉承“古都新站”的理念，设计成仿明朝宫殿式建筑，以中国古典建筑构成元素为基础，柱廊、斗拱、双重屋檐，方正刚毅的直线和简约优雅的曲线营造出传统建筑的壮美神韵和现代化铁路车站的恢弘气势，完美的体现了古都南京浓郁的地域风格和特有的尊贵气质。
南京南站南北两侧主要入口分别采用了八根和六根高大的列柱作为空间构成元素，既突出了建筑的庄重感，又形成了强烈的视觉冲击。北入口六根立柱寓意“六朝古都文脉”，南入口八根立柱寓意“笑迎八方宾朋”。玻璃幕墙采用黄铜镂花的传统吉祥纹样作为装饰构件，疏密有致的传统纹样与简洁庄重的木构穿插组合，与玻璃、铝板等现代材料有机结合，为建筑赋予了浓厚的文化韵味。
南京南站将“山水城林”的和谐意境融入现代交通建筑中，屋顶挑棚的方正质朴，列柱空间的巍峨大气，都给人以历史时空的纵深体验；城墙肌理的外墙形式、层层叠叠的檐下空间、柱顶交织的穿插木构，使建筑形态与城市特质的深层契合，赋予南京南站浓厚的地域风格和独特气质。站台雨棚采用片状组合型式，顶部设侧向的通风和采光带，既可避免阳光直射，又能获得柔和的自然光线，形成美仑美奂的光影效果。
南京南站总建筑面积73万平方米，站房总建筑面积约45.8万平方米，其中主站房面积达38.7万平方米，被誉为亚洲第一大高铁站。
南京南站有15个候车厅、3个站场、15个站台，整体东西宽度450米，总高59.96米；站房屋顶南北最长451米，东西最大宽度211米，面积近10万平方米；二层平台为站台层，长660米，宽450米，高12.5米；三层平台为主候车厅，候车大厅南北长417米、东西宽156米，总面积5.8万平方米，高22.4米；站房顶部“南京南站”4个红色汉字单字大小为8米×8米，面积64平方米。
南京南站是一个“桥建合一”的站房，买票、候车、出站、上车都在一个立面上，但不在一个层面上。站房共分五层，地上三层，地下两层。
地下二层为地铁站台层，地铁1号线、3号线南北贯通同台换乘，地铁S1号线、S3号线东西贯通同台换乘。
地下一层为站房设备、地铁站厅、商业开发层及市政配套车库。
地面一层集散层，出站及综合交通方式换乘区域都在这层，四角分别设有配楼，包括出租车场站、公交场站、南京汽车客运南站、铁路售票处等，广场东西两侧有出租车停车泊位730个，社会车停车泊位2348个。
地上二层为站台层，28条铁轨从此层通过，为旅客的到发区域，同时设置有北进站广厅、贵宾区，也包括1个铁路售票处。
地上三层为候车层及送站平台，并设有客服商业夹层，共有56个检票口、100多个的自动检票机，大厅四个角落各配了1个售票处。
南京南站地面层为换乘广场，广场中心区域有南京地铁1号线、南京地铁3号线、南京地铁S1号线和南京地铁S3号线的进出站口；南北两侧为公交上客区，东西两侧各设出租、社会车的上客区；广场南侧还有一个机场快客停靠带，可直接去禄口机场。考虑到南北广场客流量的分布情况，公路客运南站设在北广场，占地5万平方米，市民在这里可实现铁路、公交、地铁、长途客车和机场大巴的“零距离”换乘。
南京南站为缓解交通压力，车站设计了长途客车单向行驶车道和公交车专用疏散通道。南京南站通过四条道路（南京绕城高速公路、南京机场高速公路、双龙大道、宏运大道）与外界相联，在南京南站核心范围内形成两纵两横快速路网。南京南站内部建立五纵四横主干路，并在广场四个角设立大转盘疏散车辆。此外，在玉兰路、宏运大道、明城大道、绿都大道、双龙大道上设置公交干线。
截至2020年底，南京南站设有15座站台，其中侧式站台2座，岛式站台13座，共28个站台面，28条股道，包括6条正线在内全部为到发线。南京南站共有三个站场，并分别设了三个不同信号楼，其中1～10站台及站线为京沪场，引入京沪高速铁路；11～22站台及站线为宁杭、宁蓉场，东侧引出宁杭高速铁路，西侧引出宁蓉铁路，其中21和22站台也供仙宁铁路（沪宁城际铁路连接南京南站的联络线）的跨线列车停靠；23～28站台及站线为宁安场，西侧引出宁安高速铁路，东侧引出仙宁铁路至仙林站连接沪宁城际铁路。未来将引入沪蓉沿江高速铁路（在建）、江苏南沿江城际铁路（规划）等线路。
2016年，南京高铁客运量3939.84万人，同比增长24.7%，其中南京南站高铁客运量3218.08万人，同比增长30.7%。增幅高出南京市客运总量平均增速6.0个百分点。2012-2016年间，南京南站的客运总量破亿，达到10521.56万人。南京南站高铁客运量占客运总量的比重也逐年攀升，2016年占比为81.7%，比2012年占比高出18.4个百分点。（注：南京南站为纯高铁站，南京站为高铁、普铁混合站。）
2020年全年，南京南站累计发送3110万人次，居华东地区第三。
截至2019年底，有南京地铁1号线、3号线、S1号线、S3号线，共4条地铁线路途经南京南站，并设南京南站。
截至2019年底，南京南站南北广场均设有公交站场，北广场公交站面积1.7万平方米，安排18至20条公交线路；南广场设公交、团体车辆停车场，其中公交车站场面积8000平方米，安排9至10条公交线路，车站东西两侧都设有公交车行驶的专用疏解通道。
机场大巴由南京南站北广场西侧的南京汽车客运南站至南京禄口国际机场，发车时间为05:00-21:00，每20分钟一班。此外，南京南站广场南侧还有一个南京禄口国际机场快客停靠带，可直接去往南京禄口国际机场。
南京汽车客运南站位于南京南站北广场西侧，地面一层，是站运分离的一级社会公用型车站，是中国首家实现火车、长途客运、地铁、市内公交、出租车、社会车辆等6种运输方式无缝链接和零距离换乘的新型智能化综合枢纽汽车客运站，设有发车位23个，检票口21个，售票窗口22个，营运班线辐射范围覆盖六省。
出租汽车位于南京南站的地面一层，广场东西两侧有出租车停车泊位730个，旅客到达后不出站就能够换乘出租车，实现零换乘。
南京南站规划于1986年，地处南京南部新城的核心区。
1991年进入早期规划阶段。
2008年1月正式开工，北靠雨花台风景区、南临秦淮新河、西接牛首山；8月规划设计方案最终确定。
2011年2月20日，南京南站工程主体结构封顶；6月28日南京南站及北广场正式投入使用，成为中国第一个通过垂直换乘实现真正零换乘的交通枢纽，其“垂直换乘”的设计理念被铁道部全面推广和使用。
2012年1月8日，南京南站为旅客提供各种义务服务的“美善空间”服务工作室正式投入运行。
2015年1月，南京南站南广场落客平台正式启用。
2019年11月12日起，南京南站启动电子客票应用实施推广工作，“取票”这一环节将成为历史。
2020年1月19日，南京南站实施铁路到达旅客换乘地铁单向免安检，这是继1月17日南京站实施铁路换乘地铁单向免安检后，南京市第二个综合交通枢纽实施单向免安检换乘方案。
2020年4月30日，铁路南京站在南京南站候车大厅建立的以展示铁路文化为主要内容的“旅游景点”正式对广大旅客开放使用。该“旅游景点”以时间为主轴，重大事件为节点，四幅工艺漆版画为主体。
